“十五”期间是南汇撤县建区，依托上海国际航运中心洋山深水港建设，增强整体经济实力和综合竞争力，建设与上海国际大都市地位相适应的现代化新型城区的重要时期。南汇区卫生局紧紧围绕南汇经济的发展重心逐步由农村型经济形态向城市型经济形态转变这一特征，充分发挥撤县建区和区域规划调整的政策效应，贯彻落实上海卫生事业发展第十个五年计划纲要和南汇区经济，建立起适合南汇特点的与上海建设亚洲医疗中心城市相匹配的功能齐全、结构合理的医疗中心、社区卫生服务中心、社区卫生服务点构成的新型卫生服务体系，逐步完善卫生监督与预防保健体系，满足人民群众多层次的医疗、预防、保健、康复等卫生需求，努力提高人民的健康水平，促进卫生事业的发展。
　　回顾“九五”期间，南汇经济持续增长的态势，使南汇人民的生活水平逐年提高，综合指标显示，这一期间，南汇的甲乙类传染病始终保持在较低水平，人们的健康状况明显改善，平均期望寿命达到76.04岁。
　　随着“三医”联动改革的循序渐进，南汇卫生系统各项工作初见成效，初步理顺了卫生监督和疾病预防体系，组建了疾病预防控制中心和卫生局卫生监督所；实施了“总量控制、结构调整”的政策，有效地控制了医疗费用不合理的增长；推进了病人选择医生制度；采取了医疗机构药品集中采购的措施；在试点的基础上，逐步推进了镇村卫生机构一体化管理；着力探索医院后勤社会化服务的改革；积极推行了以全员聘用合同制为中心的人事制度改革，实行了大专以下毕业生公布岗位、公开招考、择优录用的人事代理制度，并建立了卫生系统人才交流中心；城镇职工医疗保障体系不断完善，2000年12月启动了城镇职工医疗保险制度改革，先后将国有、集体、股份制等不同所有制的城镇企业和享受公费医疗的机关、事业单位职工纳入医疗保险的覆盖范围内；进一步巩固并发展了农村合作医疗制度，合作医疗行政村覆盖率达到100％，农民投保率达到66.1％，大病统筹筹资方式取得了历史性突破，基本解决了农民的“因病致贫”问题。
　　“九五”期间，南汇卫生服务网络日趋完善，卫生服务逐步从医疗服务为主向医疗、保健、康复等领域并重的格局转变，卫生服务领域进一步拓展，卫生综合服务能力明显增强，软硬件建设不断强化，在此期间，建设了中心医院医技楼，周浦医院急诊楼，疾控大楼和老年护理大楼等一批基础设施，开设了中心医院ICU监护病房，添置了光明中医医院多普勒彩超，周浦医院CT机，疾控中心艾滋病初筛实验等一批医疗卫生设施。引进了一批紧缺专业的中高级人才和高学历层次的青年医师，改善了南汇卫生系统的人才结构。重点设立了中心医院消化内科、南华医院流行性出血热、周浦医院脊髓损伤这三项市级医学领先学科特色专科和一项市初级卫生保健特色项目，五项县级医学领先学科特色专科。“九五”期间，南汇卫生系统共获得了八项各级各类成果奖项，其中部级一项、市级五项、县级二项。同时，南汇还获得了全国农村中医工作先进县、光明中医医院获得了全国示范性中医医院的光荣称号。
　　在“十五”期间尤其是我国加入WTO后，医学科学的迅速发展对南汇卫生系统带来了新的机遇和挑战，这就要求南汇卫生系统要构建新的医疗卫生服务体系，在区域卫生规划的指导下，结合行政区划调整，有序调整医疗机构的布局和规模，逐步形成医疗中心和社区卫生服务中心的医疗服务新格局。结合惠南镇、海港新城建设和区域规划调整，实行卫生资源优化配置，至“十五”期末，中心医院将扩建成拥有500张～700张床位的医疗中心，光明中医医院逐步向中西医结合医院转变，并迁往海港新城，成为东部区域的医疗中心，周浦医院则结合南汇西部地区镇域规划，逐步发展成为西部的医疗中心，初步形成以中心医院为区医疗中心，东有光明中医医院，西有周浦医院的基本框架。同时，在完成新场镇社区卫生服务中心市级标准化建设试点的基础上，同步完成村卫生室转为社区卫生服务点的标准化建设，而撤并后的原卫生院除承担一些简单医疗服务外，利用自身的特长、优势和现有设施条件，延伸服务，逐步向老年护理病区，康复病区和其它办医形式实行功能转变，以适应人们不同层次医疗需求的变化。
　　新世纪，新发展，南汇卫生局将继续推行“三医”改革，转变卫生行政部门的职能，综合运用法律、经济、行政等手段，进行宏观调整，切实加强全行业管理。继续完善卫生执法体系，充实监督力量，强化卫生行政执法职能，扩大执法的覆盖面。继续实施医疗机构分类管理，促进医疗机构的有序竞争，逐步形成非营利性和营利性医疗机构健康发展的多元化医疗服务格局；建立人才基地，从人才的培训、考核、交流、引进等各方面加快人才队伍建设的力度；引入竞争机制，优胜劣汰，形成医务人员能上能下，能进能出的人才流动机制。进一步加强医务人员职业道德教育，不断提高卫生队伍的整体素质，形成忠于职守、爱岗敬业、乐于奉献、文明行医的行业风尚，将南汇卫生事业改革与发展水平推向一个新的高度。