生态环境治理过程中面临着经济发展、公共服务供给与环境保护之间的"矛盾",这是困扰经济社会可持续发展的重要难题。本文以生态功能区制度和生态转移支付制度为例,构建了一个简单的理论分析模型,讨论了在环境保护目标下,地方政府在面临经济激励和政治激励后的行为反应及其策略选择。本文利用2003～2014年全国县级面板数据,识别了两类制度安排对生态环境、经济发展和公共服务的影响及其差异,关注了背后的激励扭曲效应。实证结果发现:(1)生态功能区制度和生态转移支付制度的实施在一定程度上改善环境质量,提升了地方政府生态治理的努力程度,但是改善程度和努力程度呈现出递减和弱化趋势;(2)两类制度所带来的环境改善是以弱化发展(工业发展)激励为前提的,但是也带来了财政收入下降、财政支出上升、收支缺口扩大,公共服务水平相对下降;(3)在生态功能区县(市)或享受生态转移支付的县(市)中,财政收支缺口越大时,生态县(市)发展工业的激励越强,工业发展水平越高时,公共服务水平相对更高,但带来了环境污染加剧,这是激励扭曲一种表现;(4)生态功能区制度政治激励不足所产生的扭曲效应显著高于转移支付制度,其与绿色晋升激励不足(缺失)有关。在绿色发展转型的过程中,地方政府行为会因制度安排不全和激励不足产生扭曲,当现有制度安排无法有效弥补县(市)因保护生态环境而放弃经济发展的机会成本时,地方政府为了保障机构运转和公共服务需要,则会通过发展一定规模的工业来弥补公共服务成本,进而影响了生态环境治理效果,政治激励不足会进一步加剧这种扭曲效应。提高均衡性转移支付公式中的生态因素权重,适当扩大生态功能区专项转移支付规模,设置差异化生态绩效考核梯度,建立和推行绿色晋升机制,对解决激励扭曲效应和持续提升生态环境质量具有重要意义。