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1949年9月25日，以陶峙岳为首的国民党驻新疆部队宣布起义。
第二天，身为国民政府新疆省主席的包尔汉带领新疆省政府通电宣布起义；80天后，新疆省人民政府成立，包尔汉担任首任主席。
同样是省政府主席，但对包尔汉来说，这一转变却是他人生的一个极其重要的分水岭。
不过，很多人也许并不知道，包尔汉最早还是俄国人，直到20岁，他才成为一个真正的中国人。
回到新疆
1894年10月3日，包尔汉·沙希迪出生在俄国喀山省特铁什县阿克苏村。这个村名，记载着的一段历史，也决定了包尔汗此后的人生走向。
包尔汉生活的地方，塔塔尔人很多，包尔汉的妈妈就是当地的塔塔尔人。但是，爷爷欧拜都拉总是说：我们不是塔塔尔人，我们的故乡是在遥远的中国，那里有一条大河叫阿克苏河，那才是真正的阿克苏河。
爷爷格外看重自己膝下这惟一的男孙。在包尔汉l 2岁那年，一个春天的夜晚，爷爷带包尔汉来到自家的土屋顶上，拉着他面向东方说：你爷爷的爷爷帕拉提因反抗巴依的剥削，遭到清军镇压，带领全家和20多户村民逃往俄国。帕拉提死在了半路上，其余人被俄国人送到这里开荒种地。爷爷还把帕拉提用过的长矛找出来给包尔汉看，希望他能上学读书，有朝一日回到故乡。
当时在特铁什县，人们的一项收入来源是卖胡萝卜，据说，当时只有特铁什县种胡萝卜，种子就是从新疆带过去的。
包尔汉的舅舅在喀山做面粉生意。包尔汉稍大之后就投奔了舅舅，在喀山上了学。但是，因经济原因，包尔汉上学没多长时间，便在一家书店做起了学徒。
1911年10月，包尔汉进了谢米列契的商行工作。第二年9月，他被派到这家商行在新疆迪化(乌鲁木齐)的分行——天兴洋行工作，第一次踏上了祖国的土地。
当时，俄国商人依仗不平等条约的保护，在新疆享有领事裁判权、免税贸易等很多特权。沙俄领事馆为了扩大侵略，在新疆大肆引诱中国人入籍，发放“俄侨证”，但包尔汉这个真正的“俄侨”，却拒绝接受他们的证件。
1914年，20岁的包尔汉向民国政府内务部提出申请，恢复了中国国籍。1922年，他又把父母和两个妹妹接到迪化，实现了回归祖国的心愿。
在此期间，包尔汉的身份发生了一次重要的变化，那就是从洋行职员变成政府公务员。
包尔汉从政，不能不提到一个人——杨增新。
杨增新是当时新疆的实际行政首脑，包尔汉曾为他当过俄语翻译，颇得赏识。由于这层关系，1920年，包尔汉进入新疆省政府工作。
在杨增新处理其亲信塔城道台张健舞弊关税案时，包尔汉秉公办事，拒绝受贿大洋2640元。杨增新便破格提拔包尔汗，委以关税局稽察员要职，让其办理与沙俄有关事宜。倾向进步
1929年，包尔汉被派往德国公干，使他有机会进入柏林大学政治经济系开始半工半读的学习生活。此间，他自学和研究突厥学，并开始接触马列理论。
1933年，是包尔汉政治热情最为高涨、行动最为活跃的时期，他经常穿梭于柏林、莫斯科和新疆之间，参加各种活动，并与时任《工人之路》副总编的中共党员俞秀松相识。
1935年6月，俞秀松由苏联共产党中央派往新疆，开展对边防督办盛世才的统战工作。当时苏共的目的之一是，希望在新疆建立一个亲苏的稳定政权。俞秀松等一批党员从苏联到新疆后，首先对“新疆民众反帝联合会”(简称反帝会)进行了第一次改组，由盛世才任会长，俞秀松任秘书长，包尔汉担任了民众部副部长。其间，包尔汉还和俞秀松一起开办了一家文化书店，任副理事长。该书店专门发行从苏联以及内地购进的进步书刊。
1937年，包尔汉被盛世才派往苏联当领事，但一年以后，当包尔汉回疆述职时，却被盛世才下令逮捕，罪名是“帝国主义的走狗”、“里通外国”、“依靠德国和日本势力在新疆搞独立的回教国家”等等。其实，盛世才这样做，主要还是对他的亲共倾向有所疑惧。
