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一、就业方面
一是就业服务组织不健全。目前，我国县乡两级职业介绍机构发育不良。当前，不少地方的公共就业服务机构在编制、人员配备、场地设施、业务经费当方面存在诸多问题，不少地方连应付城市居民和下岗职工都困难重重，再将流动性大、人数庞大的农民工纳入管理服务范围，更是难以承受。二是政府劳务机构及中介存在错位。政府劳务机构、中介组织及各类媒体本应是农民工获取就业信息的主要渠道，但不少省份的公共就业服务网络还没有延伸到农村，相关的政策措施和用工信息难以及时传递到返乡农民工手中，尤其是零散的城市用工信息，传递起来极为不便。非正规劳务机构及中介依然是农民工寻找就业职位的主要渠道。三是全国性的劳动力供求信息网络系统缺乏。近年来政府部门愈来愈重视信息在农民工流动就业中作用的发挥，但由于尚未形成全国统一的劳动力市场信息网络，信息来源有限，且很多信息滞后、失真，在实际工作中也是心有余而力不足。四是劳动力市场发育缓慢，市场分割、建设滞后。城乡二元结构的存在造成了城乡劳动力市场不统一、不限界。作为市场发育重要标志的各类市场中介服务主体发育缓慢，不规范。劳动力市场基础建设薄弱，市场功能不全，提供的服务缺乏有效性，对公共就业服务机构的绩效评估缺乏有效的标准和激励措施。劳动力时常秩序监管不力，市场服务环境不佳。五是就业受歧视。《劳动法》第三条第二款规定：“劳动者享有平等就业和选择职业的权利……”。但在实际操作中，却对农民工有着明显的歧视。大多数农民工只能从事城市人不愿干的脏、累、粗、险的边缘职业。有的省市招工时就实行优先录用城镇待业、下岗失业人员，这部分人若是不愿干的工种，再录用本地农民工，本地农民工不愿干的工种才选择外地农民工。由于外来农民工没有纳入当地就业统计，只有少数履行合同。也就谈不上失业保险的保障问题。因此，在这次金融危机中很少看到各地对农民实施就业保障的制度。这是更为严重的就业歧视。六是用工管理不规范，合法的劳动权益得不到保证。目前农民工中普遍存在劳动强度超强。劳动时间超长的现象。国家统计局2006年的调查显示，进城农民工平均每周工作6.29天，平均每天工作8.93小时。其中，农民工每周工作7天。没有休息日的占46.9％，明显高于当地城市职工工作时间。有一半的农民工拿不到加班补贴，近八成农民工不能带薪休假，八成女工无法享受带薪休产假，双休日、节假日没休息司空见惯。此外，因为多数人没有签订合同，随意克扣和降低工资的情况也经常发生。七是对农民工培训少。我国长期实行应试教育，对职业教育和劳动培训重视程度不够。根据2003年国家统计局公布的数据，外出务工劳动力中接受过专业技能培训的不足1.5％。而专业技能的缺乏，又往往成为城市限制农民工进城获取一份职业的理由。
二、教育和培训方面
义务教育方面：一是进城就业的农民工子女义务教育权利尚不能得到保障。中农办的《中国农村改革30年回顾与展望》指出，流动儿童受教育状况不及全国儿童的平均水平，失学率竟高达9.3％。一直未上学者占6.58％，失学者占2.45％。从8岁到14岁，流动儿童未上学比例由O.8％增长到15.4％，中途辍学的现象比较突出。调查发现，12-14岁流动儿童中，有超过60％的人开始打工。二是进城农民工子女仍然未纳入流入地义务教育体系。目前进城农民工子女通过两方面入学：一是进入公办学校，但特别好的学校需要缴纳一定的赞助费；二是进入民办学校。民办学校师资普遍不合格，教学质量难以保证，教学条件比较简陋。