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以杂交水稻两用核不育系628S衍生的5个株系为材料，用SSR分子标记进行遗传差异分析。供试材料中株系11S和628S带型相同，即基因型相同，其植株形态差异为表现型差异；株系21S、20S、6S、29S则各有特异谱带，其形态差异为基因型差异。试验表明SSR分子标记能鉴别真正可遗传的基因型差异，可在杂交水稻三系辅助育种中充分利用。