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细菌双杂交系统是一种用于体内研究蛋白质之间相互作用的有力工具。近年来，新的细菌双杂交系统被不断地开发，并被广泛地应用于病原微生物基因产物功能和致病机制研究。本文主要就细菌双杂交系统的原理与分类，在对病原微生物蛋白质之间相互作用的识别与作用域作图、基因组范围的蛋白质之间相互作用图谱的描绘、基因工程和药物的开发中的应用以及其优缺点等方面进行综述。