蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟

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【摘要】

：

使用ff12SB力场和广义玻恩（GB-Neck2）隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025 （2ZEI）、MHA6（2I9M）、Trp-Cage （1L2Y）、Villin （3TRW）的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的

【作者】

：

林云张少龙张庆刚张怿慈

【机构】

：

山东师范大学物理与电子科学学院

【出处】

：

山东科学

【发表日期】

：

2015年3期

【关键词】

：

蛋白质折叠分子动力学 GPU计算 GB-Neck2 ff12SB力场 protein folding molecular dynamics GPU co

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使用ff12SB力场和广义玻恩（GB-Neck2）隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025 （2ZEI）、MHA6（2I9M）、Trp-Cage （1L2Y）、Villin （3TRW）的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94 μs和0.897 （A）,2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191 μs和1.142 （A）,Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23 μs和1.37 （A）,Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48 μs和0.

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