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新疆自古以来就是多民族聚居，多元文化、多种宗教并存的地区，是古代东西方经济、文化交流汇融的重要地区，遗留下丰富的文化遗存。1949年新中国成立，开创了新疆文物考古事业的新局面。特别是1990年代以来，新疆文物考古研究所积极配合国家和新疆基本建设，展开了一系列抢救发掘和考古调查，在文物考古科研前沿、考古难点和空白课题、涉外文物考古、中外考古交流与合作、文物科技保护与科技考古合作、考古资料的整理和边疆考古课题的实施等方面，取得了一系列好成绩。这批从石器时代到汉唐时期的文物考古发现及其成果，对准确、科学地研究古代新疆璀璨的历史文化，系统地阐明新疆自西汉以来就是中国不可分割的一部分，揭示古代新疆各族人民共同创造的西域古代文化的实质内涵，以及西域古代文明在在世界文明进程中的地位，具有重要价值；同时也为国家统一稳定、民族团结进步及社会主义和谐社会文化建设，做出了积极的贡献。
石器时代成果
新疆地区石器时代遗存的调查与发现，一直为国内外学界所关注。1993年，在吐鲁番地区交河故城沟西台地采集到大批打制石器，依打制技术和类型学特征，可分为“石叶——端刮器工业类型”文化遗存和以细石核为代表的文化遗存，第一类遗存石器多使用自由锤击法，类型有柱状石核、锥状石核、圆盘状石核、砍砸器及组合工具(雕刻器一端刮器、锯齿状器——边刮器、凹刮器——端边刃刮削器)等。第二类文化遗存即细石器遗存的石器使用间接打击法打片，类型有细石核，包括锥状石核、柱状石核、半锥——薄板状石核、楔形石核等。两类遗存的年代均属旧石器时代晚期。这一发现成为新疆地区旧石器遗存调查和研究的转折。此后近十年来较重要的考古调查和发现，一为和布克赛尔县和什托洛盖镇骆驼石等旧石器地点；二为疏附县乌帕尔细石器地点。
2004年，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和新疆文物考古研究所、美国亚利桑那大学人类学系、俄罗斯远东学院等合作，在北疆富蕴县额尔齐斯河沿岸、富蕴和青河县的乌伦古河沿岸、奇台县以及和布克赛尔县等地发现20余处旧石器地点。其中和什托洛盖镇骆驼石地点的主要石料为黑页岩，地表可采集到欧洲流行的勒瓦娄哇石片等大量石制品，时代属旧石器时代中晚期。另外在吐鲁番盆地二堡乡和艾丁湖的烽火台附近也发现多处旧石器地点，其中烽火台遗址是一处有确切地层依据的重要遗址，初步判断其时代属于旧石器晚期至新石器时代早期。这些发现，是新疆旧石器时代考古的重要突破。
疏附县乌帕尔细石器地点，地处乌帕尔乡西北巴什索赛河沿岸的戈壁地带，是全疆目前细石器分布面积最大，石器分布密集，保存最好的细石器地点群。其中亚阔塘地点、四棵胡杨树地点相连，在面积近10平方公里范围内，地表采集到的石器有细石核、石叶、刮削器、石镞、石片、石杵、石刀、预制石核、石料等；还有石砧、砍砸器等，其中石核多达700余件。地表上还见有成堆的制作石器的石料和工具、石片、石叶、石核等。石器及石料多为玉石、玛瑙、水晶及砂岩。时代也为旧石器时代晚期。
青铜及铁器时代成果
约在公元前2000年～前1000年前后及公元前1000年～前2世纪，新疆各绿洲先后进入青铜时代和早期铁器时代。属于青铜时代的考古学文化遗存，在罗布泊地区、塔城、哈密、石河子、吐鲁番、和硕等地绿洲已有发现；属于早期铁器时代的考古学文化遗存，在南北疆各地均有发现。考古资料显示，在南北疆不同地区，存在不同的考古文化类型和年代序列。
近10年来，新疆文物考古研究所为配合自治区水库、公路铁路交通、油气管线等建设，对于塔里木盆地石油勘探区块、哈密天山北路墓地、尼勒克县吉林台水库库区墓地和遗址、特克斯县恰普其海水库区墓地、塔什库尔干县下坂地墓地、和静县察汗乌苏水库库区墓地、伊吾县拜其尔墓地、鄯善县乌堂墓地、乌鲁木齐市大西沟墓地、阿勒泰引额济乌工程喀拉塑克水利枢纽建设和淹没区墓葬等进行了发掘；并及时抢救性发掘了特殊地区濒危的重要文物遗址、墓地，如小河墓地、石河子南山墓地、阜康三工乡墓地、鄯善县洋海墓地等。增进了人们对于新疆史前文化面貌的认知和西域早期文明进程的了解。
1，哈密市天山北路墓地
1997年为配合当地的公路交通建设，新疆文物考古研究所对哈密市火车站南天山北路墓地（林雅墓地）进行了抢救性考古发掘，发掘270余座单人竖穴土坑墓和竖穴土坯墓。
此前在1988〜1997年间，天山北路墓地曾多次发掘，共清理墓葬700余座，分为长方形土坑竖穴和土坑竖穴土坯墓两种；出土有陶器、铜器、骨器、银器、珠、贝等。墓地年代约在公元前19世纪～前13世纪。这是新疆东部地区年代最早、文化内涵最丰富的青铜时代遗存，也是与甘肃四坝文化或玉门火烧沟类型等考古学文化有密切联系的遗存。
2．哈密市艾斯克霞尔墓地
1999年新疆文物考古研究所、哈密文管所抢救发掘了位于哈密五堡乡西南30公里的艾斯霞尔墓地。墓地表面无任何标志，基本为竖穴土坑和竖穴二层台墓，死者多皮衣裹尸，面盖皮覆面，梳双辫。个别墓葬尸体成为干尸，或身着褐袍、长裤，脚穿皮靴，随葬品保存完好，有毛织品、皮制品、铜、木、石、骨、陶器及食物等，明器随葬多见。毛织品、皮制品主要用作服饰，均手工缝制。皮制品以羊皮、牛皮作原料，多经鞣制，皮线缝合，铜器数量多，但种类较少。根据墓葬出土铜器和墓室盖木上保留的大量斧、凿、刀等工具的加工痕迹推测，居民已经掌握了制铜工艺，使用青铜器和青铜装饰品。该墓地的绝对年代距今3000年前后。
3．尼雅河北部和克里雅河上游、下游青铜时代遗存
1993～1996年，中日尼雅遗址学术考察队对民丰县尼雅遗址以北地区进行考古调查时发现一处房址，遗存时代距今约3000年前后。
1996年中法联合考古队在克里雅河西北尾闾地区，发现了早期人类活动遗存。2001年、2005年又在圆沙古城以北地区（北纬39度纬线南北区域）的多处地点发现了早期房屋建筑遗存，遗物的时代为青铜时代晚期，可能距今2800～3000年左右。这些早期文化遗存，可能与罗布泊地区、帕米尔以西塔吉克斯坦等地的史前文化存在一定关系；部分迹象显示与中亚地区的安得罗诺沃文化可能存在某种文化联系。
2003～2005年，中国社科院考古研究所对于田县克里雅河上游阿羌乡流水墓地的52座墓葬进行了发掘。墓葬分为石堆墓与石围墓两种类型。墓地的年代大约在公元前一千纪前后，其文化特征与尼雅遗址北方地区、圆沙古城以北地区 发现者非常相似，当属同一文化遗存。这些发现填补了塔里木盆地南缘地区青铜时代至早期铁器时代考古的空白。
4．尼勒克县吉林台水库库区墓地
