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甘草是我国最常用的大宗中药材之一,在《神农本草经》中被列为上品。2015版《中华人民共和国药典》规定,乌拉尔甘草Glycyrrhiza uralensis Fisch.、光果甘草Glycyrrhiza glabra L.及胀果甘草Glycyrrhiza inflata Bat.的干燥根及根茎可作为甘草入药。然而不同基原甘草药效差异显著,而通过传统方法对其进行鉴别十分困难。为了快速、准确地对不同基原甘草进行鉴定,本文从全国7省份21居群采集了240株甘草。利用PCR扩增获得了长度为616 bp的ITS序列以及389 bp的psb A-trn H序列;通过DNAMAN比对分析,在ITS序列中找到4个变异位点,并确定了2种ITS单倍型,在psb A-trn H序列中找到3个变异位点,并确定了4种psb A-trn H单倍型;结合ITS及psb A-trn H序列分析,确定了3种基原甘草的分子鉴定方案。利用该方案对来自全国4个主要中药材市场的40份甘草药材进行了准确鉴定,并进一步利用HPLC法测定各药材中2种三萜类有效成分(甘草酸及异甘草酸)及4种黄酮类有效成分(甘草素、异甘草素、甘草苷、异甘草苷)的含量,应用SPSS 21.0对HPLC结果进行统计学分析,从而对市售甘草药材的质量进行评价。本文为不同基原甘草的准确鉴定提供了分子鉴定方案,并且对甘草药材的流通现状及质量评价具有指导意义。