《行政诉讼法》自1989年实施以来,法院在司法实践中所采用的程序违法审查标准可以归纳为设立该程序规则目的标准等五类。这些标准之下,法院在维护客观法律秩序与保护相对人权益之间充满了困惑与纠结。程序违法审查标准不一的根源在于行政诉讼宏观构造的缺陷。新《行政诉讼法》将"轻微+对原告权利不产生实际影响"作为撤销程序违法行政行为的标准。该标准的确立,在主观诉讼与客观诉讼之间找到了恰当的平衡点,具有进步意义。但该标准并未考虑到授益性行政行为的面相,疏忽了原告请求法院履行行政职责和请求确认行政机关授予行政许可超期违法的情形,为新《行政诉讼法》对程序违法审查标准的确立留下了遗憾。对行政程序违法的审查,除了"轻微+对原告权利不产生实际影响"标准之外,还应考虑"程序违法行为是否有利于相对人"标准。如果违反法定程序的授益性行政行为产生了有利于原告的后果,且该法律后果不损害国家利益、公共利益和第三人合法权益,那么法院不应作出不利于原告的判决。