多年四处奔走，包尔汉撂下了自己一直喜欢的写作和翻译工作。被捕入狱，反而使他有了属于自己的时间。在狱中，他开始编纂《维汉俄词典》，还将孙中山先生的《三民主义》全部译成维吾尔文。
同时，喜欢诗歌的包尔汉还写了篇维文诗《崇高的敬意献给毛泽东》，其中一节这样写道：“您开辟了通向真理、自由、劳动者解放和幸福的道路／敌人在您面前发抖，而人民欢欣鼓舞／我是一颗由您的光辉照亮的星，用真诚的意志为您开辟的道路而奋斗／无论狂风暴雨、山崩地裂，都扑不灭我心中对您无限热爱的火炬”
解放后，周恩来总理派专人找到了包尔汉编纂的《维汉俄词典》遗失的手稿，并在1963年由民族出版社出版。这是中国现代第一本汉维语言交流的工具书。
直到1944年，国民党取代了盛世才在新疆的统治，蒋介石任命的新疆省政府主席吴忠信为安抚人心，释放了被盛世才逮捕的一些非共产党员的“有声望人士”，包尔汉也在其中。
反对疆独
1944年，新疆伊犁、塔城、阿勒泰三个地区爆发了反对国民党反动统治的“三区革命”。当时，控制了革命领导权的宗教上层伊力汗吐拉公开鼓吹“东土耳其斯坦是我的祖国”。但包尔汉认为，用“东土耳其斯坦”这个侵略者的说法称呼新疆，是对包括维吾尔族在内的新疆各族同胞的侮辱。
当包尔汉觉察到三区武装斗争得到了苏联援助后，立即对苏联在迪化的副总领事说：“我是坚决支持三区革命的，但是他们脱离中国，成立独立的国家，我不同意。”
1947年9月，包尔汉飞抵南京，恰逢新疆文化艺术团在南京进行首场演出。包尔汉坐在蒋介石旁边，对节目进行翻译和解释。后来，该艺术团在包尔汉的率领下，从上海乘船抵达台湾参观演出，引起强烈轰动。
当时，“二二八”事变发生不久，台湾本省人对大陆还存在一些反感情绪。离开台湾之前，包尔汉特别发表了广播讲话，他说：“新疆地处西北，台湾雄踞东南，祖国边疆的两个省份遥遥相望，两省人民应该团结一致，亲如手足，维护统一，保卫祖国。”
包尔汉去南京期间，时任新疆省政府主席的麦斯武德“委派”伊敏担任新疆学院维吾尔历史教授。伊敏借讲维吾尔族历史大肆散布：“东土耳其斯坦一万年来就。是维吾尔人的故乡，所以在东土耳其斯坦只有维吾尔人才有主人权利，其他各民族都是客居的民族，他们没有主人权利。”包尔汉回到迪化后，在新疆学院的一次全体会议上，他对伊敏的谬论进行了驳斥。他说，新疆两千多年来是中国不可分割的领土。新疆不是一个民族的新疆，是各民族共同的新疆；中国也不是一个民族的中国，而是各民族共同的中国。如果说新疆只有维吾尔族一个民族的话，在新疆范围内就犯了大民族主义的罪，在全国范围内就犯了地方民族主义即狭隘民族主义的罪。
针对有人对“新疆”一词的曲解，包尔汉还撰写了《关于新疆历史的若干问 题》一文，他指出：“新疆在以往的史籍中被称为‘西域’，远在两千年前，它就已成为中国版图的一部分。从那时起，它的命运便和全中国的命运紧密地结合在一起了。”他还写到，“两千多年来，新疆与祖国的历史关系，既不是一般的朝贡与封赐的关系，也不是一般的暂时的藩属关系，而是表现为长期不间断的国家行政权力在这一地区的直接行使。”
1946年，包尔汉担任了国民党政府和三区革命双方和谈组成的新疆省联合政府的副主席，后改任南京国民政府委员。
1949年1月，包尔汉正式就任国民党时期新疆最后一任省政府主席。
当时，新疆的泛土耳其主义者活动异常凶猛，他们在《雅勒肯》(火炬)报、《新疆日报》维文版上大肆散布泛土耳其主义言论，煽动民族仇恨。同时，由于盛世才、麦斯武德政府的疯狂掠夺和贪污腐败，到1949年初，新疆的通货膨胀非常严重，经济秩序极度混乱。