吉林台墓群位于尼勒克县境内喀什河两岸。2000～2005年，为配合吉林台大型水电建设工程，新疆文物考古研究所与西北大学考古系等合作，先后对吉林台库区穷科克一号、二号墓地，穷科克遗址、乌图兰和呼吉尔沟墓地、吉仁托海墓地、加勒克斯喀茵特墓地、别特巴斯陶墓地、铁木里克沟墓地、彩桥门墓地等进行了考古发掘。
穷科克遗址是在我国境内发现并经过发掘的规模较大的安得罗诺沃文化时期遗址。穷科克一号墓地发掘墓葬55座、祭祀坛2座。墓葬地表有封土标志，墓室口表面有石环圈和石堆，墓葬以竖穴偏室墓为主，其次为竖穴土坑墓、竖穴石棺墓、地表上石棺墓等。一般一封堆下一个墓室，少数为二个或三个墓室。墓地绝对年代约在公元前1000年～前500年前后。
穷科克二号墓地共发掘墓葬80座，墓葬地表有封堆，墓室口上部有石环圈和石堆，墓室多为竖穴石棺墓。一个封堆下多为单墓室，少量为双室或四个墓室。死者多一次葬，个别死者缺少手指或脚趾，少量墓葬无头骨。墓地绝对年代在公元前500年～公元前后。
吉林台水库库区墓群共发掘墓葬780多座，考古资料从史前到汉晋大致连续，内在联系较紧密，整体性较强，对于喀什河流域乃至整个伊犁河流域的考古文化研究，以及跨区域考古学文化或文化因素的对比研究具有重要价值。
5．特克斯县恰普其海水库墓地
2000～2004年，新疆文物考古研究所为配合特克斯县境内恰普其海水利工程建设，对库区20余处墓地计289座墓葬进行调查和发掘。一类墓葬为大型土墩墓，地面封堆直径15～50米，一般在封土中有两圈石围，墓口有石堆，地下有竖穴土坑或竖穴偏室；二类墓葬为小型土坑石堆墓，封堆直径10～15米，地下偏室；三类为积石堆墓，地表石堆圆形，直径10米左右，地下偏室；四类为石堆石棺墓，地上石堆直径10米左右，地下竖穴石棺。随葬器物比较丰富。
从墓葬地表形态、墓地分布规律、墓葬型制及随葬品情况看，发掘的墓葬多集中在公元前4世纪～公元2世纪，有些石堆墓的年代可能会延续到3～4世纪；从文献记载及掌握的资料看，可能是汉代前后，是塞克——乌孙人的遗存。
6．和静县察汗乌苏墓地
察汗乌苏墓地位于和静县西北70余公里的天山山谷的沟谷中，为配合新疆开都河察汗乌苏水电站工程建设，2004年，新疆文物考古研究所抢救发掘墓葬160余座。墓葬地表有石围石堆，墓室有竖穴石室和竖穴土坑两种。竖穴土坑墓中多见木棺和石棺葬具。木棺可分为矩形箱式棺、槽形棺、船形棺，死者身着袍服，从残存碎片看有绢、锦、刺绣等，在和静地区尚属首次发现。石围石堆墓出土器物以带流陶器为主，属察吾乎文化的文化遗存，其年代在距今3000～2500年间；木棺石椁墓的年代则在汉晋时期。
7．塔什库尔干县下坂地墓地
2001～2004年，配合塔里木河流域综合治理项目——下坂地水利枢纽工程的建设，新疆文物考古研究所在塔什库尔干河南北两岸水库淹没区内，发现墓地13处，发掘墓葬181座以及房屋遗址。大部分墓葬地表有积石标志，可分为石堆、石围石堆、石围墓三种；墓葬多为土葬墓，墓室位于积石下，少数墓无墓室。另外还发现有少量人、骨灰合葬和火葬墓，人骨置于地面或墓室内火化，有的还将随葬品—同焚烧。
这批墓葬在墓葬形制、葬法、出土器物等方面皆独具特色，火葬墓在塔什库尔干县香宝宝墓地及前苏联帕米尔以西的一些墓地中存在，部分陶器亦见于香宝宝墓地及中亚安德罗诺沃文化中。特别是喇叭形耳环更是安德罗诺沃文化中的常见器。墓地的年代约在距今3000～2500年前后。这次发掘是帕米尔高原地区第二次考古发掘。
8．伊吾县拜其尔墓地
2004～2005年，新疆文物考古研究所和哈密地区文物局在伊吾县拜其尔墓地共清理墓葬近100座。墓葬地表均有石堆标志，墓葬有竖穴土坑墓、竖穴土坯墓、竖穴石室墓、木棺墓等多种形式，墓室有用岩石和石板砌筑，有用土坯砌筑，有用石块和土坯混筑，有用木椁和石块共同构成墓室，也有直接埋入墓坑。部分出土文物反映与哈密地区焉不拉克文化存在一定联系，相当于焉不拉克墓地中晚期；墓地年代距今2900～2500年左右。
9．若羌县小河墓地
小河墓地地处罗布泊西南、孔雀河南部支流小河地域，1934年瑞典人贝格曼首次调查发现。2002～2005年新疆文物考古研究所对小河墓地进行了全面发掘。
墓地所在地原系高阜沙丘，由自然积沙和不断叠埋墓葬时的人工堆沙形成。墓地南部经发掘的墓葬可分五层共计139座。墓葬一般是先挖沙坑、坑中置棺具，然后在棺前后竖置立木。木棺由胡杨木制成，形似无底的独木舟，其上普遍覆盖着牛皮，最多的覆盖五、六层，有的还盖有毛织物；棺前竖立木因死者性别不同而有区别，男性棺前立木似桨，大小差别很大，最高的3米多；女性棺前立木基本呈柱体，木柱端头均涂红。埋葬时，两类立木同木棺一起多被掩埋在墓室中；部分墓葬在墓室的最前端再立一根高约3～5米的粗木柱，木柱露出地表的部分涂红。有些木柱顶端变细，可能用以悬挂牛头。
经过发掘的167座墓中，儿童墓近20座，其余基本为成人单人墓。一至三层干尸发现较多，身体上普遍涂有乳白色的浆状物质。
在小河墓地还发现有形制特殊的泥壳木棺墓，在泥壳木棺周围栽竖高约5米左右的多棱形木柱围成柱圈，柱上涂红，柱顶端粗细变化的地方用草绳悬挂牛头。
小河墓地规模最大的一座木房式墓葬，由木构的前后墓室和梯形“墓道”组成。该墓已被盗，墓室上部及周围扰沙中发现彩绘木牌、多节的木雕人面像以及百余件牛头和羊头。
根据发掘前对墓地表面散落的棺板的统计，可知墓地上层百余座墓葬已完全被破坏；经过科学发掘的墓葬只是原来整个墓地的一半。小河墓地文化面貌与孔雀河古墓沟青铜时代墓地关系密切，墓地年代大致距今4000年左右。该墓地的发掘是新疆近10年来最重要的考古工作之一。(详见本刊2005年第5期)
10、鄯善县洋海墓地
洋海墓地位于鄯善县洋海村西北2公里处三片相对独立的黄土台地上。2003年，新疆文物考古研究所及吐鲁番地区文物局清理发掘墓葬509座。葬具中多用圆木做尸床，此外还大量使用编织精美的草席、草编帘垫、毛毡和地毯。人骨大多保存完好，还有干尸出土。其中有些颅骨上有人工穿孔和大面积骨折伤。在部分保存较好的人手背 上，绘有繁缛的花纹。
洋海墓地出土器物丰富，有陶器、木器、青铜器、石器、铁器、骨器、角器、海贝、草编器、皮革制品、毛织物、丝、棉织物和服饰等。陶器800余件，其中彩陶近500件。木器、木制品有900余件，木桶外壁阴刻、线刻出成组的动物形象，还有木制箜篌(竖琴)、泥制吹风管等。
初步研究显示，洋海墓地年代为青铜时代到早期铁器时代，绝对年代为公元前1000年稍早到纪元稍后。
除上述重要考古发现之外，近10年以来新疆文物考古工作者还对乌奎高速公路工程涉及的仓房沟古墓葬和沙湾县黑山头古墓葬、哈密市黄田农场上庙尔沟墓地、温泉县冬都不拉牧场查干郭勒土墩墓、额敏县城到铁厂沟线路上的古墓葬、阿合奇——八盘水磨公路沿线墓葬等进行了清理发掘。