当前，部分流入地政府对解决进城务工农民就业子女入学问题的意义还缺乏应有的认识，尚未形成有关部门分工合作、共同解决这一问题的机制。但在一些东南沿海的部分发达地区，由于出生率下降，当地生源减少，已经有意识地将农民工子女纳入当地的教育体系。同时出生率的下降也将使当地未来的劳动力趋于减少，对发展不利。基于此，也对农民工子女教育给予了一定程度的重视，但这仍然不够。国家统计局2006年的调查显示，农民工子女在城里读书1学年，学费平均支出2450元。在5065名有子女随行就学的农民工中，有2493名农民工缴纳了借读费、赞助费，每人平均缴纳费用为1226元。三是进城务工农民工子女在流入地参加中、高考存在困难。由于户籍限制，进城务工的农民工子女在流人地参加中考和高考存在困难，一般只能在流入地读到初二或高二，就不得不转回户籍所在地学校就读。当前，各地区使用的教材不同，教学进度和教学内容的难易程度也不同，这样会造成进城务工就业的农民工子女在接受教育中存在一定的困难，是造成不少人中途辍学的原因之一。四是农民工子女不能在打工地就读中等职业学校。外来农民工子女接受九年义务教育之后，根据现行的政策规定，他们必须回到户籍所在地升学。那些初中毕业后继续与外来农民工同住的子女就此终止了受教育，或跟随父母打工，或无所事事、在家游荡，容易成为社会的不稳定因素。另一方面，由于诸多原因，一些大中城市的中等职业技术学校已经出现生源短缺、招生不足、教师富余、教育资源浪费的现象。想招生的学校招不到学生，想读书的少年没有机会学习，同时各地的发展又急需技术型人才。五是进城务工农民工子女流出地和流入地教育机构缺乏必要的沟通。当前大多数流入地政府未能构建起本地区流动人口子女监控体系或者是备案制度，未能对流动人口子女的流向、数量进行追踪管理。流出地政府也未能就进一步完善流动人口子女教育与流人地政府进行及时沟通和配合。农民工子女是否完成九年制义务教育谁也不知道，两地政府的“不作为”，也造成不少农民工子女不必要的中途辍学、失学。六是贫穷地区的教育资源存在不同程度的浪费。许多农民工子女随父母进城读书，造成了不少贫困地区教育资源的闲置和浪费。前些年，为了“普九”达标，好多农村举债修建了漂亮的校舍，可随着撤点并校和农民工子女到城里读书，好多学校已是人去房空。国家级贫困县劳动力转移输出是国家扶贫工作重点，也取得良好成效。与此同时，国家级贫困县义务教育这么多年基本也是靠国家转移支付给予解决，特别是在全国城乡均已实现免费义务教育之后，认真研究解决农民工子女在打工地的就地入学问题，必然涉及对落后地区按生均资源划拨义务教育的国家转移支付经费落实情况、外出打工者子女学籍转移情况的认真清理。这对解决农村留守儿童问题也将是个促进。
农民工培训方面：一是管理体制不顺。目前从上至下参与农村劳动力培训的部门众多，各部门、各有关单位的职责范围没有明确划分，自成体系，互不联通，盲目性、无序性较突出。同时，目前的 培训还是以政府部门为主，社会力量参与培训不够，没有形成全社会都来关心和参与农村劳动力培训的良好体制和机制。二是政府投入资金不足正制约着农民工培训工作。根据《2003-2010年全国农民工培训规划》的政策措施，农民工的培训资金由政府、用人单位和农民工共同负担。现实中，农民工培训主要由政府买单，农民工没有承担费用的能力，而企业则没有承担费用的意愿。一方面，财政财力有限，无力全面顾及。在一些中西部劳动力输出地，有调查表明，贫困县的财政收入50％要靠上级财政转移支付，县财政根本无力划拨资金用于补贴农民培训活动。