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为分析多重生物序列的突变结构，首先是要作它们的多重比对，在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树，在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示，那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统（以下简称突变网络），突变网络分析的主要问题是如何确定各种不同类型突变的相互关系问题，一种最简单关系是二个突变的突变区域互不重叠，我们称之为正交化。因此突变网络分析的一个重要目的是对突变网络作正交化的简化，本文给出了突变网络正交化的基本定理，并以SARS病毒基因组为例，说明它们的突变网络系统模型与正交化