新疆地区史前考古文化遗存的调查和发现，是近年来新疆考古最新的成果，对于不同生态地理单元考古文化的编年、文化形态的探析、生态环境变迁研究等，具有重要学术研究价值。迄今，考古文化研究结果显示，青铜时代～早期铁器时代，新疆东部地区与我国甘肃、青海等地存在较多的文化联系；西部和北部地区则与中亚国家、南俄罗斯等地存在较多的文化联系。新疆特殊的地理位置和自然生态特点，造就了西域史前时期丰富多彩的历史文化；新疆史前文化居民种族多源，民族构成纷杂，经济生产类型多样，与祖国内地及与西方的文化联系久远而广泛，是历史时期西域文明的历史基础。
汉唐时期考古成果
自汉代起，新疆始称西域，汉宣帝神爵三年（公元前59年），西汉政府在西域设置西域都护，西域正式纳入汉朝版图，成为中国统一多民族国家不可分割的一部分。近10年来，新疆汉唐时期考古调查和发掘，取得了重要的收获，其中以民丰县尼雅遗址、尉犁县营盘墓地、楼兰古城地区彩棺墓葬、克里雅河流域圆沙古城及墓葬、吐鲁番交河故城沟西墓地、策勒县丹丹乌里克遗址、高昌故城等调查发掘尤为引人注目。一系列的考古新发现，为揭示汉唐时期中原王朝对西域进行有效的管辖和治理，探索辉煌的西域历史文化面貌，阐明丝绸之路历史实态和东西方文化交流，提供了非常重要的资料。
1．民丰县尼雅遗址
1988～1997年，中日尼雅遗址联合考察队对遗址进行了多年连续调查和发掘，其中1995～1997年对尼雅遗址N5佛寺遗址和新发现的两处墓地、古城遗址等进行了清理发掘。尼雅遗址的发掘在国内外引起了较大的关注。
N5佛寺遗址是尼雅遗址北部的一处聚落遗址，整个遗址现存寺院、院门、冰窖、北区房址及西区房址等五处建筑遗迹。佛寺遗迹平面呈正方形“回”字状，属于木框架式建筑。建筑材料为木料、芦苇、红柳、泥土等。发掘资料显示，佛寺遗址的使用年代，应该在3世纪中后期。尼雅佛寺的发现与发掘，对于探讨丝绸之路南道诸绿洲的城郭之国早期佛教兴盛的历史具有重要价值。
1995～1997年在遗址的北部区域I号墓地发掘墓葬15座，3座为长方形箱式木棺，12座为独木舟式船棺，墓葬之中埋葬的人数和随葬品多寡不一，显示出葬者身份和等级的差别。
尼雅墓地出土大量珍贵文物，有木器、陶器、铜器、铁器、漆器、玻璃器、皮革制品、毛丝棉织物、农作物等，其中织有汉字吉祥语等的各种艳丽多彩的织锦引人注目。墓地的年代为汉晋时期。
2．尉犁县营盘遗址、墓地
营盘遗址位于巴音郭楞蒙古自治州尉犁县东偏南130余公里的孔雀河北、库鲁克塔格山南的洪积扇地带，是一处典型的绿洲聚落遗址，现存的遗迹类型有古城址、烽燧、佛寺、农田、灌溉渠道、公共墓地等。古城平面呈圆形，直径180米；古城东北有土坯垒砌的长方形塔院式寺院遗址，西北部有农田和灌溉渠道遗迹；古城东北的山前台地上为墓地，有古墓300余座。营盘遗址1893年由俄国人科兹洛夫发现。1989年、1995年、1999年，新疆文物考古研究所对墓地220余座墓葬进行了抢救性发掘。
营盘墓地的墓葬排列无明显规律，分布密集，排列有序，很少见打破叠压现象；表面有木桩标志，墓室结构有两种，一种是竖穴土坑，葬具有槽形、船形树棺和四足箱式木棺；个别墓中同时放置两种葬具，箱棺在下，内敛尸体、槽棺虚扣其上。箱式棺中还有一种只有四框而无底板。出土多具箱式彩绘木棺，外壁满绘彩色图案，有神兽、辟邪、云气、瑞草、日、月、穿璧纹等纹样。另一种是竖穴偏室墓，偏室口用木柱、木板、柳条栅栏和芦苇草等封堵，内无葬具。其中一件漆奁内发现有墨书卢文字的残纸。由于干燥的气候环境，墓葬死者所著毛、丝、棉、麻类衣物不同程度地得以保存。
1995年发掘的营盘15号墓，墓葬规格很高，出土遗物保存状况好，服饰精美。墓室为土坑竖穴，葬具为一四足箱式木棺，棺壁和棺盖上彩绘成组穿璧纹、卷草、花卉、树叶纹样，棺外覆盖彩色狮纹栽绒毯。彩棺内葬一25岁男性，身长180厘米，身盖有淡黄色绢衾，头枕缀串珠玑的“绮上加绣”鸡鸣枕，面部罩盖麻质面具，面具上墨绘的眉目生动，神情温和安详，上贴金箔。
营盘墓地的年代基本在汉晋时期。部分墓葬的年代可能略早或略晚。营盘墓地考古发掘，为研究营盘聚落遗址的形成及其在丝绸之路楼兰道交通和楼兰屯戍方面的作用，探析古代东西方文化融汇与交流，揭示营盘墓地的丧葬文化内涵和分期等问题，提供了较为全面丰富的科学资料。
3．于田县克里雅河下游地区圆沙古城及其墓葬
1996～2001年及2005年，中法克里雅河联合考古考察队对于田县克里雅河下游古遗址进行了调查，发现一处古城遗址及多座墓葬。
古城位于克里雅河下游喀拉墩遗址群西北41公里的沙漠地带，南距于田县城230公里，地处塔克拉玛干沙漠中心地域，依地貌命名“圆沙古城”。古城所在地已经被沙丘覆盖，城为不规则的四边形，因水或风蚀，转角处的城垣大都不存，墙体大多不直。经实测，城周长约995米，残存的城垣长度为473米，高度一般为3～4米，最高处达11米。城垣的结构以两排竖置的胡杨木夹以纵向层层铺垫的红柳枝为墙体骨架，墙外用泥土块垒砌或胡杨枝、芦苇夹淤泥等垛砌成护坡。南墙和东墙各有一个城门。
城内已经基本被流沙覆盖，暴露的6处建筑遗迹也因风蚀等原因仅存基础部分。古城的年代，C14测年为距今2135±50年；结合对采集文物的分析，古城的时代上限应该不晚于西汉时期；根据文献记载，西汉时期这里应是弥国地望所在。
在圆沙古城附近地区发现6处墓地，已发掘的20座墓葬，可以分为胡杨树棺葬、竖穴土坑树棺葬、竖穴土坑墓、木椁墓等。保存好的干尸，深目高鼻，见棕色头发，多 辫，内着粗细毛衣，外穿皮衣。据分析可能就是古城内外居民的墓葬。圆沙古城遗址及墓葬的发现，对于认识克里雅河流域考古文化面貌，探讨沙漠地区古代绿洲生态环境变迁等有重要价值。
4．罗布泊楼兰遗址区LE古城附近壁画墓
1998～2004年间，在楼兰古城以北LE古城为中心的地域，多次发现以彩绘木棺为葬具的墓葬。
1998年在楼兰地区LE古城东北的竖穴土圹墓中出土彩棺一具，系被盗掘后追缴收回。彩棺长201厘米，棺体五面彩绘，均为白底上绘黄、橘红、草绿、褐、黑彩，棺体上绘束带连璧纹样和花卉纹，以束带形成的菱形区格，内填云纹和花草纹样，两棺箱封板分别绘有表示日、月的乌鸟和蟾蜍纹样，色泽非常鲜艳。棺内葬一个男性个体，面部盖有两块浅黄色棉布覆面，身着白色棉布面绢里单袍，白色棉布单裤和单袜，头下为一锁绣蔓草文枕。墓葬棺具下，有一件长266、宽103厘米的狮纹地毯，同时出土两件漆杯和一件漆盘。墓葬的年代当为汉晋时期。
2003年，新疆文物考古所对罗布泊楼兰遗址区一处被盗掘的壁画墓进行了重点发掘。墓地地处罗布泊北大型雅丹台地密集的地域，南距楼兰故城遗址约23公里，西南距保存较完整的LE方城约4公里。这座墓葬为带长墓道的洞室墓，墓室为前后室，前室中部有一圆形中心柱，前后室四壁均有壁画，壁画绘在草泥墙上。壁画内容有跪坐的人物形象、僧人形象、镇墓兽、人物戏斗骆驼图案、墨书佉卢文字、奔马以及星团状莲花纹图案等等。壁画造型简练，色调明快，构图活泼而鲜明，线描技法或细劲挺拔，或粗犷豪放。