面对政治和经济的双重挑战，包尔汉殚精竭力，想方设法苦撑危局，保证了新疆社会秩序的基本稳定。和平解放
1949年9月，人民解放战争在全国取得了决定性胜利。西北战场上，第一野战军解放了兰州。第一兵团第一军、第二军解放了西宁。为了迅速解放新疆，第二军在西宁没有休整，马不停蹄翻越祁连雪山，直插河西走廊的张掖，进至酒泉，威逼玉门关下，直叩新疆大门。
此时的新疆局势已经相当混乱。民族主义分子艾沙、伊敏等人勾结国民党骑兵第五军军长马呈祥等人，在迪化近郊的头屯河坝(即现在的八一钢厂原址)训l练了100多人，准备负隅顽抗，阻挠解放。反动封建部落头目乌斯满(阿尔泰专员)、贾尼木汗(财政厅长)在美国驻迪化领事馆的唆使下，也准备阴谋叛乱。一些地方头领与土匪勾结，先后叛乱。
而此时的包尔汉，已经在为迎接解放军、和平解放新疆做准备了。
一天，省政府翻译室主任马云文问包尔汉：“包主席，现在外面谣言很多，说国军准备撤退，撤退前要先杀几百人，然后就抢劫，抢劫后就放火烧，人们都很害怕。你有什么看法?”
包尔汉笑了一下，拿了一张白纸，给马云文画了个图，说：“东边，解放军正向西一天天前进，离新疆不远了。-西边，有三区的3万多军队正在待命。这样，新疆的国民党军队如果要杀、抢、烧，那就是打错了算盘，就如同陷在一个铁钳中间，一个也逃不了。”
随后，包尔汉在长官公署的西大楼召集以新疆警备司令陶峙岳将军为首的国民党将领开会。他在会上先讲了几千年来新疆就是中国领土的一部分，任何人都不能侵略和分裂它。又讲到近年来由于新疆停止了和苏联通商贸易，对新疆损失很大。“有人说我是亲苏派，今天可以公开地告诉大家，我确实是一个亲苏派。但是，我亲近苏联，不是为了个人的目的，而是以国家利益为出发点的。”包尔汉还向这些国民党将领暗示，不要胡闹，应支持新疆的解放。
包尔汉还亲自出面做陶峙岳的工作。陶峙岳表示：我对中共并不害怕，担心的是三区的问题。包尔汉立即打保票说：只要您支持和平解放，我以我80岁高龄的母亲来担保，对您不会有什么不好的地方。于是，陶峙岳也基本同意和平解放新疆。
9月15日，邓力群携带张治中给陶峙岳、包尔汉的亲笔信取道莫斯科经伊犁到达迪化。第二天上午，邓力群在包尔汉的寓所对陶峙岳、包尔汉谈了全国人民解放战争胜利的形势，以及党中央、毛泽东和平解放新疆的主张和政策。包尔汉表示，将积极推动和支持陶峙岳和平起义。
通过邓力群，包尔汉与毛泽东还有过一番电报沟通。包尔汉按照毛泽东的指示，挫败了马呈祥、叶成、罗恕人的阴谋暴乱，迫使他们“和平撤退”，为和平解放新疆排除了重重阻力。
9月25日和26日，陶峙岳、包尔汉相继通电起义。包尔汉又速电请毛主席、朱总司令、彭副总司令：务希转饬西来之人民解放军兼程来新。
10月20日，第一兵团战车团徐徐开进迪化市区，得到沿途群众的欢迎。这标志着新疆的和平解放。
12月17日，新疆省人民政府委员会宣告成立。包尔汉接到中央人民政府颁发的有毛泽东主席和周恩来总理签名的任命书，成为中华人民共和国新疆首任主席。
12月31日，包尔汉加入中国共产党。根据中央指示，对新疆少数民族中经过斗争考验的优秀分子，可以直接吸收入党，免除候补期。这在中国共产党的历史上是极为罕见的。信念不改
1954年12月，全国政协二届一次会议上，包尔汉被选为全国政协副主席。两个月后，中央决定调包尔汉到北京工作。
周恩来对包尔汉说：“我国的国际威望正在日渐提高，我们同伊斯兰教国家的友好关系正在日益发展。为了做好这方面的工作，需要调一个人到北京来。中央认为你比较合适。你来北京住是否更好些?不知道你的意见如何?有什么困难?”
