1913年，即将在哈佛大学毕业的许肇南到美国通用电器公司所属的斯坎奈克塔底工厂实习，这家公司看中了他的才干，拟以重金聘任他为远东总买办。许肇南予以婉言拒绝，因他自留学之时便已打定主意，学有成即归，报效祖国。
　　1914年，许肇南满载学习的收获返回祖国，恰逢北京政府农商总长张謇不满袁世凯公然复辟帝制的作法，愤然南归，准备继续发展实业与教育事业，但又苦于无技术人才相助。许肇南便前去拜见张謇，向他提出设立河海工程专门学校的建议，以培养我国水利工程专业人才。这与张謇任全国水利局总裁，主持全国水利工作时，深感水利技术人才的匮乏，认为建立专门的以培养水利技术人才为目标的水利专门学校已迫在眉睫的想法不谋而合。
　　随后张謇出面向当时的冀、鲁、苏、浙四省当局筹得银洋四万元作为学校的开办费，校址暂设南京城北丁家桥江苏省咨议局。“水利局河海工程专门学校”（今河海大学前身）得以成立，1915年1月，许肇南正式委任为校主任，1919年12月改称校长，许肇南因此成为辛亥革命后南京第一所公立高等学校第一任校长。

科学救国之精神

　　许肇南1886年12月12日生于贵阳，4岁丧父，遭此不幸，年幼时家境也属艰难，但是，母亲谭扬秀辛勤抚育，仍将他送至贵阳入私塾启蒙，得塾师路幼清授古文诗书，对中国古文字产生了浓厚兴趣，并打下了坚实的功底。
　　1903年许肇南入四川高等学堂学习，开始受到西方先进自然科学和民主思想的影响。在四川读书期间，他曾与孙中山任护法军政府大元帅时，其下属卢师缔等人相交甚好，倾向民主革命，并秘密加入了同盟会。
　　1905年，19岁的许肇南东渡日本，立志学习“科学救国”的本领。1908年又从日本转赴美国伊利诺斯大学深造，为贵州省第一位赴美留学生。1910年6月，许肇南回国投考公费留学资格，获得与胡适等143名考生取得第二届清华公费生赴美深造，先入威斯康星大学攻电机工程，获得该校学士学位及电气工程师职称，后又入哈佛大学攻读工业经济和经营管理。
　　留美期间，他被留学生推选为“中国留美学生会会长”。又与杨铨、任鸿隽等共同发起，在康奈尔大学成立了“中国科学社”，以“联络同志、研究学术，以共图中国科学之发达”为宗旨。致力于“提倡科学，鼓吹实业，审定名词，传播知识”。这一干有识之士后又组织成立“中国工程师学会”，这两个组织后均移回国内，成为推动中国科学文化传播的重要民间组织。

师德风范

　　1915年至1921年在他任河海大学校长期间，克服种种困难，苦心孤诣，热心办学。他忠实地恪守张謇倡导的办学宗旨：“一是注重学生道德思想，以养成高尚之人格；二是注重学生身体之健康，以养成勤勉耐劳之习惯；三是教授河海工程必须之学理技术，注意实地练习，以养成切实应用之知识。”
　　在校期间，他教授河海工程必需之学理技术，注重实地练习，以养成切实应用之智识。在他亲手制定的《设校旨趣》中，对于受聘的教员、就读的学生，都一一作了明确的要求，体现了强烈的科学救国精神。
　　许肇南严以律己，事事率先垂范。常抱“持己则奋勉笃实为归，得人则以仁民爱物为志，师徒一堂，相为戒勉”的态度，注重教育对象全面发展，深受广大师生的尊重敬仰。
　　他率庚款留学生铁道工程专家沈祖伟（后任河海工程专门学校校长）、土木工程专家计大雄、中文打字机发明人周厚坤、电机工程专家张谟实、机械工程专家杨孝述（后任河海工程专门学校校长）、水利专家李仪祉（后为中央研究院院士）、刘梦锡（后任中山陵监修工程师）以及张准（后任清华大学副校长）、顾惟精、范永增等，创建起完全由本国人才执教、管理的中国首座工科大学——河海工程专门学校。
　　学校于1917年春培养出了我国现代最早的一批优秀水利工程专家。其中有汪胡桢（佛子岭水库总指挥、三门峡水库总工程师、中国科学院学部委员、北京水利水电学院院长、水利电力部顾问），须恺（中央人民政府水利部总工程师），陆克铭等，为我国的水利工程教育和现代水利事业奠定了基础。

深入实践

　　许肇南曾在南京创建中国第一座自行设计、自行施工的火力发电厂和南京下关电灯厂并兼任厂长。后来在全国水利局年终论考成绩时，以“精心擘划，校规学风均称整饬，毕业生成才甚多”呈请大总统比照简任官例给奖，许肇南先后获得三至五等嘉禾勋章。
　　1921年，許肇南在“河海”前教授周厚坤举荐下，任“汉冶萍钢铁公司”下属“鄱乐煤矿”矿长，1922年夏挖到了煤层，正准备大量开采时，江西督军直系军阀陈光远为北伐军所败，由粤入赣，洗劫矿区，损毁抽水机，矿井被地下水淹没。

适逢战乱、潜心修文

　　许肇南因战乱赴广州，任国立高等师范学校（1924年6月合并为广东大学，1926年7月更名中山大学）教授，并兼广东省长廖仲恺的秘书。
　　1927年北伐胜利，经哈佛同学宋子文推荐，武汉国民政府任命许肇南为宜昌海关监督署监督兼征收产销物品内地税局局长。同年“四一二”反革命政变后，许肇南因“科学救国”“教育救国”“实业救国”的理想不能遂愿，辞去所有职务隐居北京。凭借他深厚的传统文化功底，潜心研究中国古文字学，并极有成效，著有《家学古获篇》（最初称《咬文嚼字》）77卷和《中庸平义探》《客敦》《梅籀古暗铭识读释略》《简鲟灵集一经篆论证》《继志述事》《札探古董》《馨宋寓斋读书漫志》《国玺释文》等。
　　抗日战争胜利后，他曾准备在南通创办河海工程大学，因内战爆发，遂罢。解放后，许肇南被聘为上海市文史研究馆馆员，参与上海文史资料征集工作，翻译外国学者著《上海史》中部分篇章。1960年12月26日，许肇南病逝于上海，享年74岁。
　　许肇南一生为科学事业奋斗不已，为国家富强奋斗不已，“苟利国家，不求富贵！”真正体现了老一辈科学家的亮节高风，将永远为后人所铭记！