带有长墓道的洞室壁画墓，在楼兰地区为首次发现，从墓葬和所见文物的基本特征分析，墓葬的年代应在公元3～4世纪之际；与敦煌及吐鲁番地区发现的壁画墓相近，反映出了相互间较为密切的文化联系。
5．吐鲁番交河故城沟西墓地
1995～1996年，新疆文物考古研究所在交河沟西台地墓地发掘了41座墓葬，其中竖穴墓23座，斜坡墓道墓18座。竖穴墓又分为竖穴土坑墓和竖穴偏室墓。出土的金器十分精美，墓葬的年代应可早到西汉。斜坡墓道墓有些有茔院，有圆形封堆或覆斗形封堆，其下用土坯堆砌。墓葬中出土有墓志6块，墓葬年代在公元前6～7世纪，为麴氏高昌～唐西州时期。
6．策勒县丹丹乌里克遗址
2002年，新疆文物考古研究所对地处策勒县沙漠腹地的丹丹乌里克遗址进行了考察，并抢救清理了已经暴露在外的佛寺壁画遗存。佛寺位于丹丹乌里克遗址的西北区域，平面为长方形，有内外回廊和中心柱，清理出大、小壁画20余块，内容有清晰的佛象，骑士图、婆罗迷文题迹等，墙体为木骨泥墙，东墙壁画基本完整，内容为佛像和呈连环画形式的故事画。南回廊和西回廊内发现有整块壁画被切割的痕迹，在西回廊还发现十数张1927年的德文报纸压在一块壁画下，其中见有一张署名“瑞士植物学家博斯哈德”的名片，经查阅此人确于1928年到达丹丹乌里克遗址，由此证明被切割壁画应属此人所为。壁画的绘画技法与古代于阗尉迟画风一致。初步研究表明，佛寺壁画的年代上限似在唐代初叶，即7世纪晚期。
7．配合高昌故城保护过程的考古勘探与发掘
2005～2006年，新疆文物考古研究所为配合高昌故城维修工程实施，勘探确认，高昌故城东城墙和南墙外存在护城河遗迹；同时对西门遗址和大佛寺遗址进行了发掘。
大佛寺遗址的考古，共清理发掘房屋建筑遗迹20余间，多为里外套间式房屋，形制大小几乎一致，长12.6、宽3.8米，中间起墙隔成大小基本一样的开间。门均朝向中部佛塔，外间有拱形门窗。每间房均有夯土墙基。发掘者初步推断大佛寺的主要使用年代应该在唐代及回鹘高昌时期。
对高昌故城遗址的首次考古发掘，为今后大遗址保护、城址考古研究和文物保护规划论证实施，积累了宝贵的经验。
除上的重要考古发现外，1995年以来新疆文物考古研究所还对对和阗县布扎克乡的伊麻目·木沙卡孜姆麻扎14座唐代墓葬（1995年）、阿图什市喀喇汗朝时期的遗址和墓葬（1995年）、喀什市亚吾鲁克遗址（1997、2002年）、叶城宗朗乡艾山亚村墓葬（1999年）莎车卡群石堆墓（1999年）、伊宁县墩麦里汉晋时期土墩墓（2000年）、木垒县莎子村附近清代驿站遗址（2002年）、阜康天池铁瓦寺旧址（2002年）、库尔勒上户乡墓地唐代墓葬(2002年)等地点，进行了考古调查和发掘，取得了可喜的成果。
背景链接：建国以来新疆重要考古发现
1953年7月，由西北行政委员会、新疆省人民政府组成文物调查工作组，首次调查新疆文物古迹。同年进行较全面的文物普查。
1959年，李遇春带队深入塔里木盆地，对和田、洛浦、于田、民丰等县的7处遗址进行考古凋查，首次试掘尼雅遗址。
1959年，在巴楚托库孜萨来遗址发掘出土大量文物，乌恰县出土了唐代金条13根、波斯银币947枚。
1959〜1975年，吴震等先后对阿斯塔那墓地进行15次发掘，清理墓葬400多座。出土了大批晋〜唐时期的陶、木、金属器、文书、织物、俑类和纸画、绢画等艺术珍品。其中汉文文书2000余件(号)。
1950年代末，黄文弼对新疆汉、唐龟兹国都的皮郎古城和寺院遗址进行调查发掘。
1961年，新疆科学院考古组对昭苏汉代土墩墓进行发掘，出土—批重要文物。
1961年，在准噶尔盆地发现距今9千万年至1亿年前的恐龙类古生物化石。
1972年，在疏附县发现阿克塔拉、温古洛克、库鲁克塔拉、德沃协克等4处石器时代遗址。
1973年，库木吐喇和克孜尔石窟相继发现新洞窟。
1974年，焉耆出土了吐火罗文(焉耆语)《弥勒会见记》剧本残叶，连同1959年在哈密发现的回鹘文《弥勒会见记》，是迄今新疆发现古代民族文字文书最多的两批。
1976～1986年，在哈密市五堡古墓地共发掘墓葬111座，出土随葬品1000多件。
1977年，在木垒县东城公社发掘四道沟原始村落遗址。
1978年，在哈密、鄯善、伊吾、巴里坤、木垒等5县进行考古调查，发掘古墓葬45座；在哈密七角井遗址采集到的细石器遗存。
1979年，中国社科院考古研究所两次调查和测绘唐代北庭都护府所在地吉木萨尔北庭故城遗址，并部分发掘了北庭西大寺，发现大批泥塑像和精美壁画。
1978～1980年，先后4次对罗布泊地区以楼兰古城为中心进行考古调查和发掘。重点调查了米兰戍堡、佛寺塔庙遗址、灌溉渠道、墩里克烽燧遗址、海头古城、LL古域、LK遗址。发掘楼兰古城城郊的平台墓地、孤台墓地、铁板河墓葬和孔雀河畔古墓沟墓地，出土一大批重要文物。
1982～1985年，新疆考古研究所分别对塔什库尔干、哈密、巴里坤、乌鲁木齐、喀什、和田、阿图什、托克 逊等地的古遗址、墓葬等进行了调查和发掘。
1983～1984年，抢救性发掘洛浦县山普拉墓地19座墓葬、2座殉马坑，随葬品有陶器、木器、铜器、铁器和毛、毡、皮衣物等。年代约在公元前350～250年左右。
1980年代中期，两次发掘哈密焉不拉克墓地，共清理墓葬90座，时代约为公元前1300〜前500年左右。同期，在且末县扎滚鲁克抢救性发掘战国〜东晋墓葬100余座，出土包括“楼兰美女”干尸在内的数千件珍贵文物。
1986年，发掘和静察吾乎墓地，命名“察吾乎文化”。
1988〜1997年，中日联合发掘尼雅遗址，被评为1995年全国十大考古新发现。
1988～1997年，在哈密市天山北路墓葬区抢救性发掘了近700座青铜时代古墓。
1988～1991年，新疆开展了规模空前、历时三年的文物普查工作，共调查文物遗址点2700余处。
1990年，配合拜城县克孜尔大型水库建设，发掘青铜时代〜早期铁器时代的墓葬160座，出土各类文物约1000余件。
1992年，在鄯善苏贝希，先后发掘战国〜西汉时期32座墓葬。
1995～1997年，发掘尉犁县营盘墓地墓葬百余座，被评为1997年全国十大考古新发现。
1990年代初期，配合联合国教科文组织的交河故城保护维修工程，发掘交河古城内民居遗址、西北小寺、东城门、佛教寺院等遗址；发掘交河故城沟北台地石堆墓和殉马(驼)坑；在故城沟西台地采集大批打制石器，将吐鲁番地区人类活动的历史追溯至旧石器时期。
1991〜2005年，中法联合多次在克里雅河流域进行考古调查，以喀拉墩古城遗址区为中心，发现佛寺、佛塔、民居建筑、墓葬古代灌溉渠道等各类遗存60多处，包括圆沙古城。
