目的利用生物信息学预测阿尔茨海默病中淀粉样前体蛋白的二级结构及优势抗原表位,拟为今后基于Aβ蛋白表位疫苗的设计奠定基础。方法用Genbank获取APP及氨基酸残基片段Aβ1~42蛋白的氨基酸序列,应用生物信息学在线软件SOPMA预测上述蛋白的二级结构,并通过IEDB、SYFPEITHI、Bcepred和ABCpred软件在线预测APP及Aβ1~42的T、B细胞抗原表位。同时对上述蛋白的亲水性、柔韧性、抗原倾向性及抗原暴露表面区域性进行预测。结果 APP及Aβ1~42蛋白二级结构中α-螺旋及延伸链比例分别为46.49%、52.38%,所占比例较高,有较强的抗原性,提示存在潜在的优势抗原性表位。进一步通过不同生物信息学方法分析出APP的T细胞表位位于37~49、16~28、1~13、11~24、30~43、42~0;Aβ1~42蛋白的T细胞表位位于3~11(675~683)、1~11(673~683)、22~31(696~705)、31~39(705~713)。APP蛋白潜在的B细胞表位位于49~62、72~85、350~365、637~652;Aβ1~42蛋白的B细胞表位位于4~19(676~691)、26~39(700~713)、11~26(683~698)、26~41(698~713)。结论 APP及Aβ1~42蛋白存在潜在的优势抗原性表位,且Aβ1~42的抗原优势表位与APP优势表位不同,针对Aβ1~42设计更具有特异性的表位疫苗对APP无影响从而发挥更好的预防、治疗作用。该结论为今后基于Aβ蛋白表位疫苗的设计奠定了理论基础。