【摘 要】
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为了解上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组学特征,特别是冠状病毒流行情况,采用病毒宏基因组学方法对6个猪场的90份疑似病毒感染导致腹泻粪样进行检测,并通过Geneious和MEGA7.0
【机 构】
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上海交通大学农业与生物学院上海市兽医生物技术重点实验室
【基金项目】
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上海市科技兴农项目[沪农科推字(2017)第1-11号];国家重点研发计划(2017YFC1200203)
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为了解上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组学特征,特别是冠状病毒流行情况,采用病毒宏基因组学方法对6个猪场的90份疑似病毒感染导致腹泻粪样进行检测,并通过Geneious和MEGA7.0等生物信息学软件对获得的完整的α冠状病毒属中的PEDV ORF3基因序列进行遗传进化分析。数据显示,腹泻仔猪肠道病毒群落组成主要由小RNA病毒科( Picornaviridae )(63.67%)、星状病毒科( Astroviridae )(12.68%)、杯状病毒科( Caliciviridae )(4.07%)、细小病毒科(
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