2000～2004年，发掘特克斯县恰甫其海墓地。
2000～2005年，发掘尼勒克县吉林台水库库区墓群。
2001～2004年，发掘塔什库尔干县下坂地墓地。
2002年，清理策勒县丹丹乌里克遗址壁画遗存。
2003年，发掘楼兰古城附近壁画墓。
2003年，发掘鄯善洋海墓地。
2002～2005年，发掘若羌小河墓地，被评为2004年度全国十大考古新发现。
2003～2005年，中国社科院考古研究所发掘于田流水墓地。
2004～2005年，发掘伊吾县拜其尔墓地。
石器时代成果
新疆地区石器时代遗存的调查与发现，一直为国内外学界所关注。1993年，在吐鲁番地区交河故城沟西台地采集到大批打制石器，依打制技术和类型学特征，可分为“石叶——端刮器工业类型”文化遗存和以细石核为代表的文化遗存，第一类遗存石器多使用自由锤击法，类型有柱状石核、锥状石核、圆盘状石核、砍砸器及组合工具(雕刻器一端刮器、锯齿状器——边刮器、凹刮器——端边刃刮削器)等。第二类文化遗存即细石器遗存的石器使用间接打击法打片，类型有细石核，包括锥状石核、柱状石核、半锥——薄板状石核、楔形石核等。两类遗存的年代均属旧石器时代晚期。这一发现成为新疆地区旧石器遗存调查和研究的转折。此后近十年来较重要的考古调查和发现，一为和布克赛尔县和什托洛盖镇骆驼石等旧石器地点；二为疏附县乌帕尔细石器地点。
2004年，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和新疆文物考古研究所、美国亚利桑那大学人类学系、俄罗斯远东学院等合作，在北疆富蕴县额尔齐斯河沿岸、富蕴和青河县的乌伦古河沿岸、奇台县以及和布克赛尔县等地发现20余处旧石器地点。其中和什托洛盖镇骆驼石地点的主要石料为黑页岩，地表可采集到欧洲流行的勒瓦娄哇石片等大量石制品，时代属旧石器时代中晚期。另外在吐鲁番盆地二堡乡和艾丁湖的烽火台附近也发现多处旧石器地点，其中烽火台遗址是一处有确切地层依据的重要遗址，初步判断其时代属于旧石器晚期至新石器时代早期。这些发现，是新疆旧石器时代考古的重要突破。
疏附县乌帕尔细石器地点，地处乌帕尔乡西北巴什索赛河沿岸的戈壁地带，是全疆目前细石器分布面积最大，石器分布密集，保存最好的细石器地点群。其中亚阔塘地点、四棵胡杨树地点相连，在面积近10平方公里范围内，地表采集到的石器有细石核、石叶、刮削器、石镞、石片、石杵、石刀、预制石核、石料等；还有石砧、砍砸器等，其中石核多达700余件。地表上还见有成堆的制作石器的石料和工具、石片、石叶、石核等。石器及石料多为玉石、玛瑙、水晶及砂岩。时代也为旧石器时代晚期。
青铜及铁器时代成果
约在公元前2000年～前1000年前后及公元前1000年～前2世纪，新疆各绿洲先后进入青铜时代和早期铁器时代。属于青铜时代的考古学文化遗存，在罗布泊地区、塔城、哈密、石河子、吐鲁番、和硕等地绿洲已有发现；属于早期铁器时代的考古学文化遗存，在南北疆各地均有发现。考古资料显示，在南北疆不同地区，存在不同的考古文化类型和年代序列。
近10年来，新疆文物考古研究所为配合自治区水库、公路铁路交通、油气管线等建设，对于塔里木盆地石油勘探区块、哈密天山北路墓地、尼勒克县吉林台水库库区墓地和遗址、特克斯县恰普其海水库区墓地、塔什库尔干县下坂地墓地、和静县察汗乌苏水库库区墓地、伊吾县拜其尔墓地、鄯善县乌堂墓地、乌鲁木齐市大西沟墓地、阿勒泰引额济乌工程喀拉塑克水利枢纽建设和淹没区墓葬等进行了发掘；并及时抢救性发掘了特殊地区濒危的重要文物遗址、墓地，如小河墓地、石河子南山墓地、阜康三工乡墓地、鄯善县洋海墓地等。增进了人们对于新疆史前文化面貌的认知和西域早期文明进程的了解。
1，哈密市天山北路墓地
1997年为配合当地的公路交通建设，新疆文物考古研究所对哈密市火车站南天山北路墓地（林雅墓地）进行了抢救性考古发掘，发掘270余座单人竖穴土坑墓和竖穴土坯墓。
此前在1988〜1997年间，天山北路墓地曾多次发掘，共清理墓葬700余座，分为长方形土坑竖穴和土坑竖穴土坯墓两种；出土有陶器、铜器、骨器、银器、珠、贝等。墓地年代约在公元前19世纪～前13世纪。这是新疆东部地区年代最早、文化内涵最丰富的青铜时代遗存，也是与甘肃四坝文化或玉门火烧沟类型等考古学文化有密切联系的遗存。
2．哈密市艾斯克霞尔墓地
1999年新疆文物考古研究所、哈密文管所抢救发掘了位于哈密五堡乡西南30公里的艾斯霞尔墓地。墓地表面无任何标志，基本为竖穴土坑和竖穴二层台墓，死者多皮衣裹尸，面盖皮覆面，梳双辫。个别墓葬尸体成为干尸，或身着褐袍、长裤，脚穿皮靴，随葬品保存完好，有毛织品、皮制品、铜、木、石、骨、陶器及食物等，明器随葬多见。毛织品、皮制品主要用作服饰，均手工缝制。皮制品以羊皮、牛皮作原料，多经鞣制，皮线缝合，铜器数量多，但种类较少。根据墓葬出土铜器和墓室盖木上保留的大量斧、凿、刀等工具的加工痕迹推测，居民已经掌握了制铜工艺，使用青铜器和青铜装饰品。该墓地的绝对年代距今3000年前后。
3．尼雅河北部和克里雅河上游、下游青铜时代遗存
1993～1996年，中日尼雅遗址学术考察队对民丰县尼雅遗址以北地区进行考古调查时发现一处房址，遗存时代距今约3000年前后。
1996年中法联合考古队在克里雅河西北尾闾地区，发现了早期人类活动遗存。2001年、2005年又在圆沙古城以北地区（北纬39度纬线南北区域）的多处地点发现了早期房屋建筑遗存，遗物的时代为青铜时代晚期，可能距今2800～3000年左右。这些早期文化遗存，可能与罗布泊地区、帕米尔以西塔吉克斯坦等地的史前文化存在一定关系；部分迹象显示与中亚地区的安得罗诺沃文化可能存在某种文化联系。
2003～2005年，中国社科院考古研究所对于田县克里雅河上游阿羌乡流水墓地的52座墓葬进行了发掘。墓葬分为石堆墓与石围墓两种类型。墓地的年代大约在公元前一千纪前后，其文化特征与尼雅遗址北方地区、圆沙古城以北地区 发现者非常相似，当属同一文化遗存。这些发现填补了塔里木盆地南缘地区青铜时代至早期铁器时代考古的空白。
4．尼勒克县吉林台水库库区墓地
吉林台墓群位于尼勒克县境内喀什河两岸。2000～2005年，为配合吉林台大型水电建设工程，新疆文物考古研究所与西北大学考古系等合作，先后对吉林台库区穷科克一号、二号墓地，穷科克遗址、乌图兰和呼吉尔沟墓地、吉仁托海墓地、加勒克斯喀茵特墓地、别特巴斯陶墓地、铁木里克沟墓地、彩桥门墓地等进行了考古发掘。
穷科克遗址是在我国境内发现并经过发掘的规模较大的安得罗诺沃文化时期遗址。穷科克一号墓地发掘墓葬55座、祭祀坛2座。墓葬地表有封土标志，墓室口表面有石环圈和石堆，墓葬以竖穴偏室墓为主，其次为竖穴土坑墓、竖穴石棺墓、地表上石棺墓等。一般一封堆下一个墓室，少数为二个或三个墓室。墓地绝对年代约在公元前1000年～前500年前后。