包尔汉立即回答说：“我是共产党员，坚决服从党组织的决定。党把我安排在哪里，我就在哪里工作。”
周恩来听了连声说：“你的态度好，态度好!”于是，包尔汉辞别了朋友，离别新疆到了北京。
进京后，包尔汉担任全国政协副主席职务，同时担任全国人大民委和中国伊斯兰教协会的领导职务。1956年2月，包尔汉带领中国政府派出的文化艺术代表团访问了埃及、苏丹、埃塞俄比亚、叙利亚和黎巴嫩；同年7月，他又带领中国伊斯兰教协会组织的朝觐团到沙特、约旦和埃及、叙利亚和黎巴嫩等国访问。
在繁忙的行政和外事工作之余，包尔汉继续从事新疆地方史研究，与分裂势力论战。他撰写的《论阿古柏政权》等文章，得到毛泽东的肯定。直到今天，他的名言“应该像爱护自己的眼珠一样爱护我们的祖国”，仍被各族人民牢记。
“文革”期间，包尔汉未能幸免，他因一连串“莫须有”的罪名被押回新疆接受批判。他全家数十人也受到牵连，有的被投进了监狱，有的被下放劳动。
回到新疆的包尔汉夫妇被安排在新疆大学院内的一间小屋里居住，除了要接受接连不断的批斗外，生活上也极度窘困，因为包尔汉的工资关系在交接批斗过程中被办事人员搞丢，没人给他发工资。他寄给中央反映自己问题的信，还是向别人借钱买的邮票。
就是在那种环境里，包尔汉每晚睡觉前，仍然要把裤子认真叠好，压在枕头底下，当时的造反派给了他一个“下马未下鞍”的评价。
1967年，包尔汉被关进监狱，这一关就是8年。在狱中，包尔汉除接受“审讯”和写交待材料外，绝大部分时间都用来学习和写作。他甚至还向看押他的解放军战士讲解马列主义。由于他有严重的关节炎，行动不便，解放军战士尽可能给他提供方便，甚至帮他干活。1975年出狱时，他把帮助过他的战士的地址和照片从鞋垫底下取出来，交给了女儿，并交代他们要好好保管。
1977年，中央为当时已在家被“监管”两年的包尔汉平反昭雪。此时的包尔汉，已经是83岁高龄的老人了。
尽管如此，包尔汉还是继续担任全国政协和伊协的领导工作，会见国内外的宾客，为一些需要落实政策的同志提供证言，到新疆和其他地区视察。与此同时，他又拿起了笔，写自己想写的东西，其中最重要的一件事情，就是完成了记录新疆50年历史风雨的文化大书——《新疆五十年》。
1989年2月，包尔汉预感到自己将要走到人生的终点，他将自己的所思所想写进了《给孩子们的话》中：“自从1912年我从国外返回祖国，至今已近80年了。在这80年的时间内，我经历了两种完全不同的社会，经历了无数的人生坎坷。为了寻求真理和正义，在很长的一段时间内，我曾在黑暗中探索，终于找到了马克思主义和共产主义，确立了我终生为之奋斗的生活信念。正是这种信念，支持我度过了无数艰难困苦。我希望你们在今后的生活中，要坚毅、顽强，百折不挠，克勤克俭，艰苦奋斗，正直善良，友爱团结，工作顺利，身体健康，生活幸福!”
