文章从系统演化视角建立了基于研发投入、政府补贴和税收补贴3种不同经济行为的演化博弈模型,并将税收递延引入演化系统中形成新的衍生模型,并根据演化的影响因素建立计量模型用深交所的上市公司数据进行回归分析。结果表明:(1)政府补贴规模要远大于税收优惠,现有创新激励机制更加注重扶持大企业或明星企业引导主流创新,忽视了零散的小量的个性化创新需求,造成国家激励自主创新的资源配置扭曲现象;(2)税收递延对自主创新的影响要优于政府补贴,这是因为政府补贴的获取出现"国进民退"不良形势,国有企业利用政治背景掩饰创新效率低下的弱点来获取政府补贴,进而影响了政府补贴激励创新的有效性;(3)国有企业高管持股比例过低是引起政府扶持创新的"南橘北枳"的重要原因,高新技术企业的实际控制人持股比例越大,企业获得的创新激励扭曲越明显,创新效率更低。