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比较分析了15种大叶藻的matK基因和ITS片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在两个目的片段上含量均较低。ITS基因片段检测到228处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性;matK基因片段上有249处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于matK基因和ITS片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为4大支,大叶藻亚属、异叶藻属、拟大叶藻亚属和虾形藻属分别构成一支。大叶藻亚属和拟大叶藻亚属的核苷酸差异