新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度，其目的是减轻农民看病经济负担，提高农民健康水平，对促进农村经济发展和稳定社会具有重要意义。今年我省各级审计机关首次对43个新型农村合作医疗试点县开展审计，为搞好这项审计工作，审计中应注意以下几个问题。
　　一、积极开展审前调查，做到胸中有数。首先，深入到卫生局、合管中心、财政局等相关单位，调查了解全县(区)新型农村合作医疗参合的基本情况、定点医院设置情况、农村合作医疗基金征集程序及其票据的使用管理情况、合作医疗基金专户设置情况、中央、省、市三级财政资金拨付到位情况等，把握“合作医疗基金管理办法”的精神实质。其次，深入到定点医院调查了解参合农民的住院情况等。根据调查了解的有关情况，制定切实可行的审计实施方案。
　　二、从制度政策入手，关注制度执行情况。2003年我省新型农村合作医疗制度开始试点，经过三年试点运行，积累了一定的经验，但制度的建设方面还处于探索阶段，势必存在不完善的地方，制度的执行也存在不到位的情况。审计工作中，一定要研究新型农村合作医疗制度、政策，从制度、政策入手，发现制度、政策的漏洞。
　　三、运用效益审计的理念对新农合资金筹集、使用及管理情况进行分析。一直以来，社会保障资金审计的重点是审计资金的真实性、合法性，但随着人们对社保资金的认识，有意的违纪违规在不断地减少。审计人员以新型农村合作医疗试点县审计为契机，运用效益审计的理念，积极探索效益审计的新路子。审计人员应以新农合资金运行链条为线索，审计新农合资金拨付情况，分析资金拨付效益；审计各级新农合管理机构监管情况，分析资金管理效益；审计新农合资金的使用情况，分析资金使用效益；审计新农合制度的执行情况，分析制度、政策的效应；审计人员跟踪访问审计查出的问题整改落实情况，分析制度后期落实效益情况。
　　四、农村三级卫生网络建设及服务水平。城镇职工医疗保险与农村医疗保险的最大区别在于，城镇集中了绝大部分医疗资源，而农村医疗资源匮乏，农村医疗改革要取得成功，必须加强县、乡、村三级卫生服务体系的建设，提高农村卫生的服务能力。目前，各级政府对三级卫生服务体系建设相当重视，投入了大量资金，这部分资金还在投资的初期，是否专款专用，值得审计人员重点关注。
　　五、审计工作的落脚点要体现维护农民的利益。农民在我国人口数量中占有80％的比重，但是我国经济体制改革多年，农民的看病难，小病扛、大病拖，农民因病返贫、因病致贫的问题还在不断的发生。新农合制度的建立体现了党和国家对农民的关心。为了使有限的新农合资金用在农民的身上，政府出面向医疗机构购买服务。因此，我们审计工作重点一定要服务农民，为农民着想，对侵害农民利益的问题一定要查深查透。