1989年8月，包尔汉因心脏病突发不幸去世，享年95岁。
第二天，身为国民政府新疆省主席的包尔汉带领新疆省政府通电宣布起义；80天后，新疆省人民政府成立，包尔汉担任首任主席。
同样是省政府主席，但对包尔汉来说，这一转变却是他人生的一个极其重要的分水岭。
不过，很多人也许并不知道，包尔汉最早还是俄国人，直到20岁，他才成为一个真正的中国人。
回到新疆
1894年10月3日，包尔汉·沙希迪出生在俄国喀山省特铁什县阿克苏村。这个村名，记载着的一段历史，也决定了包尔汗此后的人生走向。
包尔汉生活的地方，塔塔尔人很多，包尔汉的妈妈就是当地的塔塔尔人。但是，爷爷欧拜都拉总是说：我们不是塔塔尔人，我们的故乡是在遥远的中国，那里有一条大河叫阿克苏河，那才是真正的阿克苏河。
爷爷格外看重自己膝下这惟一的男孙。在包尔汉l 2岁那年，一个春天的夜晚，爷爷带包尔汉来到自家的土屋顶上，拉着他面向东方说：你爷爷的爷爷帕拉提因反抗巴依的剥削，遭到清军镇压，带领全家和20多户村民逃往俄国。帕拉提死在了半路上，其余人被俄国人送到这里开荒种地。爷爷还把帕拉提用过的长矛找出来给包尔汉看，希望他能上学读书，有朝一日回到故乡。
当时在特铁什县，人们的一项收入来源是卖胡萝卜，据说，当时只有特铁什县种胡萝卜，种子就是从新疆带过去的。
包尔汉的舅舅在喀山做面粉生意。包尔汉稍大之后就投奔了舅舅，在喀山上了学。但是，因经济原因，包尔汉上学没多长时间，便在一家书店做起了学徒。
1911年10月，包尔汉进了谢米列契的商行工作。第二年9月，他被派到这家商行在新疆迪化(乌鲁木齐)的分行——天兴洋行工作，第一次踏上了祖国的土地。
当时，俄国商人依仗不平等条约的保护，在新疆享有领事裁判权、免税贸易等很多特权。沙俄领事馆为了扩大侵略，在新疆大肆引诱中国人入籍，发放“俄侨证”，但包尔汉这个真正的“俄侨”，却拒绝接受他们的证件。
1914年，20岁的包尔汉向民国政府内务部提出申请，恢复了中国国籍。1922年，他又把父母和两个妹妹接到迪化，实现了回归祖国的心愿。
在此期间，包尔汉的身份发生了一次重要的变化，那就是从洋行职员变成政府公务员。
包尔汉从政，不能不提到一个人——杨增新。
杨增新是当时新疆的实际行政首脑，包尔汉曾为他当过俄语翻译，颇得赏识。由于这层关系，1920年，包尔汉进入新疆省政府工作。
在杨增新处理其亲信塔城道台张健舞弊关税案时，包尔汉秉公办事，拒绝受贿大洋2640元。杨增新便破格提拔包尔汗，委以关税局稽察员要职，让其办理与沙俄有关事宜。倾向进步
1929年，包尔汉被派往德国公干，使他有机会进入柏林大学政治经济系开始半工半读的学习生活。此间，他自学和研究突厥学，并开始接触马列理论。
1933年，是包尔汉政治热情最为高涨、行动最为活跃的时期，他经常穿梭于柏林、莫斯科和新疆之间，参加各种活动，并与时任《工人之路》副总编的中共党员俞秀松相识。
1935年6月，俞秀松由苏联共产党中央派往新疆，开展对边防督办盛世才的统战工作。当时苏共的目的之一是，希望在新疆建立一个亲苏的稳定政权。俞秀松等一批党员从苏联到新疆后，首先对“新疆民众反帝联合会”(简称反帝会)进行了第一次改组，由盛世才任会长，俞秀松任秘书长，包尔汉担任了民众部副部长。其间，包尔汉还和俞秀松一起开办了一家文化书店，任副理事长。该书店专门发行从苏联以及内地购进的进步书刊。
1937年，包尔汉被盛世才派往苏联当领事，但一年以后，当包尔汉回疆述职时，却被盛世才下令逮捕，罪名是“帝国主义的走狗”、“里通外国”、“依靠德国和日本势力在新疆搞独立的回教国家”等等。其实，盛世才这样做，主要还是对他的亲共倾向有所疑惧。
