司法去地方化、行政化的深层次问题是:地方同级党政领导可以通过人财物控制法院院长个人,来控制整个法院的意志;院、庭长通过行政管理权控制主审法官这个人,来控制主审法官的意志。探索建立与行政区划适当分离的司法管辖制度,将有效改善我国的司法地方保护主义现象,遏制司法行政化,确保人民法院依法独立公正行使审判权。目前可以最高人民法院设立巡回法庭为改革的突破口,设立七大巡回区法庭,代表最高人民法院通过提级管辖或指定管辖的方式审理跨省域的案件;高级人民法院的重新调整、整合可以暂置一旁,与正在试点推动的省以下地方法院、检察院人财物统一管理改革相呼应,高级人民法院作为改革主体,应具体提出如何在本行政区建立与行政区划适当分离的司法管辖制度的规划方案,因为全国90%以上的案件是在基层、中级法院审理,司法的去地方化、行政化在这两级法院尤为急迫。为建立这一制度,应当坚持与行政区划相分离、原则性与灵活性相统一、方便诉讼以及适当分离的原则,设置独立的行政法院系统。