通过分析121份新疆甜瓜地方品种32个形态性状的数据,对其进行遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:121份新疆地方品种在蔓分支数、叶片长度、主蔓粗度、果实质量和果肉厚度等5个表型性状上差异显著;不同地区的地方品种之间在叶片长度、叶柄长度、果肉质地和风味等4个表型性状上差异显著,而在其余性状上差异不显著;121个新疆地方品种表型性状Shannon’s遗传多样性指数达0.74,不同地区地方品种的遗传多样性差异明显,新疆可能与栽培甜瓜的次生起源中心有关。121个地方品种的Euclidean遗传距离的平均值为0.42±0.13,其中‘哈密野瓜’与其它地方品种的亲缘关系最远,遗传距离平均为0.76±0.11。聚类分析结果表明:‘哈密野瓜’被单独聚为一个类群,其可能具有完全不同的遗传背景;其余地方品种被聚为3个类群和7个亚群,不同类群或亚群间的亲缘关系较远,各类群或亚群可能具有相互独立的遗传背景。‘哈密野瓜’属于野生甜瓜亚种CucumismeloL.ssp.agrestis,其余地方品种属于C.meloL.var.cantalupensis和C.meloL.var.inodorus两个栽培变种。