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目前，种子市场普遍存在经营网点分散，不正当竞争；从业人员非专业；种子品种多、乱、杂；经营档案不健全及拆包零售等问题，给种子行政执法带来诸多麻烦。因此，通过严把市场准入，杜绝遍地开花；加强培训，提高经营者综合素质；强化种子市场监管；加强法律宣传，培养种子使用者的维权意识；提高种子管理和检验水平。
一、种子市场存在的问题
种子作为农业生产重要的组成部分，是我国农业现代化发展的助推器，是促进“三农”农业效益扩大、农村社会稳定、农民收入增加的有效催化剂。
1.种子市场准入门槛低，种子质量下降，监管难度大
目前种子市场准入门槛低，从法律层面上降低了经营者进入市场的门槛，对经营者的专业知识、文化知识、资金能力、经营场所没有明确限制，使一些烟酒店、蔬菜店堂而皇之的做起了种子经营，他们的种子质量意识淡薄，价格意识膨胀，导致假、劣种子坑农、害农事件发生，给农户造成重大经济损失。
2.种子销售档案不完善
根据我国《种子法》中规定，种子经销商需要构建完善种子销售档案，档案保存到一定的年限后方可销毁。现阶段基层种子市场中，一些种子销售网点，没有根据《种子法》规定构建种子经营档案，一些网点不仅没有完整的种子进货凭证，在销售种子时还不使用专用销售发票，开了发票的网点也会出现发票开票不规范的问题，如开票不写客户名称、种子对应销售公司不符等情况，导致种票不规范。
3.种子案件调查取證难、处理难
一是发生套购种子行为调查取证难。因杂交种子在市场上备受欢迎，销售获利较大，市内外的一些不法商贩在种子收购季节与制种农户串通，非法套购杂交种子，严重扰乱种子市场秩序。而套购种子违法行为形式隐蔽，种子管理部门难以查处。二是相对偏僻乡镇部分无证无照经营者走乡串户兜售劣质种子，交易后无从寻找，给种子监管调查取证造成一定难度。三是假种子认定难。大部分农户对发生种子质量纠纷采取上访形式投诉，一般不申请鉴定，不愿交鉴定费，而假种子的认定按照有关规定必须是由有资质的检验机构检测和专家进行田间现场鉴定确认，这无形中给种子管理部门进行查处增加难度和压力。
4.种子经营者拆开包装零售种子
《种子法》第三十四条规定：“销售的种子应当加工、分级、包装，但是不能加工、包装的除外”。《种子法》第三十五条规定：“销售的种子应当附有标签”。目前，当地销售的玉米、水稻农作物杂交种均为1公斤包装，由于退耕还林，大部分农民的耕地减少，需种量也减少，为了方便农民的需求，经营者只有对部分品种开包销售，这种行为显然是违法的，但在检查中又很难处理。
二、规范农作物种子生产经营行为的重要措施
1.强化种子生产管理。让有实力和有技术的公司和单位进行制种，杜绝没有资格的单位和个人进行制种，避免制种盲目性，以优质种子稳固市场。坚决刹住对基地种子的乱购、套购歪风。
2.强化种子的全程监督管理。一是加强种子生产许可证和经营许可证的核发管理，严把市场；隹入关。通过严格办证、规范办证，促进种子企业改善基础设施条件，提高种子经营企业的整体素质，全面提升种子质量，杜绝坑农害农案件的发生。二是强化质量检验，保证种子质量。从种子育苗期、生长期、授粉期等各个大田生产环节进行田间检验，严格把关。对种子的加工贮藏各流程加强抽查与监督。三是严格规范新品种的试验、示范和展示推广。坚持先试验示范后推广的原则，以典型引路推广优良品种。
3.加大宣传及培训力度，切实提高经销商及农民素质
农业技术推广及管理部门要采取多种有效措施，大力宣传《种子法》及相关法规，通过科技下乡、电视讲座等形式积极宣传，要让农民真正认识到农业科技的重要性，树立信科技、爱科技，对假劣种子说不的观念。使种子经销商树立责任感，认识到要想做大做强只有树立品牌、质量、服务意识，真正取得农民的信任。
4.建立品种登记备案制度。进入市场的品种与日俱增，因此，进入市场的品种均必须到当地种子管理机构登记备案，包括数量、来源及销售去向。有利于掌握市场品种动向，最好是将其列入法律制度，增强约束力，各级种子管理机构应建立对应的种子品种库，建设网络平台，实现资源共享，有利于查处违法生产经营商，有利于为农民追偿损失。
5.严把市场准入关，杜绝遍地开花
严格审查种子经营企业和经营网点资格，严把市场准入关。按照有关法律、法规的规定，一是定期对种子经营者进行相关知识的培训，使其具有相应的种子经营常识；二是要严格审查办理种子经营许可证，严禁无证经营；三是要严格审查经营网点的资质，要求其具有固定的经营场所、必要的种子保管条件以及相当的经济实力，对无照经营行为要依照国务院《无照经营查处取缔办法》予以取缔；四是属于“四不办证”的经营者要与具有种子经营许可证的企业签订农作物种子委托销售协议书；五是凡在当地销售种子的单位或个人在销售之前应到当地种子管理站备案，说明销售的品种名称，委托单位及种子质量状况。
6.加快队伍建设，改善执法条件，提高管理水平
