目的分析1999～2008年云南省重要自然疫源性疾病疫情,为制定预防控制策略提供依据。方法收集1999～2008年云南省重要自然疫源性疾病相关数据,采用描述流行病学进行分析。结果1999～2008年,云南省发生的重要自然疫源性疾病包括细菌、螺旋体病类的鼠疫、布鲁氏菌病、炭疽、钩端螺旋体病,病毒类的狂犬病、流行性出血热、登革热、流行性乙型脑炎,以及寄生虫病类的疟疾、血吸虫病共10种疾病,病人109445例,死亡795例,病死率为0.73%。疟疾发病人数最多,其次为流行性乙型脑炎和钩端螺旋体病,狂犬病病死率为100%。鼠疫、血吸虫病流行得到有效控制;狂犬病、登革热、钩端螺旋体病和布鲁氏菌病疫情呈现上升趋势。全省16个州(市)中,除迪庆、怒江、曲靖、玉溪外均为重病区。发病群体男性显著高于女性,特别是炭疽、狂犬病、疟疾最为明显。不同疾病发病年龄组不同,高发群体主要为农民、学生、散居儿童和民工,以疟疾发病群体最广泛。结论云南省自然疫源性疾病疫情形势严峻。加强监测与预警、提升应急处置能力和严防大疫发生是防控的主要策略。