培训内容“缩水”，造成培训形式走过场。三是政府计划培训的模式不适应市场经济和农民需求。政府是计划培训，农民是市场取向。政府下达培训任务，定点定经费定人数定专业；农民被动接受政府提供的培训，有什么就培训什么。可以选择的余地不多。四是在培训中没有很好地调动企业在农民工培训中的积极性。企业培训由于与岗位工作密切结合，具有针对性和实用性强的特点，对农民工提高实用技能、增强操作本领具有重要意义。目前在培训中很难看到企业的身影，企业在农民工培训中存在缺位现象。五是培训学校专业课程设置与农民工就业实际需求不相吻合。一些培训机构在培训内容上与农民的需求有差距，既与实践相脱节，更不能让受训者立竿见影。参加过职业培训的农民工普遍感觉培训内容“用不上”，造成“不学白不学，学了也自学”。
三、医疗保险方面
一是现行医疗保险制度设计存在不足，不能满足农民工的需求。农民工多数处于青壮年，身体素质较好，以常见病和多发病为主，而现行的医疗保险政策多保大病，即以“低费率，保大病，保当期，以用人单位缴费为主”的原则，重点解决农民工进城务工期间的住院医疗保障问题，对于农民工迫切需要报销的门诊费用则没有建立相应的报销机制。二是农民工医疗费用异地结报政策尚未全面落实。目前我国医疗保险实行省级统筹，多数省还停留在县市级统筹的水平。由于农民工的流动性大，工作不稳定，经常出现农民工更换工作，跨省市流动，这就要求他们的医疗保险也要随之移动，但现行的医疗保险制度不仅地区板块分割，而且城乡差异较大，这就造成了农民工的医保账户的转移困难，给农民工带来不便甚至利益损害。三是在立法层次上医疗保险要低于工伤保险。尽管农民工工伤保险的推行也不是特别理想，但要比医疗保险强得多。工伤保险有一部国务院制定的《工伤保险条例》，而且规定用人单位如果不为工人上保险，职工的工伤保险待遇要由用人单位来承担。而医疗保险尚无类似的全国性的强制性规定。如果企业拒不参保或欠缴，也无法通过司法途径解决，这就导致了企业参保率低、拖欠现象严重。四是进城农民工未能完全纳入城市计划生育服务体系，不能享受城市的城镇基本健康保障制度和医疗救助。农民工中绝大多数人都处于育龄期的青壮年，因多种原因，他们面临着更多、更复杂的计划生育与生殖健康风险，计划外生育、未婚先孕、堕胎等现象有日趋增多趋势。但在这方面，未纳入城市的计划生育服务体系。典型的对流动孕产妇的系统管理率相对较低，保健质量低下。五是农民工享有的的公共卫生服务低。农民工的公共卫生服务享有率也低于城镇人口。例如，在农民工服务工作比较好的上海，2004年，外来儿童的免疫接种率也只有65％左右，远低于当地户籍儿童99％以上的接种率。再有，环境卫生条件差也导致农民工传染病的发病率比较高。上海市卢湾区流动人口传染病发病率，从1995年的563.67／10万增至2000年的2022.82／10万，而同期市区户籍人口传染病发病率变化则不明显。
四、社会保障方面
一是养老保险在农民工群体中的覆盖面偏低。根据劳动和社会保障部2006年作的调研显示，除工伤保险已有相当数量的农民工参加外，目前农民工养老保险的总体参保率仅为16％。据2008年发布的《长江三角洲16城市农民工的基本特征与生存状况》调查显示，目前长三角农民工在社会保险方面的参与程度较低。在接受调查的农民工中，参加养老保险的有11.7％，浙江省相对较高，但也只有19.0％；参加医疗保险的有12.7％，江苏省最高，为19.5％。民盟重庆市委2009年发布的一项针对农民工养老保险的专题调查指出，83.2％的人不愿意参加目前推行的养老保险，80％的企业主不愿意为农民工缴纳养老保险费，这些接受调查的农民工90.2％没有参加养老保险。