多年四处奔走，包尔汉撂下了自己一直喜欢的写作和翻译工作。被捕入狱，反而使他有了属于自己的时间。在狱中，他开始编纂《维汉俄词典》，还将孙中山先生的《三民主义》全部译成维吾尔文。
同时，喜欢诗歌的包尔汉还写了篇维文诗《崇高的敬意献给毛泽东》，其中一节这样写道：“您开辟了通向真理、自由、劳动者解放和幸福的道路／敌人在您面前发抖，而人民欢欣鼓舞／我是一颗由您的光辉照亮的星，用真诚的意志为您开辟的道路而奋斗／无论狂风暴雨、山崩地裂，都扑不灭我心中对您无限热爱的火炬”
解放后，周恩来总理派专人找到了包尔汉编纂的《维汉俄词典》遗失的手稿，并在1963年由民族出版社出版。这是中国现代第一本汉维语言交流的工具书。
直到1944年，国民党取代了盛世才在新疆的统治，蒋介石任命的新疆省政府主席吴忠信为安抚人心，释放了被盛世才逮捕的一些非共产党员的“有声望人士”，包尔汉也在其中。
反对疆独
1944年，新疆伊犁、塔城、阿勒泰三个地区爆发了反对国民党反动统治的“三区革命”。当时，控制了革命领导权的宗教上层伊力汗吐拉公开鼓吹“东土耳其斯坦是我的祖国”。但包尔汉认为，用“东土耳其斯坦”这个侵略者的说法称呼新疆，是对包括维吾尔族在内的新疆各族同胞的侮辱。
当包尔汉觉察到三区武装斗争得到了苏联援助后，立即对苏联在迪化的副总领事说：“我是坚决支持三区革命的，但是他们脱离中国，成立独立的国家，我不同意。”
1947年9月，包尔汉飞抵南京，恰逢新疆文化艺术团在南京进行首场演出。包尔汉坐在蒋介石旁边，对节目进行翻译和解释。后来，该艺术团在包尔汉的率领下，从上海乘船抵达台湾参观演出，引起强烈轰动。
当时，“二二八”事变发生不久，台湾本省人对大陆还存在一些反感情绪。离开台湾之前，包尔汉特别发表了广播讲话，他说：“新疆地处西北，台湾雄踞东南，祖国边疆的两个省份遥遥相望，两省人民应该团结一致，亲如手足，维护统一，保卫祖国。”
包尔汉去南京期间，时任新疆省政府主席的麦斯武德“委派”伊敏担任新疆学院维吾尔历史教授。伊敏借讲维吾尔族历史大肆散布：“东土耳其斯坦一万年来就。是维吾尔人的故乡，所以在东土耳其斯坦只有维吾尔人才有主人权利，其他各民族都是客居的民族，他们没有主人权利。”包尔汉回到迪化后，在新疆学院的一次全体会议上，他对伊敏的谬论进行了驳斥。他说，新疆两千多年来是中国不可分割的领土。新疆不是一个民族的新疆，是各民族共同的新疆；中国也不是一个民族的中国，而是各民族共同的中国。如果说新疆只有维吾尔族一个民族的话，在新疆范围内就犯了大民族主义的罪，在全国范围内就犯了地方民族主义即狭隘民族主义的罪。
针对有人对“新疆”一词的曲解，包尔汉还撰写了《关于新疆历史的若干问 题》一文，他指出：“新疆在以往的史籍中被称为‘西域’，远在两千年前，它就已成为中国版图的一部分。从那时起，它的命运便和全中国的命运紧密地结合在一起了。”他还写到，“两千多年来，新疆与祖国的历史关系，既不是一般的朝贡与封赐的关系，也不是一般的暂时的藩属关系，而是表现为长期不间断的国家行政权力在这一地区的直接行使。”
1946年，包尔汉担任了国民党政府和三区革命双方和谈组成的新疆省联合政府的副主席，后改任南京国民政府委员。
1949年1月，包尔汉正式就任国民党时期新疆最后一任省政府主席。
当时，新疆的泛土耳其主义者活动异常凶猛，他们在《雅勒肯》(火炬)报、《新疆日报》维文版上大肆散布泛土耳其主义言论，煽动民族仇恨。同时，由于盛世才、麦斯武德政府的疯狂掠夺和贪污腐败，到1949年初，新疆的通货膨胀非常严重，经济秩序极度混乱。
