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西洋教士入华是明朝政府在处理对外关系时遭遇的一个新问题。广东地方政府首先允许西洋教士入华，并对其施行一定的管理和控制。至利玛窦进京之后，西洋教士的问题逐渐为明廷所重视。从西洋教士在明代中国分布和扩散呈现发展的趋势可以看出，中央和地方政府对待传教士的主流态度是包容的，但以不违背他们所考虑的国家利益为前提。1616年南京教案的爆发凸显了明政府对西洋教士宽容的有限性。