二是养老保险统筹层次偏低，对流动的农民工参加保障构成障碍。目前，我国养老保险虽已实现省内统筹，但各统筹单位之间政策不统一，机制不协调。农民工就业流动性强，而现行城保制度规定养老保险关系转移时只转个人账户资金，不转移用人单位缴纳的社会统筹基金，许多参加了城保的农民工不能肯定自己现在缴了费今后能不能领到养老金，因而在异地就业时往往选择退保。三是农民工流动频繁与养老保险缴费的连续性之间存在矛盾。农民工就业不稳定、流动频繁，现行的养老保险制度规定按月享受基本养老金的最低缴费年限为15年，多数农民工很难保证参保的连续性，特别是跨省市流动的农民工参保很难达到该年限标准。四是地方利益维护与外来农民工权益保障之间存在矛盾。在目前各地财税分灶吃饭、养老金足额发放的责任完全由地方政府承担的体制下，优先保障本地户籍人口养老保险权益成为各地方政府的首位职责，而对外来农民工的养老保险制度建设并不热衷。地方政府的顾虑是，由于农民工缴费基数和缴费比例都相对较低，如果不分户籍而将各类劳动者无差别地全部纳入到本地养老保险体系之中，一旦大量农民工选择缴费满15年后于本地退休，地方政府的财政将面临巨大压力。五是企业用工成本控制和为农民工履行养老保险缴费义务之间存在矛盾。企业为节省用工成本，不愿为农民工缴纳养老保险费，这已经成为普遍共识。特别在目前农民工养老保险尚未成为企业的硬性任务之际，多数企业力求降低成本，设法规避缴费责任。相当多的企业对农民工参加养老保险持消极态度，影响了单位和个人参加养老保险的积极性。
五、其它问题
农民工的社会保障问题中还包括住房保障问题，医疗保障还包括生育保险等问题。与上述问题高度相关还有城乡户籍问题等。而城乡户籍问题又包括依附其上的城市一系列福利体制的问题；当然也包括农村土地制度等问题。因为在中国国情背景下，农民既是职业，也有身份问题。而这恰恰是城乡二元体制结构的核心问题。将人口的户籍按城乡所在区域不同，按城乡不同的管理体制人为划分农业户口和非农业户口，虽然是按职业划分的户口，但按城乡职业划分的劳动力却天生不平等。因为在传统体制下农村劳动力是不能自由流动，而这个劳动力的福利是依附在农村土地之上，它与城市劳动力在传统体制下形成的福利制度靠国家财政提供或者由单位隐性给予保障是截然不同的。因此，在改革开放以来，尽管农民并没有因为户籍问题，也没有因农村土地问题而阻挡其走南闯北离乡进城打工谋生，但是在相当长时间里，国家的就业问题只包括城市劳动力，因为在人们传统观念中，农民职业是种地，从事非农就业只是兼业。而现实中如此来定义民工、外来务工人员，在实际政策操作层面就可以成为否认赋予进城务工的农村劳动力的相关权利及其福利保障的托辞。因为其身份是农村劳动力，简言之，是农村户口，是“农民工”。无论企业雇主还是提供就业机会的城市政府，就有了不提供农民工与城市职工相同标准的工资及其福利条件的所谓“制度性”借口。这是改革开放以来农民工问题长期存在的本质原因。但是必须指出，它并不因为农民工概念不准确，而模糊二元结构在农民工进城体制中的问题。因为农民所谓户籍身份造成的非农就业权利与福利的缺失，并不是农民自身问题。不能一方面承认农民工在30年改革开放“中国经济奇迹”的历史贡献；另一方面始终以改革进程中的技术操作难度问题而延误对农民工已经是城市劳动力就业主体的确认。如今，众多相关的农民工管理的部门都有意无意将改革指向瞄向城乡户籍制度改革，进而将改革路径导入传统思维框架之中。因此，有必要设立农民工进城的基本体制，以摆脱“户籍”带给农民工的魔咒。
