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基于流固耦合的有限元计算方法，考虑桥墩（空心、实体）和水域两个因素，对深水中矩形空心桥墩和实体桥墩的振动特性进行了分析，通过计算得到，裸水时，空心桥墩的低阶自振频增大。高阶自振频率降低；有水域时，水体降低了桥墩的自振频率，空心桥墩自振频率比实体桥墩降低的大；水体对实体桥墩的高阶模态影响较大，对空心桥墩的低阶模态影响远大于对高阶模态，这对水下桥墩的抗震措施有很大指导作用。