【摘 要】
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目的:通过整合生物信息学挖掘胃癌潜在关键生物标志物。方法:本研究从GEO数据库下载数据集联合分析,借助R语言挖掘差异基因集,并功能注释和富集这些基因的相关生物通路;采用String数据库和Cytoscape软件挖掘关键基因,并借由Onconmine数据库验证关键基因。结果:本研究总共确定了98个共有差异基因,包括30个上调和68个下调基因。差异基因的显著性功能通路途径包括:胞外基质-受体互作、黏着
【机 构】
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南方医科大学附属佛山妇幼保健院中心实验室
【基金项目】
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广东省佛山市科学技术局医学类科技攻关计划项目（编号：2020001005606）；
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目的:通过整合生物信息学挖掘胃癌潜在关键生物标志物。方法:本研究从GEO数据库下载数据集联合分析,借助R语言挖掘差异基因集,并功能注释和富集这些基因的相关生物通路;采用String数据库和Cytoscape软件挖掘关键基因,并借由Onconmine数据库验证关键基因。结果:本研究总共确定了98个共有差异基因,包括30个上调和68个下调基因。差异基因的显著性功能通路途径包括:胞外基质-受体互作、黏着斑、视黄醇新陈代谢及胃酸分泌。基因富集分析发现差异基因参与跨膜受体、胞外基质、组织内稳态等过程;通过分子网络挖掘了10个可能的致病关键基因,生存曲线分析发现SPP1和MMP9可能与胃癌患者预后相关。结论:本研究鉴定的差异基因和关键基因有助于我们了解胃癌的致病分子机制,并为胃癌的筛查与治疗提供新的候选生物标志物。
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