为研究沙门菌成簇间隔短回文重复序列(CRISPR),对CRISPR进行生物信息学分析,为进一步研究CRISPR功能及其对细菌耐药的影响奠定基础。对合肥市宠物医院分离鉴定的14株沙门菌进行耐药性(24种抗菌药物)和CRISPR检测,分析CRISPR与沙门菌多重耐药的关系。对沙门菌PCR产物进行测序,通过BLAST、RN A二级结构预测、CRISPR Target等生物信息学方法对沙门菌的CRISPR进行生物信息学分析。结果显示,沙门菌均对3种及3种以上药物耐药,有8株菌检测到CRISPR 1,14株菌检测到CRISPR2;CRISPR阳性菌株均为多重耐药菌株,CRISPR序列差异性与耐药性之间没有直接相关性,CRISPR序列与血清型之间有一定相关性。8株CRISPR 1阳性沙门菌重复序列均含1条(9、13号除外)长度为29 bp的重复序列,分为4类,14株沙门菌CRISPR 2的重复序列共有18类,其RNA二级结构都能形成回文结构,但茎环大小有差异。同源性比对发现,CRISPR 1中81.6%的间隔序列与质粒的基因组序列具有同源性,18.4%与噬菌体有同源性;CRISPR 2中80%的间隔序列与质粒具有同源性,16.8%与噬菌体有同源性,3.2%与细菌有同源性。结果表明,携带CRISPR的沙门菌广泛存在,CRISPR可能与沙门菌血清型相关,明确了CRISPR结构的生物学信息。