穷科克二号墓地共发掘墓葬80座，墓葬地表有封堆，墓室口上部有石环圈和石堆，墓室多为竖穴石棺墓。一个封堆下多为单墓室，少量为双室或四个墓室。死者多一次葬，个别死者缺少手指或脚趾，少量墓葬无头骨。墓地绝对年代在公元前500年～公元前后。
吉林台水库库区墓群共发掘墓葬780多座，考古资料从史前到汉晋大致连续，内在联系较紧密，整体性较强，对于喀什河流域乃至整个伊犁河流域的考古文化研究，以及跨区域考古学文化或文化因素的对比研究具有重要价值。
5．特克斯县恰普其海水库墓地
2000～2004年，新疆文物考古研究所为配合特克斯县境内恰普其海水利工程建设，对库区20余处墓地计289座墓葬进行调查和发掘。一类墓葬为大型土墩墓，地面封堆直径15～50米，一般在封土中有两圈石围，墓口有石堆，地下有竖穴土坑或竖穴偏室；二类墓葬为小型土坑石堆墓，封堆直径10～15米，地下偏室；三类为积石堆墓，地表石堆圆形，直径10米左右，地下偏室；四类为石堆石棺墓，地上石堆直径10米左右，地下竖穴石棺。随葬器物比较丰富。
从墓葬地表形态、墓地分布规律、墓葬型制及随葬品情况看，发掘的墓葬多集中在公元前4世纪～公元2世纪，有些石堆墓的年代可能会延续到3～4世纪；从文献记载及掌握的资料看，可能是汉代前后，是塞克——乌孙人的遗存。
6．和静县察汗乌苏墓地
察汗乌苏墓地位于和静县西北70余公里的天山山谷的沟谷中，为配合新疆开都河察汗乌苏水电站工程建设，2004年，新疆文物考古研究所抢救发掘墓葬160余座。墓葬地表有石围石堆，墓室有竖穴石室和竖穴土坑两种。竖穴土坑墓中多见木棺和石棺葬具。木棺可分为矩形箱式棺、槽形棺、船形棺，死者身着袍服，从残存碎片看有绢、锦、刺绣等，在和静地区尚属首次发现。石围石堆墓出土器物以带流陶器为主，属察吾乎文化的文化遗存，其年代在距今3000～2500年间；木棺石椁墓的年代则在汉晋时期。
7．塔什库尔干县下坂地墓地
2001～2004年，配合塔里木河流域综合治理项目——下坂地水利枢纽工程的建设，新疆文物考古研究所在塔什库尔干河南北两岸水库淹没区内，发现墓地13处，发掘墓葬181座以及房屋遗址。大部分墓葬地表有积石标志，可分为石堆、石围石堆、石围墓三种；墓葬多为土葬墓，墓室位于积石下，少数墓无墓室。另外还发现有少量人、骨灰合葬和火葬墓，人骨置于地面或墓室内火化，有的还将随葬品—同焚烧。
这批墓葬在墓葬形制、葬法、出土器物等方面皆独具特色，火葬墓在塔什库尔干县香宝宝墓地及前苏联帕米尔以西的一些墓地中存在，部分陶器亦见于香宝宝墓地及中亚安德罗诺沃文化中。特别是喇叭形耳环更是安德罗诺沃文化中的常见器。墓地的年代约在距今3000～2500年前后。这次发掘是帕米尔高原地区第二次考古发掘。
8．伊吾县拜其尔墓地
2004～2005年，新疆文物考古研究所和哈密地区文物局在伊吾县拜其尔墓地共清理墓葬近100座。墓葬地表均有石堆标志，墓葬有竖穴土坑墓、竖穴土坯墓、竖穴石室墓、木棺墓等多种形式，墓室有用岩石和石板砌筑，有用土坯砌筑，有用石块和土坯混筑，有用木椁和石块共同构成墓室，也有直接埋入墓坑。部分出土文物反映与哈密地区焉不拉克文化存在一定联系，相当于焉不拉克墓地中晚期；墓地年代距今2900～2500年左右。
9．若羌县小河墓地
小河墓地地处罗布泊西南、孔雀河南部支流小河地域，1934年瑞典人贝格曼首次调查发现。2002～2005年新疆文物考古研究所对小河墓地进行了全面发掘。
墓地所在地原系高阜沙丘，由自然积沙和不断叠埋墓葬时的人工堆沙形成。墓地南部经发掘的墓葬可分五层共计139座。墓葬一般是先挖沙坑、坑中置棺具，然后在棺前后竖置立木。木棺由胡杨木制成，形似无底的独木舟，其上普遍覆盖着牛皮，最多的覆盖五、六层，有的还盖有毛织物；棺前竖立木因死者性别不同而有区别，男性棺前立木似桨，大小差别很大，最高的3米多；女性棺前立木基本呈柱体，木柱端头均涂红。埋葬时，两类立木同木棺一起多被掩埋在墓室中；部分墓葬在墓室的最前端再立一根高约3～5米的粗木柱，木柱露出地表的部分涂红。有些木柱顶端变细，可能用以悬挂牛头。
经过发掘的167座墓中，儿童墓近20座，其余基本为成人单人墓。一至三层干尸发现较多，身体上普遍涂有乳白色的浆状物质。
在小河墓地还发现有形制特殊的泥壳木棺墓，在泥壳木棺周围栽竖高约5米左右的多棱形木柱围成柱圈，柱上涂红，柱顶端粗细变化的地方用草绳悬挂牛头。
小河墓地规模最大的一座木房式墓葬，由木构的前后墓室和梯形“墓道”组成。该墓已被盗，墓室上部及周围扰沙中发现彩绘木牌、多节的木雕人面像以及百余件牛头和羊头。
根据发掘前对墓地表面散落的棺板的统计，可知墓地上层百余座墓葬已完全被破坏；经过科学发掘的墓葬只是原来整个墓地的一半。小河墓地文化面貌与孔雀河古墓沟青铜时代墓地关系密切，墓地年代大致距今4000年左右。该墓地的发掘是新疆近10年来最重要的考古工作之一。(详见本刊2005年第5期)
10、鄯善县洋海墓地
洋海墓地位于鄯善县洋海村西北2公里处三片相对独立的黄土台地上。2003年，新疆文物考古研究所及吐鲁番地区文物局清理发掘墓葬509座。葬具中多用圆木做尸床，此外还大量使用编织精美的草席、草编帘垫、毛毡和地毯。人骨大多保存完好，还有干尸出土。其中有些颅骨上有人工穿孔和大面积骨折伤。在部分保存较好的人手背 上，绘有繁缛的花纹。
洋海墓地出土器物丰富，有陶器、木器、青铜器、石器、铁器、骨器、角器、海贝、草编器、皮革制品、毛织物、丝、棉织物和服饰等。陶器800余件，其中彩陶近500件。木器、木制品有900余件，木桶外壁阴刻、线刻出成组的动物形象，还有木制箜篌(竖琴)、泥制吹风管等。
初步研究显示，洋海墓地年代为青铜时代到早期铁器时代，绝对年代为公元前1000年稍早到纪元稍后。
除上述重要考古发现之外，近10年以来新疆文物考古工作者还对乌奎高速公路工程涉及的仓房沟古墓葬和沙湾县黑山头古墓葬、哈密市黄田农场上庙尔沟墓地、温泉县冬都不拉牧场查干郭勒土墩墓、额敏县城到铁厂沟线路上的古墓葬、阿合奇——八盘水磨公路沿线墓葬等进行了清理发掘。
新疆地区史前考古文化遗存的调查和发现，是近年来新疆考古最新的成果，对于不同生态地理单元考古文化的编年、文化形态的探析、生态环境变迁研究等，具有重要学术研究价值。迄今，考古文化研究结果显示，青铜时代～早期铁器时代，新疆东部地区与我国甘肃、青海等地存在较多的文化联系；西部和北部地区则与中亚国家、南俄罗斯等地存在较多的文化联系。新疆特殊的地理位置和自然生态特点，造就了西域史前时期丰富多彩的历史文化；新疆史前文化居民种族多源，民族构成纷杂，经济生产类型多样，与祖国内地及与西方的文化联系久远而广泛，是历史时期西域文明的历史基础。