首先，加强种子市场管理队伍的自身建设。由于种子管理工作政策性和专业性很强，涉及的法律知识面广，应以人为本，搞好服务为基本，加强种子管理人员政策法规知识和专业知识的培训，做到知法、懂法、守法，文明执法，依法行政。其次，加快硬件设施建设，添置种子检验仪器、取证设备，提高执法的综合能力。
一、种子市场存在的问题
种子作为农业生产重要的组成部分，是我国农业现代化发展的助推器，是促进“三农”农业效益扩大、农村社会稳定、农民收入增加的有效催化剂。
1.种子市场准入门槛低，种子质量下降，监管难度大
目前种子市场准入门槛低，从法律层面上降低了经营者进入市场的门槛，对经营者的专业知识、文化知识、资金能力、经营场所没有明确限制，使一些烟酒店、蔬菜店堂而皇之的做起了种子经营，他们的种子质量意识淡薄，价格意识膨胀，导致假、劣种子坑农、害农事件发生，给农户造成重大经济损失。
2.种子销售档案不完善
根据我国《种子法》中规定，种子经销商需要构建完善种子销售档案，档案保存到一定的年限后方可销毁。现阶段基层种子市场中，一些种子销售网点，没有根据《种子法》规定构建种子经营档案，一些网点不仅没有完整的种子进货凭证，在销售种子时还不使用专用销售发票，开了发票的网点也会出现发票开票不规范的问题，如开票不写客户名称、种子对应销售公司不符等情况，导致种票不规范。
3.种子案件调查取證难、处理难
一是发生套购种子行为调查取证难。因杂交种子在市场上备受欢迎，销售获利较大，市内外的一些不法商贩在种子收购季节与制种农户串通，非法套购杂交种子，严重扰乱种子市场秩序。而套购种子违法行为形式隐蔽，种子管理部门难以查处。二是相对偏僻乡镇部分无证无照经营者走乡串户兜售劣质种子，交易后无从寻找，给种子监管调查取证造成一定难度。三是假种子认定难。大部分农户对发生种子质量纠纷采取上访形式投诉，一般不申请鉴定，不愿交鉴定费，而假种子的认定按照有关规定必须是由有资质的检验机构检测和专家进行田间现场鉴定确认，这无形中给种子管理部门进行查处增加难度和压力。
4.种子经营者拆开包装零售种子
《种子法》第三十四条规定：“销售的种子应当加工、分级、包装，但是不能加工、包装的除外”。《种子法》第三十五条规定：“销售的种子应当附有标签”。目前，当地销售的玉米、水稻农作物杂交种均为1公斤包装，由于退耕还林，大部分农民的耕地减少，需种量也减少，为了方便农民的需求，经营者只有对部分品种开包销售，这种行为显然是违法的，但在检查中又很难处理。
二、规范农作物种子生产经营行为的重要措施
1.强化种子生产管理。让有实力和有技术的公司和单位进行制种，杜绝没有资格的单位和个人进行制种，避免制种盲目性，以优质种子稳固市场。坚决刹住对基地种子的乱购、套购歪风。
2.强化种子的全程监督管理。一是加强种子生产许可证和经营许可证的核发管理，严把市场；隹入关。通过严格办证、规范办证，促进种子企业改善基础设施条件，提高种子经营企业的整体素质，全面提升种子质量，杜绝坑农害农案件的发生。二是强化质量检验，保证种子质量。从种子育苗期、生长期、授粉期等各个大田生产环节进行田间检验，严格把关。对种子的加工贮藏各流程加强抽查与监督。三是严格规范新品种的试验、示范和展示推广。坚持先试验示范后推广的原则，以典型引路推广优良品种。
3.加大宣传及培训力度，切实提高经销商及农民素质
农业技术推广及管理部门要采取多种有效措施，大力宣传《种子法》及相关法规，通过科技下乡、电视讲座等形式积极宣传，要让农民真正认识到农业科技的重要性，树立信科技、爱科技，对假劣种子说不的观念。使种子经销商树立责任感，认识到要想做大做强只有树立品牌、质量、服务意识，真正取得农民的信任。
4.建立品种登记备案制度。进入市场的品种与日俱增，因此，进入市场的品种均必须到当地种子管理机构登记备案，包括数量、来源及销售去向。有利于掌握市场品种动向，最好是将其列入法律制度，增强约束力，各级种子管理机构应建立对应的种子品种库，建设网络平台，实现资源共享，有利于查处违法生产经营商，有利于为农民追偿损失。
5.严把市场准入关，杜绝遍地开花
严格审查种子经营企业和经营网点资格，严把市场准入关。按照有关法律、法规的规定，一是定期对种子经营者进行相关知识的培训，使其具有相应的种子经营常识；二是要严格审查办理种子经营许可证，严禁无证经营；三是要严格审查经营网点的资质，要求其具有固定的经营场所、必要的种子保管条件以及相当的经济实力，对无照经营行为要依照国务院《无照经营查处取缔办法》予以取缔；四是属于“四不办证”的经营者要与具有种子经营许可证的企业签订农作物种子委托销售协议书；五是凡在当地销售种子的单位或个人在销售之前应到当地种子管理站备案，说明销售的品种名称，委托单位及种子质量状况。
6.加快队伍建设，改善执法条件，提高管理水平
首先，加强种子市场管理队伍的自身建设。由于种子管理工作政策性和专业性很强，涉及的法律知识面广，应以人为本，搞好服务为基本，加强种子管理人员政策法规知识和专业知识的培训，做到知法、懂法、守法，文明执法，依法行政。其次，加快硬件设施建设，添置种子检验仪器、取证设备，提高执法的综合能力。