创新是一种高风险的经济行为，政府扶持企业创新，可提高创新的成功率。但政府在创新中应该发挥怎样的作用？政府与市场的边界在哪里？在发挥市场配置资源的决定性作用和更好地发挥政府作用的大背景下，这些问题值得深入探讨。
　　政府角色的理论争辩
　　新自由主义学派认为，创新是企业的事情，政府不应该关心创新。政府只要提供一个良好的制度环境（自由的市场竞争环境、有效的产权保护等）即可。创新是高度不确定性的，政府或个人都难以预测，这个不确定性需要由市场来选择。政府只能通过制度环境让企业家对未来充满信心，政府干预创新会导致更多的寻租空间，反而会压制住企业的创新动力，不利于激发真正的创新。
　　公共风险学派认为，政府在创新管理中，要管控公共风险，降低创新的风险和成本。在市场经济社会，创新存在两种风险：一是私人风险，即个人或社会组织（如企业、社会团体等）在创新中产生的各种风险。对此类风险，市场会自发通过各种机制来防范和化解，如风险投资机制、保险市场机制等。二是公共风险，即全社会创新面临的机会损失或共同损失。政府与市场的分工，实质上是不同性质风险的归宿划分。私人风险与市场相匹配，公共风险与政府相匹配。
　　积极干预学派认为，创新是一项系统工程，企业在创新过程中，由于外部环境的不确定性、技术本身的难度与复杂性等因素，需要逾越各种技术和市场的障碍。政府对企业创新的全过程提供各类扶持和帮助，具有责无旁贷的责任。政府通过构建有利于创新价值实现的创新体系、市场体系和经济制度，并借助项目资助、创新政策、市场规则、税费优惠、平台服务等政策工具，有效提升企业创新的效率。
　　从实践层面来看，政府积极干预创新的做法占了上风。比如，深圳扶持华大基因发展，从初创时期提供良好宽松的创业环境，到发展过程中举全市之力支持推动，再到产业化过程中，用创新政策推动企业产业化之路，政府在其中发挥了难以替代的积极作用。
　　发达国家的反思
　　政府对创新的积极干预政策在深圳实践中获得成功，同样，西方发达国家创新政策也正在反思自由主义政策的不足，更加强调政府的有形之手。
　　近年来，以美国为主的发达国家兴起了对政府促进创新作用的反思。如中美创新对话美方专家组成员、美国信息技术与创新基金会主席罗伯特·阿特金森认为，美国不会仅靠“自由放任”就能自动提升创新能力。
　　政府在创新活动中的作用体现在四点：一是政府“牵线搭桥”的协调作用。在市场机制下，面对创新活动的高风险性，多个创新主体，如企业、大学、科研机构很难一起协作，政府可以协调让各创新主体产生预期收益，促成创新合作。二是政府塑造有利于创新的政策和市场环境。在全球化竞争条件下，创新政策的吸引力，决定了创新资源的全球流动和配置。三是政府调节经济结构的均衡状态。发达国家形成了高附加值、高创新水平和高技能的产业结构。而落后国家之所以落后，是因为其形成了低附加值、低创新水平和低技能的产业经济结构的均衡状态，这依靠市场本身难以摆脱，需要政府的有形之手进行有效干预。四是政府前瞻布局科技前沿。在一些具有高度战略性、前瞻性和全局性的科技领域，政府通过科技计划实施，组织优势力量突破前沿关键技术，破解市场无形之手的失灵问题。
　　政府干预创新的路径选择
　　政府和市场之间是一种“犬牙交错”、“相互衔接”的关系。当前，在市场中的创新主体、中介服务体系还不发达不完善的情况下，政府适度介入企业创新、积极扶持企业创新，或许是无奈的选择，但也是有效的选择。政府干预创新要覆盖创新链的全过程，其路径选择重在四个方面：
　　一是技术前瞻布局。政府通过支持前沿性、前瞻性、基础性、行业共性技术研究等，促进科研成果和人才向企业扩散和流动，降低企业的研发成本和风险，确保企业在市场竞争中胜出。对本区域有基础、有优势的战略领域，要体现政府战略意志，在有可能形成突破的战略技术领域，要组织攻坚，聚焦重点，坚持战略决策不动摇，形成未来的战略性新兴产业，提升区域和国家的竞争力。
　　二是完善创新政策。在创新链和创新活动的各个环节，通过与创新有关的产业、金融、知识产权、贸易、财税等政策，充分发挥政府对创新的统筹、协调、引领和带动作用。如通过科技金融等供给侧政策促进科技成果转化;利用税收优惠等普惠型政策扶持大众创业、万众创新;采取首购订购等需求侧举措带动创新产品的需求等。
　　三是优化市场环境。政府构建有利于创新价值实现的市场体系和经济制度，通过培育开放、统一、公平、竞争的市场环境，营造自由开放的科学研究制度环境，建立与国际规则接轨的人才体制，公平、透明、可预测的政策实施环境，让企业能够获取创新带来的应有回报，激发全社会创新的活力。
　　四是创新服务体系化。政府简政放权，放宽市场准入管制，释放市场活力，大力发展市场化、专业化、社会化创新服务机构和组织，从四个链条建立健全创新服务体系：从创业苗圃到孵化器，再到加速器的全过程创业服务链条;技术转移转化的服务链条;提供金融资源的资金服务链条;人才服务链条。