汉唐时期考古成果
自汉代起，新疆始称西域，汉宣帝神爵三年（公元前59年），西汉政府在西域设置西域都护，西域正式纳入汉朝版图，成为中国统一多民族国家不可分割的一部分。近10年来，新疆汉唐时期考古调查和发掘，取得了重要的收获，其中以民丰县尼雅遗址、尉犁县营盘墓地、楼兰古城地区彩棺墓葬、克里雅河流域圆沙古城及墓葬、吐鲁番交河故城沟西墓地、策勒县丹丹乌里克遗址、高昌故城等调查发掘尤为引人注目。一系列的考古新发现，为揭示汉唐时期中原王朝对西域进行有效的管辖和治理，探索辉煌的西域历史文化面貌，阐明丝绸之路历史实态和东西方文化交流，提供了非常重要的资料。
1．民丰县尼雅遗址
1988～1997年，中日尼雅遗址联合考察队对遗址进行了多年连续调查和发掘，其中1995～1997年对尼雅遗址N5佛寺遗址和新发现的两处墓地、古城遗址等进行了清理发掘。尼雅遗址的发掘在国内外引起了较大的关注。
N5佛寺遗址是尼雅遗址北部的一处聚落遗址，整个遗址现存寺院、院门、冰窖、北区房址及西区房址等五处建筑遗迹。佛寺遗迹平面呈正方形“回”字状，属于木框架式建筑。建筑材料为木料、芦苇、红柳、泥土等。发掘资料显示，佛寺遗址的使用年代，应该在3世纪中后期。尼雅佛寺的发现与发掘，对于探讨丝绸之路南道诸绿洲的城郭之国早期佛教兴盛的历史具有重要价值。
1995～1997年在遗址的北部区域I号墓地发掘墓葬15座，3座为长方形箱式木棺，12座为独木舟式船棺，墓葬之中埋葬的人数和随葬品多寡不一，显示出葬者身份和等级的差别。
尼雅墓地出土大量珍贵文物，有木器、陶器、铜器、铁器、漆器、玻璃器、皮革制品、毛丝棉织物、农作物等，其中织有汉字吉祥语等的各种艳丽多彩的织锦引人注目。墓地的年代为汉晋时期。
2．尉犁县营盘遗址、墓地
营盘遗址位于巴音郭楞蒙古自治州尉犁县东偏南130余公里的孔雀河北、库鲁克塔格山南的洪积扇地带，是一处典型的绿洲聚落遗址，现存的遗迹类型有古城址、烽燧、佛寺、农田、灌溉渠道、公共墓地等。古城平面呈圆形，直径180米；古城东北有土坯垒砌的长方形塔院式寺院遗址，西北部有农田和灌溉渠道遗迹；古城东北的山前台地上为墓地，有古墓300余座。营盘遗址1893年由俄国人科兹洛夫发现。1989年、1995年、1999年，新疆文物考古研究所对墓地220余座墓葬进行了抢救性发掘。
营盘墓地的墓葬排列无明显规律，分布密集，排列有序，很少见打破叠压现象；表面有木桩标志，墓室结构有两种，一种是竖穴土坑，葬具有槽形、船形树棺和四足箱式木棺；个别墓中同时放置两种葬具，箱棺在下，内敛尸体、槽棺虚扣其上。箱式棺中还有一种只有四框而无底板。出土多具箱式彩绘木棺，外壁满绘彩色图案，有神兽、辟邪、云气、瑞草、日、月、穿璧纹等纹样。另一种是竖穴偏室墓，偏室口用木柱、木板、柳条栅栏和芦苇草等封堵，内无葬具。其中一件漆奁内发现有墨书卢文字的残纸。由于干燥的气候环境，墓葬死者所著毛、丝、棉、麻类衣物不同程度地得以保存。
1995年发掘的营盘15号墓，墓葬规格很高，出土遗物保存状况好，服饰精美。墓室为土坑竖穴，葬具为一四足箱式木棺，棺壁和棺盖上彩绘成组穿璧纹、卷草、花卉、树叶纹样，棺外覆盖彩色狮纹栽绒毯。彩棺内葬一25岁男性，身长180厘米，身盖有淡黄色绢衾，头枕缀串珠玑的“绮上加绣”鸡鸣枕，面部罩盖麻质面具，面具上墨绘的眉目生动，神情温和安详，上贴金箔。
营盘墓地的年代基本在汉晋时期。部分墓葬的年代可能略早或略晚。营盘墓地考古发掘，为研究营盘聚落遗址的形成及其在丝绸之路楼兰道交通和楼兰屯戍方面的作用，探析古代东西方文化融汇与交流，揭示营盘墓地的丧葬文化内涵和分期等问题，提供了较为全面丰富的科学资料。
3．于田县克里雅河下游地区圆沙古城及其墓葬
1996～2001年及2005年，中法克里雅河联合考古考察队对于田县克里雅河下游古遗址进行了调查，发现一处古城遗址及多座墓葬。
古城位于克里雅河下游喀拉墩遗址群西北41公里的沙漠地带，南距于田县城230公里，地处塔克拉玛干沙漠中心地域，依地貌命名“圆沙古城”。古城所在地已经被沙丘覆盖，城为不规则的四边形，因水或风蚀，转角处的城垣大都不存，墙体大多不直。经实测，城周长约995米，残存的城垣长度为473米，高度一般为3～4米，最高处达11米。城垣的结构以两排竖置的胡杨木夹以纵向层层铺垫的红柳枝为墙体骨架，墙外用泥土块垒砌或胡杨枝、芦苇夹淤泥等垛砌成护坡。南墙和东墙各有一个城门。
城内已经基本被流沙覆盖，暴露的6处建筑遗迹也因风蚀等原因仅存基础部分。古城的年代，C14测年为距今2135±50年；结合对采集文物的分析，古城的时代上限应该不晚于西汉时期；根据文献记载，西汉时期这里应是弥国地望所在。
在圆沙古城附近地区发现6处墓地，已发掘的20座墓葬，可以分为胡杨树棺葬、竖穴土坑树棺葬、竖穴土坑墓、木椁墓等。保存好的干尸，深目高鼻，见棕色头发，多 辫，内着粗细毛衣，外穿皮衣。据分析可能就是古城内外居民的墓葬。圆沙古城遗址及墓葬的发现，对于认识克里雅河流域考古文化面貌，探讨沙漠地区古代绿洲生态环境变迁等有重要价值。
4．罗布泊楼兰遗址区LE古城附近壁画墓
1998～2004年间，在楼兰古城以北LE古城为中心的地域，多次发现以彩绘木棺为葬具的墓葬。
1998年在楼兰地区LE古城东北的竖穴土圹墓中出土彩棺一具，系被盗掘后追缴收回。彩棺长201厘米，棺体五面彩绘，均为白底上绘黄、橘红、草绿、褐、黑彩，棺体上绘束带连璧纹样和花卉纹，以束带形成的菱形区格，内填云纹和花草纹样，两棺箱封板分别绘有表示日、月的乌鸟和蟾蜍纹样，色泽非常鲜艳。棺内葬一个男性个体，面部盖有两块浅黄色棉布覆面，身着白色棉布面绢里单袍，白色棉布单裤和单袜，头下为一锁绣蔓草文枕。墓葬棺具下，有一件长266、宽103厘米的狮纹地毯，同时出土两件漆杯和一件漆盘。墓葬的年代当为汉晋时期。
2003年，新疆文物考古所对罗布泊楼兰遗址区一处被盗掘的壁画墓进行了重点发掘。墓地地处罗布泊北大型雅丹台地密集的地域，南距楼兰故城遗址约23公里，西南距保存较完整的LE方城约4公里。这座墓葬为带长墓道的洞室墓，墓室为前后室，前室中部有一圆形中心柱，前后室四壁均有壁画，壁画绘在草泥墙上。壁画内容有跪坐的人物形象、僧人形象、镇墓兽、人物戏斗骆驼图案、墨书佉卢文字、奔马以及星团状莲花纹图案等等。壁画造型简练，色调明快，构图活泼而鲜明，线描技法或细劲挺拔，或粗犷豪放。
带有长墓道的洞室壁画墓，在楼兰地区为首次发现，从墓葬和所见文物的基本特征分析，墓葬的年代应在公元3～4世纪之际；与敦煌及吐鲁番地区发现的壁画墓相近，反映出了相互间较为密切的文化联系。
5．吐鲁番交河故城沟西墓地