一是就业服务组织不健全。目前，我国县乡两级职业介绍机构发育不良。当前，不少地方的公共就业服务机构在编制、人员配备、场地设施、业务经费当方面存在诸多问题，不少地方连应付城市居民和下岗职工都困难重重，再将流动性大、人数庞大的农民工纳入管理服务范围，更是难以承受。二是政府劳务机构及中介存在错位。政府劳务机构、中介组织及各类媒体本应是农民工获取就业信息的主要渠道，但不少省份的公共就业服务网络还没有延伸到农村，相关的政策措施和用工信息难以及时传递到返乡农民工手中，尤其是零散的城市用工信息，传递起来极为不便。非正规劳务机构及中介依然是农民工寻找就业职位的主要渠道。三是全国性的劳动力供求信息网络系统缺乏。近年来政府部门愈来愈重视信息在农民工流动就业中作用的发挥，但由于尚未形成全国统一的劳动力市场信息网络，信息来源有限，且很多信息滞后、失真，在实际工作中也是心有余而力不足。四是劳动力市场发育缓慢，市场分割、建设滞后。城乡二元结构的存在造成了城乡劳动力市场不统一、不限界。作为市场发育重要标志的各类市场中介服务主体发育缓慢，不规范。劳动力市场基础建设薄弱，市场功能不全，提供的服务缺乏有效性，对公共就业服务机构的绩效评估缺乏有效的标准和激励措施。劳动力时常秩序监管不力，市场服务环境不佳。五是就业受歧视。《劳动法》第三条第二款规定：“劳动者享有平等就业和选择职业的权利……”。但在实际操作中，却对农民工有着明显的歧视。大多数农民工只能从事城市人不愿干的脏、累、粗、险的边缘职业。有的省市招工时就实行优先录用城镇待业、下岗失业人员，这部分人若是不愿干的工种，再录用本地农民工，本地农民工不愿干的工种才选择外地农民工。由于外来农民工没有纳入当地就业统计，只有少数履行合同。也就谈不上失业保险的保障问题。因此，在这次金融危机中很少看到各地对农民实施就业保障的制度。这是更为严重的就业歧视。六是用工管理不规范，合法的劳动权益得不到保证。目前农民工中普遍存在劳动强度超强。劳动时间超长的现象。国家统计局2006年的调查显示，进城农民工平均每周工作6.29天，平均每天工作8.93小时。其中，农民工每周工作7天。没有休息日的占46.9％，明显高于当地城市职工工作时间。有一半的农民工拿不到加班补贴，近八成农民工不能带薪休假，八成女工无法享受带薪休产假，双休日、节假日没休息司空见惯。此外，因为多数人没有签订合同，随意克扣和降低工资的情况也经常发生。七是对农民工培训少。我国长期实行应试教育，对职业教育和劳动培训重视程度不够。根据2003年国家统计局公布的数据，外出务工劳动力中接受过专业技能培训的不足1.5％。而专业技能的缺乏，又往往成为城市限制农民工进城获取一份职业的理由。
二、教育和培训方面
义务教育方面：一是进城就业的农民工子女义务教育权利尚不能得到保障。中农办的《中国农村改革30年回顾与展望》指出，流动儿童受教育状况不及全国儿童的平均水平，失学率竟高达9.3％。一直未上学者占6.58％，失学者占2.45％。从8岁到14岁，流动儿童未上学比例由O.8％增长到15.4％，中途辍学的现象比较突出。调查发现，12-14岁流动儿童中，有超过60％的人开始打工。二是进城农民工子女仍然未纳入流入地义务教育体系。目前进城农民工子女通过两方面入学：一是进入公办学校，但特别好的学校需要缴纳一定的赞助费；二是进入民办学校。民办学校师资普遍不合格，教学质量难以保证，教学条件比较简陋。