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对猬草属及其近缘属（新麦草属、赖草属）物种11种1变种共13份材料进行了RAPD和ISSR分析。聚类分析结果表明：①新麦草属物种和赖草属物种各自聚类在一起；②猬草属模式种Hystrix patula与其他猬草属物种间存在明显的遗传差异；③Hystrix coreana、H．duthiei ssp．duthiei和H．duthiei ssp．longearistata与含Ns基因组的新麦草属物种及具NsXm基因组的赖草属物种聚在一起。以上结果与细胞学结果类似，表明H．patula与其他猬草属物种存在较大的遗