为了满足持续增长的可再生能源需求,巴西在一代生物乙醇的基础上,大力发展二代生物乙醇,以增加生物乙醇燃料供应量。二代生物乙醇的生产包括预处理、水解、发酵和蒸馏4个步骤,其中选择合适的预处理手段、提高水解产量和发酵效率是该工艺的技术核心,也是需要不断改进强化的技术难题。在二代生物乙醇生产过程中,存在分离水解和发酵(SHF)、同步糖化发酵(SSF)、同步糖化共发酵(SSCF)和联合生物加工(CBP)4种配置路线,在提高发酵效率,增加乙醇产量方面各有特点。巴西在一代生物乙醇工厂原有设施基础上进行升级改造,利用工厂产生的甘蔗渣进行二代生物乙醇的生产。这种生产模式节省了投资、原料收集和运输等物流费用,具有较好的经济收益。生物乙醇厂会利用甘蔗渣燃烧发电,提供厂内的热量需求和用电,从原料角度与生物质发电形成了一定的竞争关系。但只要合理分配生物质发电和二代生物乙醇生产的原料比例,是可以得到最佳经济效益的。