在没有形成公认的RFID应用的投入产出模型情况下，企业投资RFID可能意味着要冒较大的风险。
　　
　　目前RFID在中国的发展不温不火，在过去几年中，对RFID技术最主要的推动力来自政府以及大型企业。2007年3月15日，上海先达与美国Reva签约共同开拓中国RFID市场；此外，国家863计划也将“射频识别（RFID）技术与应用”作为先进制造业技术领域的重大项目进行关注。
　　尽管雷声颇大，试水RFID的人也不少，但有一个不能回避的事实是，国内大多数企业仍观望等待，不愿作为早期披荆斩棘的尝试者。
　　江苏瑞福智能科技有限公司总经理曹宏海认为，影响RFID技术迅速推广应用的首要因素是技术问题，尤其是应用技术问题。每种行业都有不同的应用模式，作为一种自动数据采集技术，RFID可以应用到各种行业，但这往往需要在原来的流程基础上开发新的流程，才能发挥它的优势。如果应用技术都没有解决，更谈不上推广。
　　对于RFID应用投入产出模型的探索研究是当前全球业界人士都在全力以赴的共同任务。在没有形成公认的RFID应用的投入产出模型情况下，企业投资采用RFID，就意味着要冒较大的风险。
　　同时，很多RFID项目是建立在企业ERP、SCM、MES、WMS等IT项目的基础上，绝大多数物流企业较低的IT水平也在一定程度上制约了其与RFID的牵手。
　　除技术应用问题外，成本压力也是制约RFID在中国市场应用的重要瓶颈。据了解，在对RFID标签和条形码标签的成本进行详细对比后，北京宅急送快运有限公司还是拒绝采用RFID。原因很简单，一维码或两维码的普通标签才几分钱，而好一点的RFID标签要50美分，这对于一天有十几万件货物的宅急送来说，“成本实在太高。”
　　在应用RFID过程中所遭遇的一些困扰，也使众多企业慎对RFID。部分企业所用的RFID标签容量不足，很多数据需要经过压缩才能输入，有些企业干脆把所有数据放到服务器中，产品标签上只是写入产品代码，产品相关的具体信息都需要到服务器上去查询。但问题在于，各个企业读写方式、数据解压标准很可能是不一致的，这样一来，企业的RFID只能在自己家门内使用。而且，由于企业所用的一般是RFID高频标签，如何抗干扰并提高读取率，如何避免标签在货物相互挤压中损坏，这些都是亟待解决的问题。
　　对此，美国易腾迈公司总裁兼首席运营官Steve Winter则认为这些都不是重点所在，真正的症结是用户、甚至部分业界人士以“旧思维看待此种新技术”，市场表现与预期有落差就不足为奇了。
　　假设RFID标签在技术、成本等应用方面的问题都得以解决，还有一个重要因素让它备受媒体、零售商和消费者关注——隐私问题。
　　现在的RFID标签一般都加贴在托盘和包装箱上，单品上使用极少。由于RFID标签中使用了芯片，发射机会传播一个唯一的标识符，在10米读取距离内都可以对标签进行定位。因此，一旦单品标签全面铺开，追踪某个人的行踪及其私人物品存放便轻而易举，个人的隐私也将暴露无疑。
　　对于企业来说，由于在仓库和商店内需要安装很多RFID读取器，企业的信息安全也有可能面临威胁。不法之徒可通过无线网络连接，窃听用户之间以及在网络上进行的通信。如果没有一个安全的网络环境，企业对于供应链的实时管理等于全部公开。