当前，部分流入地政府对解决进城务工农民就业子女入学问题的意义还缺乏应有的认识，尚未形成有关部门分工合作、共同解决这一问题的机制。但在一些东南沿海的部分发达地区，由于出生率下降，当地生源减少，已经有意识地将农民工子女纳入当地的教育体系。同时出生率的下降也将使当地未来的劳动力趋于减少，对发展不利。基于此，也对农民工子女教育给予了一定程度的重视，但这仍然不够。国家统计局2006年的调查显示，农民工子女在城里读书1学年，学费平均支出2450元。在5065名有子女随行就学的农民工中，有2493名农民工缴纳了借读费、赞助费，每人平均缴纳费用为1226元。三是进城务工农民工子女在流入地参加中、高考存在困难。由于户籍限制，进城务工的农民工子女在流人地参加中考和高考存在困难，一般只能在流入地读到初二或高二，就不得不转回户籍所在地学校就读。当前，各地区使用的教材不同，教学进度和教学内容的难易程度也不同，这样会造成进城务工就业的农民工子女在接受教育中存在一定的困难，是造成不少人中途辍学的原因之一。四是农民工子女不能在打工地就读中等职业学校。外来农民工子女接受九年义务教育之后，根据现行的政策规定，他们必须回到户籍所在地升学。那些初中毕业后继续与外来农民工同住的子女就此终止了受教育，或跟随父母打工，或无所事事、在家游荡，容易成为社会的不稳定因素。另一方面，由于诸多原因，一些大中城市的中等职业技术学校已经出现生源短缺、招生不足、教师富余、教育资源浪费的现象。想招生的学校招不到学生，想读书的少年没有机会学习，同时各地的发展又急需技术型人才。五是进城务工农民工子女流出地和流入地教育机构缺乏必要的沟通。当前大多数流入地政府未能构建起本地区流动人口子女监控体系或者是备案制度，未能对流动人口子女的流向、数量进行追踪管理。流出地政府也未能就进一步完善流动人口子女教育与流人地政府进行及时沟通和配合。农民工子女是否完成九年制义务教育谁也不知道，两地政府的“不作为”，也造成不少农民工子女不必要的中途辍学、失学。六是贫穷地区的教育资源存在不同程度的浪费。许多农民工子女随父母进城读书，造成了不少贫困地区教育资源的闲置和浪费。前些年，为了“普九”达标，好多农村举债修建了漂亮的校舍，可随着撤点并校和农民工子女到城里读书，好多学校已是人去房空。国家级贫困县劳动力转移输出是国家扶贫工作重点，也取得良好成效。与此同时，国家级贫困县义务教育这么多年基本也是靠国家转移支付给予解决，特别是在全国城乡均已实现免费义务教育之后，认真研究解决农民工子女在打工地的就地入学问题，必然涉及对落后地区按生均资源划拨义务教育的国家转移支付经费落实情况、外出打工者子女学籍转移情况的认真清理。这对解决农村留守儿童问题也将是个促进。
农民工培训方面：一是管理体制不顺。目前从上至下参与农村劳动力培训的部门众多，各部门、各有关单位的职责范围没有明确划分，自成体系，互不联通，盲目性、无序性较突出。同时，目前的 培训还是以政府部门为主，社会力量参与培训不够，没有形成全社会都来关心和参与农村劳动力培训的良好体制和机制。二是政府投入资金不足正制约着农民工培训工作。根据《2003-2010年全国农民工培训规划》的政策措施，农民工的培训资金由政府、用人单位和农民工共同负担。现实中，农民工培训主要由政府买单，农民工没有承担费用的能力，而企业则没有承担费用的意愿。一方面，财政财力有限，无力全面顾及。在一些中西部劳动力输出地，有调查表明，贫困县的财政收入50％要靠上级财政转移支付，县财政根本无力划拨资金用于补贴农民培训活动。培训内容“缩水”，造成培训形式走过场。三是政府计划培训的模式不适应市场经济和农民需求。