【摘 要】
：
利用生物信息学手段,从NCBI中dbEST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析.采用DNASTAR软
【机 构】
：
广西壮族自治区亚热带作物研究所,南宁,530001
论文部分内容阅读
利用生物信息学手段,从NCBI中dbEST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析.采用DNASTAR软件中的Seq-Man程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点.经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17％,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点.不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点.突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5％、37.7％、1.8％.通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89％以上.
其他文献
黄瓜疫病和黄瓜枯萎病是黄瓜的主要病害,其病原菌主要以菌丝体和厚垣孢子或卵孢子随病残体在土壤中越冬,并且病原菌的生命力很强,能在土壤中存活相当长的时间,成为下一季的初
随着卫生体制改革的深入,疾病预防控制机构被推向了市场,成为为社会提供公正检测数据的第三方实验室.疾病预防控制机构作为第三方实验室,要想为社会出具准确、可靠、公正、可
为筛选出早熟、高产、抗性强而具有推广价值的蔬菜新品种,促进贵州省遵义市蔬菜业的发展,笔者于2003年春从外地引进9个茄子品种与本地主栽品种三月早茄进行了比较试验,现将结
用酶试剂测定血清总胆固醇(TC)是IFCC推荐的方法,县有简易、快速、精密,特异性好,适应于自动或半自动生化分析仪及各类分光光度计等优点,在我国正在逐步取代强酸显色剂.全面
四棱豆别名翼豆、四稔豆、杨桃豆,是一种营养非常丰富的豆科蔬菜.四棱豆原产于非洲和东南亚.在巴布亚新几内亚和缅甸有较大规模生产,在印度、孟加拉和斯里兰卡广泛栽培.中国
在菜地中,凡是蔬菜作物之外的植物都是杂草.杂草占据空间,与蔬菜争夺养分、水分和阳光,传播病虫,影响蔬菜的正常生长,降低产量和品质.20%龙卷风水剂是浙江永农化工有限公司新
国务院日前发布关于加强法治政府建设的意见。意见要求,完善行政决策风险评估机制。凡是有关经济社会发展和人民群众切身利益的重大政策、重大项目等决策事项,都要进行合法性
女性生殖系统最显著的特征就是周期性变化.下丘脑一垂体一卵巢轴是女性内分泌调节的核心.如果此调节系统出现功能失调或器质性病变,可导致卵巢排卵功能出现问题及排卵障碍.常
黄瓜枯萎病是保护地黄瓜栽培中主要病害之一,它严重影响黄瓜的产量和经济效益,因此,防治好黄瓜枯萎病对发展保护地黄瓜生产具有重要意义.目前药剂防治常采用多菌灵、敌克松、
近日,银监会下发通知,要求银行业金融机构把支持农产品生产、加工、流通作为当前涉农金融服务工作重点,加大涉农贷款投放总量,支持农产品稳产增产,并促进农产品市场价格稳定.