【摘 要】
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为了改善Saitou和Nei提出的neighbor-joining进化树算法(SN)及Studier和Keppler的改进算法(SK),降低计算的时间复杂度,设计了一种快速算法.该算法涉及3种技术第一,引入一个线
【机 构】
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华中科技大学计算机科学与技术学院; 华中科技大学并行计算研究所; 华中科技大学并行计算研究所 武汉430074; 武汉430074;
【出 处】
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Journal of Southeast University(English Edition)
【基金项目】
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TheNationalNaturalScienceFoundationofChina(No.60473015).
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为了改善Saitou和Nei提出的neighbor-joining进化树算法(SN)及Studier和Keppler的改进算法(SK),降低计算的时间复杂度,设计了一种快速算法.该算法涉及3种技术第一,引入一个线性数组A[N],用于存储距离矩阵每一行的值,以减少许多重复计算;第二,A[i]的值在算法开始时全部计算,在迭代步中间只进行更新3个变化的值;第三,设计了一个紧凑的公式用于计算OTUs之间的边长,并对该公式进行了证明.实验结果表明随着节点数的增多,该算法比SN算法快几十倍到上百倍,比SK算法快2倍以上;在一台桌面计算机上,该算法能在3min左右创建具有2000个节点的进化树.以空间换时间,减少最内层循环的计算量是设计多重循环算法的基本思路.
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