日本文化元素在中国动画作品中的展现，也充分体现了中国文化与日本文化的融合。在《沈剑心》中，有两个文化元素是日本文化的突出代表：武士刀与八岐大蛇。在日本文化中，武士刀是日本武士道精神的实物标志，它见证了日本的历史，寓含了武士之魂的象征意义。《沈剑心》中的中国刀剑与武士刀剑的碰撞，其实暗含了中国侠文化与日本武士道文化的碰撞。而八岐大蛇更是中日传统文化相融合的结果。八岐大蛇（别称八俣远吕智、八俣远吕知，日本最具代表性的妖怪之一）是日本妖怪文化的代表。有部分学者认为，八岐大蛇的原型来源于中国《山海经》记载的相柳、《淮南子》记载的九婴这一九头蛇形象，是九头蛇东渡日本后形成的日本形象。《沈剑心》将八岐大蛇融入徐福东渡传说中，深层次展现了中日传统文化的融合。
　　《沈剑心》的故事内容充分体现了当代国人对于日本文化一方面认可接受，一方面从民族感情上又拒绝抵触的矛盾心态。沈剑心在成为大侠的道路上，很多不良因素动摇、阻碍着他。比如在第2季中，同日本文化侵入的斗争是最主要因素，作品通过设置三个矛盾冲突构架了整季的叙事：一是东瀛通过东瀛贷、樱花贷这些贷款对大唐人民进行经济控制；二是东瀛意图通过江湖选秀破坏大唐的江湖大侠体系，重构一个由东瀛人掌控的“江湖红人”大侠体系；最后是两个矛盾在东瀛军事侵占大唐中完全爆发，大唐大侠们最终觉醒，认识到东瀛人的真正意图而奋起反抗。
　　作品所体现的冲突性是基于现实国人对日本的选择性对抗的态度。日本学者井出敬二在分析日本对中国的公共外交时，以日本研究中心在中国展开的民意调查为例，指出中国民众回答“对日本没有亲近感”的比例为71%，远超过“对日本有亲近感”的16%比率；在回答“对日本没有亲近感”的理由中，排在最前面的是“历史认识”（占69%）、“领土、领有问题”（占51%）、“日本反华情绪严重”（占47%）。井出敬二同时强调了日本动漫作为文化艺术交流的重要作用。他在结论中指出，“就公共外交而言，很难让中国人脱离现实地产生肯定日本的印象”。因此，《沈剑心》所展现的既接受日本动漫文化，又拒绝日本政治、经济、文化等输入的矛盾心理，是基于中日国际交流的现状，体现了国人的民族意识。
　　纵观中日动画的发展史，从绝大多数动画作品中都能或多或少地发现中日文化碰撞与融合的影子，彼此无法完全割裂开来。《沈剑心》只是其中一个缩影。在媒体融合时代，中国动画产业面临着前所未有的机遇与挑战，中国动漫要想崛起，立足中华文化的同时吸纳他国文明，应该是一条必经之路。