1995～1996年，新疆文物考古研究所在交河沟西台地墓地发掘了41座墓葬，其中竖穴墓23座，斜坡墓道墓18座。竖穴墓又分为竖穴土坑墓和竖穴偏室墓。出土的金器十分精美，墓葬的年代应可早到西汉。斜坡墓道墓有些有茔院，有圆形封堆或覆斗形封堆，其下用土坯堆砌。墓葬中出土有墓志6块，墓葬年代在公元前6～7世纪，为麴氏高昌～唐西州时期。
6．策勒县丹丹乌里克遗址
2002年，新疆文物考古研究所对地处策勒县沙漠腹地的丹丹乌里克遗址进行了考察，并抢救清理了已经暴露在外的佛寺壁画遗存。佛寺位于丹丹乌里克遗址的西北区域，平面为长方形，有内外回廊和中心柱，清理出大、小壁画20余块，内容有清晰的佛象，骑士图、婆罗迷文题迹等，墙体为木骨泥墙，东墙壁画基本完整，内容为佛像和呈连环画形式的故事画。南回廊和西回廊内发现有整块壁画被切割的痕迹，在西回廊还发现十数张1927年的德文报纸压在一块壁画下，其中见有一张署名“瑞士植物学家博斯哈德”的名片，经查阅此人确于1928年到达丹丹乌里克遗址，由此证明被切割壁画应属此人所为。壁画的绘画技法与古代于阗尉迟画风一致。初步研究表明，佛寺壁画的年代上限似在唐代初叶，即7世纪晚期。
7．配合高昌故城保护过程的考古勘探与发掘
2005～2006年，新疆文物考古研究所为配合高昌故城维修工程实施，勘探确认，高昌故城东城墙和南墙外存在护城河遗迹；同时对西门遗址和大佛寺遗址进行了发掘。
大佛寺遗址的考古，共清理发掘房屋建筑遗迹20余间，多为里外套间式房屋，形制大小几乎一致，长12.6、宽3.8米，中间起墙隔成大小基本一样的开间。门均朝向中部佛塔，外间有拱形门窗。每间房均有夯土墙基。发掘者初步推断大佛寺的主要使用年代应该在唐代及回鹘高昌时期。
对高昌故城遗址的首次考古发掘，为今后大遗址保护、城址考古研究和文物保护规划论证实施，积累了宝贵的经验。
除上的重要考古发现外，1995年以来新疆文物考古研究所还对对和阗县布扎克乡的伊麻目·木沙卡孜姆麻扎14座唐代墓葬（1995年）、阿图什市喀喇汗朝时期的遗址和墓葬（1995年）、喀什市亚吾鲁克遗址（1997、2002年）、叶城宗朗乡艾山亚村墓葬（1999年）莎车卡群石堆墓（1999年）、伊宁县墩麦里汉晋时期土墩墓（2000年）、木垒县莎子村附近清代驿站遗址（2002年）、阜康天池铁瓦寺旧址（2002年）、库尔勒上户乡墓地唐代墓葬(2002年)等地点，进行了考古调查和发掘，取得了可喜的成果。
背景链接：建国以来新疆重要考古发现
1953年7月，由西北行政委员会、新疆省人民政府组成文物调查工作组，首次调查新疆文物古迹。同年进行较全面的文物普查。
1959年，李遇春带队深入塔里木盆地，对和田、洛浦、于田、民丰等县的7处遗址进行考古凋查，首次试掘尼雅遗址。
1959年，在巴楚托库孜萨来遗址发掘出土大量文物，乌恰县出土了唐代金条13根、波斯银币947枚。
1959〜1975年，吴震等先后对阿斯塔那墓地进行15次发掘，清理墓葬400多座。出土了大批晋〜唐时期的陶、木、金属器、文书、织物、俑类和纸画、绢画等艺术珍品。其中汉文文书2000余件(号)。
1950年代末，黄文弼对新疆汉、唐龟兹国都的皮郎古城和寺院遗址进行调查发掘。
1961年，新疆科学院考古组对昭苏汉代土墩墓进行发掘，出土—批重要文物。
1961年，在准噶尔盆地发现距今9千万年至1亿年前的恐龙类古生物化石。
1972年，在疏附县发现阿克塔拉、温古洛克、库鲁克塔拉、德沃协克等4处石器时代遗址。
1973年，库木吐喇和克孜尔石窟相继发现新洞窟。
1974年，焉耆出土了吐火罗文(焉耆语)《弥勒会见记》剧本残叶，连同1959年在哈密发现的回鹘文《弥勒会见记》，是迄今新疆发现古代民族文字文书最多的两批。
1976～1986年，在哈密市五堡古墓地共发掘墓葬111座，出土随葬品1000多件。
1977年，在木垒县东城公社发掘四道沟原始村落遗址。
1978年，在哈密、鄯善、伊吾、巴里坤、木垒等5县进行考古调查，发掘古墓葬45座；在哈密七角井遗址采集到的细石器遗存。
1979年，中国社科院考古研究所两次调查和测绘唐代北庭都护府所在地吉木萨尔北庭故城遗址，并部分发掘了北庭西大寺，发现大批泥塑像和精美壁画。
1978～1980年，先后4次对罗布泊地区以楼兰古城为中心进行考古调查和发掘。重点调查了米兰戍堡、佛寺塔庙遗址、灌溉渠道、墩里克烽燧遗址、海头古城、LL古域、LK遗址。发掘楼兰古城城郊的平台墓地、孤台墓地、铁板河墓葬和孔雀河畔古墓沟墓地，出土一大批重要文物。
1982～1985年，新疆考古研究所分别对塔什库尔干、哈密、巴里坤、乌鲁木齐、喀什、和田、阿图什、托克 逊等地的古遗址、墓葬等进行了调查和发掘。
1983～1984年，抢救性发掘洛浦县山普拉墓地19座墓葬、2座殉马坑，随葬品有陶器、木器、铜器、铁器和毛、毡、皮衣物等。年代约在公元前350～250年左右。
1980年代中期，两次发掘哈密焉不拉克墓地，共清理墓葬90座，时代约为公元前1300〜前500年左右。同期，在且末县扎滚鲁克抢救性发掘战国〜东晋墓葬100余座，出土包括“楼兰美女”干尸在内的数千件珍贵文物。
1986年，发掘和静察吾乎墓地，命名“察吾乎文化”。
1988〜1997年，中日联合发掘尼雅遗址，被评为1995年全国十大考古新发现。
1988～1997年，在哈密市天山北路墓葬区抢救性发掘了近700座青铜时代古墓。
1988～1991年，新疆开展了规模空前、历时三年的文物普查工作，共调查文物遗址点2700余处。
1990年，配合拜城县克孜尔大型水库建设，发掘青铜时代〜早期铁器时代的墓葬160座，出土各类文物约1000余件。
1992年，在鄯善苏贝希，先后发掘战国〜西汉时期32座墓葬。
1995～1997年，发掘尉犁县营盘墓地墓葬百余座，被评为1997年全国十大考古新发现。
1990年代初期，配合联合国教科文组织的交河故城保护维修工程，发掘交河古城内民居遗址、西北小寺、东城门、佛教寺院等遗址；发掘交河故城沟北台地石堆墓和殉马(驼)坑；在故城沟西台地采集大批打制石器，将吐鲁番地区人类活动的历史追溯至旧石器时期。
1991〜2005年，中法联合多次在克里雅河流域进行考古调查，以喀拉墩古城遗址区为中心，发现佛寺、佛塔、民居建筑、墓葬古代灌溉渠道等各类遗存60多处，包括圆沙古城。
2000～2004年，发掘特克斯县恰甫其海墓地。
2000～2005年，发掘尼勒克县吉林台水库库区墓群。
2001～2004年，发掘塔什库尔干县下坂地墓地。
2002年，清理策勒县丹丹乌里克遗址壁画遗存。
2003年，发掘楼兰古城附近壁画墓。
2003年，发掘鄯善洋海墓地。
2002～2005年，发掘若羌小河墓地，被评为2004年度全国十大考古新发现。
2003～2005年，中国社科院考古研究所发掘于田流水墓地。
2004～2005年，发掘伊吾县拜其尔墓地。