[目的]阐发《伤寒论》两套三阴三阳体系的由来、内涵和临床意义。[方法]通过发生认识论的方法,追溯《内经》关于三阴三阳的认识以及脏气法时的思想,并借此论述《伤寒论》的两套三阴三阳体系的由来、内涵和临床意义。[结果]包括《伤寒例》在内的《伤寒论》全文,拥有两套三阴三阳系统——辨六病三阴三阳体系和六经病欲解时三阴三阳体系。《伤寒论》的两套三阴三阳系统,分别源自《内经》中的《素问·热论》、《素问·六元正纪大论》和《素问·脏气法时论》、《素问·四时刺逆从论》。辨六病三阴三阳体系属于"天之阴阳",必须"先立其年,以明其气",而知其年运气之变化;六经病欲解时三阴三阳体系,属于"人中之阴阳",用于阐述人体发病及发病部位、疾病发展趋势,其中有阳仪系统、阴仪系统、病发于阳、病发于阴之别。辨六病三阴三阳体系,主四时"客气"而外感六淫;六经病欲解时三阴三阳体系,主四时"主气"而脏气法四时。[结论]《伤寒论》的两套三阴三阳系统,源自《内经》相关理论。明晰《伤寒论》的两套三阴三阳系统,对于正确理解包括《伤寒例》在内的《伤寒论》全文,具有很好的学术、临床与传承价值。