公元前3世纪时，在南斯拉夫地区居住的是希腊人和伊利里亚人。公元初，这块地方被罗马人占领，成为罗马帝国的一部分。6世纪时，南部斯拉夫人越过喀尔巴阡山来到巴尔干半岛定居，后来发展成为现在的南斯拉夫各民族。从9世纪起，开始形成塞尔维亚、杜克里亚等国家。14

世纪时，塞尔维亚是巴尔干最强盛的国家。从15世纪起，土耳其征服了塞尔维亚，实施了长达500年的统治。第一次世界大战结束后，南斯拉夫一些民族联合成立了塞尔维亚－克罗地亚－斯洛文尼亚王国，1929年改称南斯拉夫王国。1941年南斯拉夫被法西斯德国占领，以铁托为首的南斯拉夫共产党领导人民进行了持续4年之久的民族解放战争。1945年11月29日，南斯拉夫联邦人民共和国宣告成立；1963年改称南斯拉夫社会主义联邦共和国（以下简称"南联邦"）。南联邦由塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、波斯尼亚和黑塞哥维那、马其顿、黑山（又译"门的内哥罗"）6个共和国组成。南联邦的国旗为蓝、白、红条纹中间加一枚镶有黄边的红色五角星。南联邦所属6个共和国也有各自的国旗：塞尔维亚的国旗为红、蓝、白三色条纹中间加一枚镶黄边的红色五角星；克罗地亚的国旗为红、白、蓝三色条纹中间加一枚镶黄边的红色五角星；斯洛文尼亚的国旗为白、蓝、红三色条纹中间加一枚镶黄边的红色五角星；波斯尼亚和黑塞哥维那的国旗为一面左上角有南联邦国旗图案的红旗；马其顿的国旗为一面左上角镶有一枚黄边红色五角星的红旗；黑山的国旗为红、蓝、白三色条纹中间加一枚镶黄边的红色五角星。





　　20世纪80年代末期，南斯拉夫政局发生了重大变化。1990年5月，斯洛文尼亚举行大选，民主联盟上台执政。1991年6月25日，斯议会通过决议，宣布脱离南联邦成为独立主权国家。独立后的新国旗仍然由白、蓝、红3个平行的长方形组成，而在靠近旗杆套的上方有斯洛文尼亚国徽图案。其国徽为盾形，上有山峰、波纹和3枚黄色的五角星。





　　1990年5月，克罗地亚也举行了大选，民主共同体获胜。1991年6月25日，克议会通过决议，宣布脱离南联邦，成立克罗地亚共和国。新国旗由红、白、蓝3个平行的长方形组成，正中间有克罗地亚的国徽。其国徽为盾形，盾面为相间的棋盘格，上端有一个王冠。





　　1991年10月，波斯尼亚和黑塞哥维那共和国的穆斯林族和克罗地亚族议员在塞尔维亚族议员的抵制下，宣布脱离南联邦而独立。新国旗为白色旗地，正中间为国徽图案。国徽是一面蓝盾，有一道白色宽条斜贯盾面，上下各有3朵黄色百合花。1992年，波黑三族爆发了历时3年多的内战。不久，波黑又改变了国旗。新国旗为蓝色旗面，上有黄色三角形，三角形的斜边下有一排白色的五角星。


　　1991年11月20日，马其顿正式宣告独立。新国旗为一面红旗，旗面中央是一个金色的太阳放射出16道光芒，其中上、下、左、右4道光芒较长，其余12道光芒稍短。马其顿宣告独立后，其采用的国名引起周围国家的很大反响，他们认为"马其顿"这个名称自古以来就是这一带地区共有的名称，不应该由某一国独享。希腊的态度尤为强硬，坚决反对该国以"马其顿"作为国名，并于1994年2月开始对马其顿实经济封锁。1993年4月7日马其顿加入联合国时，其国名问题也使联合国感到十分为难；斟酌再三，最后同意它以"前南斯拉夫马其顿共和国"的暂时名称加入联合国。1995年9月，在联合国特使万斯的主持下，马其顿和希腊终于签署了实现两国关系正常化的《临时协议》：马其顿同意修改宪法有关条款，并答应改变国旗图案；希腊同意取消对马其顿的经济封锁，不再反对马其顿加入欧安组织。关于马其顿的国名问题暂时搁置起来，留待以后协商解决。修改后的马其顿国旗，正中仍为一轮太阳，但是向外射出的光芒由以往的线条状改为扇形面积状，光芒的数目也由16道改为8道。





　　原南斯拉夫的4个共和国相继独立后，还剩下两个共和国，原来的联邦共和国已没有什么实际意义了。在这种情况下。1992年4月27日，南斯拉夫议会通过新宪法，宣布塞尔维亚和黑山两个共和国联合成立南斯拉夫联盟共和国。新国旗是将原国旗上的五角星去掉，变为蓝、白、红三色条纹的式样。