政府是计划培训，农民是市场取向。政府下达培训任务，定点定经费定人数定专业；农民被动接受政府提供的培训，有什么就培训什么。可以选择的余地不多。四是在培训中没有很好地调动企业在农民工培训中的积极性。企业培训由于与岗位工作密切结合，具有针对性和实用性强的特点，对农民工提高实用技能、增强操作本领具有重要意义。目前在培训中很难看到企业的身影，企业在农民工培训中存在缺位现象。五是培训学校专业课程设置与农民工就业实际需求不相吻合。一些培训机构在培训内容上与农民的需求有差距，既与实践相脱节，更不能让受训者立竿见影。参加过职业培训的农民工普遍感觉培训内容“用不上”，造成“不学白不学，学了也自学”。
三、医疗保险方面
一是现行医疗保险制度设计存在不足，不能满足农民工的需求。农民工多数处于青壮年，身体素质较好，以常见病和多发病为主，而现行的医疗保险政策多保大病，即以“低费率，保大病，保当期，以用人单位缴费为主”的原则，重点解决农民工进城务工期间的住院医疗保障问题，对于农民工迫切需要报销的门诊费用则没有建立相应的报销机制。二是农民工医疗费用异地结报政策尚未全面落实。目前我国医疗保险实行省级统筹，多数省还停留在县市级统筹的水平。由于农民工的流动性大，工作不稳定，经常出现农民工更换工作，跨省市流动，这就要求他们的医疗保险也要随之移动，但现行的医疗保险制度不仅地区板块分割，而且城乡差异较大，这就造成了农民工的医保账户的转移困难，给农民工带来不便甚至利益损害。三是在立法层次上医疗保险要低于工伤保险。尽管农民工工伤保险的推行也不是特别理想，但要比医疗保险强得多。工伤保险有一部国务院制定的《工伤保险条例》，而且规定用人单位如果不为工人上保险，职工的工伤保险待遇要由用人单位来承担。而医疗保险尚无类似的全国性的强制性规定。如果企业拒不参保或欠缴，也无法通过司法途径解决，这就导致了企业参保率低、拖欠现象严重。四是进城农民工未能完全纳入城市计划生育服务体系，不能享受城市的城镇基本健康保障制度和医疗救助。农民工中绝大多数人都处于育龄期的青壮年，因多种原因，他们面临着更多、更复杂的计划生育与生殖健康风险，计划外生育、未婚先孕、堕胎等现象有日趋增多趋势。但在这方面，未纳入城市的计划生育服务体系。典型的对流动孕产妇的系统管理率相对较低，保健质量低下。五是农民工享有的的公共卫生服务低。农民工的公共卫生服务享有率也低于城镇人口。例如，在农民工服务工作比较好的上海，2004年，外来儿童的免疫接种率也只有65％左右，远低于当地户籍儿童99％以上的接种率。再有，环境卫生条件差也导致农民工传染病的发病率比较高。上海市卢湾区流动人口传染病发病率，从1995年的563.67／10万增至2000年的2022.82／10万，而同期市区户籍人口传染病发病率变化则不明显。
四、社会保障方面
一是养老保险在农民工群体中的覆盖面偏低。根据劳动和社会保障部2006年作的调研显示，除工伤保险已有相当数量的农民工参加外，目前农民工养老保险的总体参保率仅为16％。据2008年发布的《长江三角洲16城市农民工的基本特征与生存状况》调查显示，目前长三角农民工在社会保险方面的参与程度较低。在接受调查的农民工中，参加养老保险的有11.7％，浙江省相对较高，但也只有19.0％；参加医疗保险的有12.7％，江苏省最高，为19.5％。民盟重庆市委2009年发布的一项针对农民工养老保险的专题调查指出，83.2％的人不愿意参加目前推行的养老保险，80％的企业主不愿意为农民工缴纳养老保险费，这些接受调查的农民工90.2％没有参加养老保险。