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《天演论》介绍的进化思想，以及其后的各种学说，在晚清士子中的接受程度颇为不同。透过对吴汝纶和孙宝碹的研究，发现《天演论》并非使他们产生一个崭新的进化世界观，而在他们身上形成一种与传统自然知识相当奇妙的融合，他们似乎皆有以传统自然知识，尤其是理气论、气化论和易学思想为基础理解《天演论》的倾向。《天演论》所介绍的进化思想、原子机械论思想和对种种事物变化的叙述，则基本上被两人视为对宇宙秩序及其现象的更深刻描述。然而，《天演论》不能完全使晚清士人认同进化论；相反地，它所介绍的进化论同时遭到部分晚清士人的强烈质疑。之所以会造成这种两极化的理解，原因之一是《天演论》中已然蕴藏了大量的传统自然知识，在这个基础上导致了吴汝纶与孙宝碹对进化论的误解。