本文主要研究了在国家重大基础工程中,农户,项目法人,地方政府三个利益主体之间的经济利益博弈以及对产生的利益冲突的治理。首先在对三个经济利益主体行为分析的基础上,分别建立了农户与地方政府,项目法人与地方政府的博弈模型。然后通过分析项目法人和地方政府的最优报价,研究了影响各主体收益的可控因素以及造成冲突的原因。最后得出了控制地方政府的行政费用会使项目法人与其达成的交易价格降低,从而使项目法人的剩余分割比例会增加,同时得出增大地方政府在重大基础工程的移民安置与土地补偿工程中的另选址或停工的成本,可以使得农户与其谈判的价格增高,以至农户在全部剩余中所得利益增加,从而维护了农户在剩余分割中的利益。据此本文提出了相应的治理冲突与抵制的措施和制度的建议,为保障重大基础工程的各方的利益与进度提供可靠参考与理论依据。