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很多细胞行为受细胞内基因表达和蛋白质相互作用等生物化学反应的调控。这些细胞内的生化反应表现出明显的随机性，它成为描述细胞行为的可计算建模中不可忽略的因素。该文是关于计算系统生物学中随机模拟的基本理论和新进展的自洽综述。本综述从生化反应系统的基本假设出发，介绍关于生化反应内部噪声、外部随机扰动和包含时间滞后的反应过程的各种数学描述，包括化学主方程、化学福克尔-普朗克方程、化学速率方程、化学郎之万方程等；还介绍了相关的数值模拟方法，包括随机模拟算法和τ跳跃算法。