近年来,随着新疆社会经济不断发展,大面积土地开发与水资源有限、粮食安全问题与种植业经济利益驱动性之间的矛盾加剧,水资源合理配置及种植业结构优化的重要性日益凸显。本文以新疆库尔勒市为例,根据其水资源开发利用特点,综合考虑经济、生态、粮食安全等因素,结合种植业发展重点,提出四个发展方案,建立水资源优化配置模型,利用数据包络分析方法进行投入产出效率评价。结果表明：高自给率低投资的种植业发展方案,既能满足一定的粮食自给率要求,又不过多增加节水灌溉投资费用,其投入产出效率最高,可视为种植业发展规划的基础方案。根据该方案,2020年种植业总面积应控制在84000hm2左右,粮食、经济作物、果园种植比例为26∶56∶18。从目前情况来讲,应通过增加粮食作物种植面积、发展果园节水灌溉、减少果园大田种植等提高粮食自给率和经济效益,同时节水灌溉改造费不应超过种植业总产值的3%,以免造成投资过剩。