二是养老保险统筹层次偏低，对流动的农民工参加保障构成障碍。目前，我国养老保险虽已实现省内统筹，但各统筹单位之间政策不统一，机制不协调。农民工就业流动性强，而现行城保制度规定养老保险关系转移时只转个人账户资金，不转移用人单位缴纳的社会统筹基金，许多参加了城保的农民工不能肯定自己现在缴了费今后能不能领到养老金，因而在异地就业时往往选择退保。三是农民工流动频繁与养老保险缴费的连续性之间存在矛盾。农民工就业不稳定、流动频繁，现行的养老保险制度规定按月享受基本养老金的最低缴费年限为15年，多数农民工很难保证参保的连续性，特别是跨省市流动的农民工参保很难达到该年限标准。四是地方利益维护与外来农民工权益保障之间存在矛盾。在目前各地财税分灶吃饭、养老金足额发放的责任完全由地方政府承担的体制下，优先保障本地户籍人口养老保险权益成为各地方政府的首位职责，而对外来农民工的养老保险制度建设并不热衷。地方政府的顾虑是，由于农民工缴费基数和缴费比例都相对较低，如果不分户籍而将各类劳动者无差别地全部纳入到本地养老保险体系之中，一旦大量农民工选择缴费满15年后于本地退休，地方政府的财政将面临巨大压力。五是企业用工成本控制和为农民工履行养老保险缴费义务之间存在矛盾。企业为节省用工成本，不愿为农民工缴纳养老保险费，这已经成为普遍共识。特别在目前农民工养老保险尚未成为企业的硬性任务之际，多数企业力求降低成本，设法规避缴费责任。相当多的企业对农民工参加养老保险持消极态度，影响了单位和个人参加养老保险的积极性。
五、其它问题
农民工的社会保障问题中还包括住房保障问题，医疗保障还包括生育保险等问题。与上述问题高度相关还有城乡户籍问题等。而城乡户籍问题又包括依附其上的城市一系列福利体制的问题；当然也包括农村土地制度等问题。因为在中国国情背景下，农民既是职业，也有身份问题。而这恰恰是城乡二元体制结构的核心问题。将人口的户籍按城乡所在区域不同，按城乡不同的管理体制人为划分农业户口和非农业户口，虽然是按职业划分的户口，但按城乡职业划分的劳动力却天生不平等。因为在传统体制下农村劳动力是不能自由流动，而这个劳动力的福利是依附在农村土地之上，它与城市劳动力在传统体制下形成的福利制度靠国家财政提供或者由单位隐性给予保障是截然不同的。因此，在改革开放以来，尽管农民并没有因为户籍问题，也没有因农村土地问题而阻挡其走南闯北离乡进城打工谋生，但是在相当长时间里，国家的就业问题只包括城市劳动力，因为在人们传统观念中，农民职业是种地，从事非农就业只是兼业。而现实中如此来定义民工、外来务工人员，在实际政策操作层面就可以成为否认赋予进城务工的农村劳动力的相关权利及其福利保障的托辞。因为其身份是农村劳动力，简言之，是农村户口，是“农民工”。无论企业雇主还是提供就业机会的城市政府，就有了不提供农民工与城市职工相同标准的工资及其福利条件的所谓“制度性”借口。这是改革开放以来农民工问题长期存在的本质原因。但是必须指出，它并不因为农民工概念不准确，而模糊二元结构在农民工进城体制中的问题。因为农民所谓户籍身份造成的非农就业权利与福利的缺失，并不是农民自身问题。不能一方面承认农民工在30年改革开放“中国经济奇迹”的历史贡献；另一方面始终以改革进程中的技术操作难度问题而延误对农民工已经是城市劳动力就业主体的确认。如今，众多相关的农民工管理的部门都有意无意将改革指向瞄向城乡户籍制度改革，进而将改革路径导入传统思维框架之中。因此，有必要设立农民工进城的基本体制，以摆脱“户籍”带给农民工的魔咒。