面对政治和经济的双重挑战，包尔汉殚精竭力，想方设法苦撑危局，保证了新疆社会秩序的基本稳定。和平解放
1949年9月，人民解放战争在全国取得了决定性胜利。西北战场上，第一野战军解放了兰州。第一兵团第一军、第二军解放了西宁。为了迅速解放新疆，第二军在西宁没有休整，马不停蹄翻越祁连雪山，直插河西走廊的张掖，进至酒泉，威逼玉门关下，直叩新疆大门。
此时的新疆局势已经相当混乱。民族主义分子艾沙、伊敏等人勾结国民党骑兵第五军军长马呈祥等人，在迪化近郊的头屯河坝(即现在的八一钢厂原址)训l练了100多人，准备负隅顽抗，阻挠解放。反动封建部落头目乌斯满(阿尔泰专员)、贾尼木汗(财政厅长)在美国驻迪化领事馆的唆使下，也准备阴谋叛乱。一些地方头领与土匪勾结，先后叛乱。
而此时的包尔汉，已经在为迎接解放军、和平解放新疆做准备了。
一天，省政府翻译室主任马云文问包尔汉：“包主席，现在外面谣言很多，说国军准备撤退，撤退前要先杀几百人，然后就抢劫，抢劫后就放火烧，人们都很害怕。你有什么看法?”
包尔汉笑了一下，拿了一张白纸，给马云文画了个图，说：“东边，解放军正向西一天天前进，离新疆不远了。-西边，有三区的3万多军队正在待命。这样，新疆的国民党军队如果要杀、抢、烧，那就是打错了算盘，就如同陷在一个铁钳中间，一个也逃不了。”
随后，包尔汉在长官公署的西大楼召集以新疆警备司令陶峙岳将军为首的国民党将领开会。他在会上先讲了几千年来新疆就是中国领土的一部分，任何人都不能侵略和分裂它。又讲到近年来由于新疆停止了和苏联通商贸易，对新疆损失很大。“有人说我是亲苏派，今天可以公开地告诉大家，我确实是一个亲苏派。但是，我亲近苏联，不是为了个人的目的，而是以国家利益为出发点的。”包尔汉还向这些国民党将领暗示，不要胡闹，应支持新疆的解放。
包尔汉还亲自出面做陶峙岳的工作。陶峙岳表示：我对中共并不害怕，担心的是三区的问题。包尔汉立即打保票说：只要您支持和平解放，我以我80岁高龄的母亲来担保，对您不会有什么不好的地方。于是，陶峙岳也基本同意和平解放新疆。
9月15日，邓力群携带张治中给陶峙岳、包尔汉的亲笔信取道莫斯科经伊犁到达迪化。第二天上午，邓力群在包尔汉的寓所对陶峙岳、包尔汉谈了全国人民解放战争胜利的形势，以及党中央、毛泽东和平解放新疆的主张和政策。包尔汉表示，将积极推动和支持陶峙岳和平起义。
通过邓力群，包尔汉与毛泽东还有过一番电报沟通。包尔汉按照毛泽东的指示，挫败了马呈祥、叶成、罗恕人的阴谋暴乱，迫使他们“和平撤退”，为和平解放新疆排除了重重阻力。
9月25日和26日，陶峙岳、包尔汉相继通电起义。包尔汉又速电请毛主席、朱总司令、彭副总司令：务希转饬西来之人民解放军兼程来新。
10月20日，第一兵团战车团徐徐开进迪化市区，得到沿途群众的欢迎。这标志着新疆的和平解放。
12月17日，新疆省人民政府委员会宣告成立。包尔汉接到中央人民政府颁发的有毛泽东主席和周恩来总理签名的任命书，成为中华人民共和国新疆首任主席。
12月31日，包尔汉加入中国共产党。根据中央指示，对新疆少数民族中经过斗争考验的优秀分子，可以直接吸收入党，免除候补期。这在中国共产党的历史上是极为罕见的。信念不改
1954年12月，全国政协二届一次会议上，包尔汉被选为全国政协副主席。两个月后，中央决定调包尔汉到北京工作。
周恩来对包尔汉说：“我国的国际威望正在日渐提高，我们同伊斯兰教国家的友好关系正在日益发展。为了做好这方面的工作，需要调一个人到北京来。中央认为你比较合适。你来北京住是否更好些?不知道你的意见如何?有什么困难?”
