吉尔吉斯斯坦是中亚水资源最丰富的国家之一,多条大型跨境河流均发源于境内。但由于吉尔吉斯斯坦山地面积占优势的国土地貌特点,其淡水资源大多以开发难度较大的高山冰川、湖水和深层地下水的形式存在,河川径流占全部水资源量的比重较低。在水资源的空间分布方面,河川径流量的大小与海拔呈正相关;湖泊主要分布在高海拔的山地;冰川的分布主要表现为随海拔和坡向的不同而产生空间的不均衡性。在水资源开发利用方面,该国水能资源丰富,建有多座大型水库;在社会经济领域用水中,除市政生活用水较多取自地下水外,农业和工业用水主要来自地表水源,其中农业用水占总用水量的绝大部分,是影响全国用水变化的主要因素。由于水利设施不完善、水利用效率不高以及跨境河流的水分配等原因,吉尔吉斯斯坦也存在着灌溉用水相对紧张的情况。由于自然和人为因素影响,该国部分水体还出现了面积缩小(水位下降)、污染等现象。