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在内部治理结构上，新建本科院校目前存在的问题主要是民主管理水平不高，基层执行力不强，吸引地方行业企业参与和服务高校治理的渠道不通畅。新建本科院校的内部治理结构改革，应结合我国实际并借鉴欧洲应用技术大学建设的成功经验，在强化党委领导下的校长负责制的前提下，完善大学章程，建立新型理事会（董事会）、专业建设指导委员会等机构，积极参与新型现代职业教育集团建设，积极探索新型应用技术大学管理与服务制度体系建设。