包尔汉立即回答说：“我是共产党员，坚决服从党组织的决定。党把我安排在哪里，我就在哪里工作。”
周恩来听了连声说：“你的态度好，态度好!”于是，包尔汉辞别了朋友，离别新疆到了北京。
进京后，包尔汉担任全国政协副主席职务，同时担任全国人大民委和中国伊斯兰教协会的领导职务。1956年2月，包尔汉带领中国政府派出的文化艺术代表团访问了埃及、苏丹、埃塞俄比亚、叙利亚和黎巴嫩；同年7月，他又带领中国伊斯兰教协会组织的朝觐团到沙特、约旦和埃及、叙利亚和黎巴嫩等国访问。
在繁忙的行政和外事工作之余，包尔汉继续从事新疆地方史研究，与分裂势力论战。他撰写的《论阿古柏政权》等文章，得到毛泽东的肯定。直到今天，他的名言“应该像爱护自己的眼珠一样爱护我们的祖国”，仍被各族人民牢记。
“文革”期间，包尔汉未能幸免，他因一连串“莫须有”的罪名被押回新疆接受批判。他全家数十人也受到牵连，有的被投进了监狱，有的被下放劳动。
回到新疆的包尔汉夫妇被安排在新疆大学院内的一间小屋里居住，除了要接受接连不断的批斗外，生活上也极度窘困，因为包尔汉的工资关系在交接批斗过程中被办事人员搞丢，没人给他发工资。他寄给中央反映自己问题的信，还是向别人借钱买的邮票。
就是在那种环境里，包尔汉每晚睡觉前，仍然要把裤子认真叠好，压在枕头底下，当时的造反派给了他一个“下马未下鞍”的评价。
1967年，包尔汉被关进监狱，这一关就是8年。在狱中，包尔汉除接受“审讯”和写交待材料外，绝大部分时间都用来学习和写作。他甚至还向看押他的解放军战士讲解马列主义。由于他有严重的关节炎，行动不便，解放军战士尽可能给他提供方便，甚至帮他干活。1975年出狱时，他把帮助过他的战士的地址和照片从鞋垫底下取出来，交给了女儿，并交代他们要好好保管。
1977年，中央为当时已在家被“监管”两年的包尔汉平反昭雪。此时的包尔汉，已经是83岁高龄的老人了。
尽管如此，包尔汉还是继续担任全国政协和伊协的领导工作，会见国内外的宾客，为一些需要落实政策的同志提供证言，到新疆和其他地区视察。与此同时，他又拿起了笔，写自己想写的东西，其中最重要的一件事情，就是完成了记录新疆50年历史风雨的文化大书——《新疆五十年》。
1989年2月，包尔汉预感到自己将要走到人生的终点，他将自己的所思所想写进了《给孩子们的话》中：“自从1912年我从国外返回祖国，至今已近80年了。在这80年的时间内，我经历了两种完全不同的社会，经历了无数的人生坎坷。为了寻求真理和正义，在很长的一段时间内，我曾在黑暗中探索，终于找到了马克思主义和共产主义，确立了我终生为之奋斗的生活信念。正是这种信念，支持我度过了无数艰难困苦。我希望你们在今后的生活中，要坚毅、顽强，百折不挠，克勤克俭，艰苦奋斗，正直善良，友爱团结，工作顺利，身体健康，生活幸福!”
1989年8月，包尔汉因心脏病突发不幸去世，享年95岁。