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运用双向LSTM拟合RNA二级结构打分函数

来源 :计算机应用与软件 | 被引量 : 2次 | 上传用户：gegengwang

【摘 要】

：

RNA二级结构的打分函数在RNA二级结构预测中扮演着越来越重要的角色。目前对RNA二级结构的打分函数并没有很好地抓住RNA的折叠机制。我们认为递归神经网络层与层之间的信息传递方式和RNA的折叠方式有相似之处。提出使用双向LSTM(Long Short term Memory)神经网络对RNA二级结构进行打分。在数据集ASE(长度小于500),以及CRW(大部分长度大于1 000)上,进行了三项实验

【作 者】

：

王帅 蔡磊鑫 顾倜 吕强 

【机 构】

：

苏州大学计算机科学与技术学院,苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室

【出 处】

：

计算机应用与软件

【发表日期】

：

2017年09期

【关键词】

：

RNA 打分函数 二级结构 双向LSTM RNA  Scoring function  Secondary structure  Bidirectional L 

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RNA二级结构的打分函数在RNA二级结构预测中扮演着越来越重要的角色。目前对RNA二级结构的打分函数并没有很好地抓住RNA的折叠机制。我们认为递归神经网络层与层之间的信息传递方式和RNA的折叠方式有相似之处。提出使用双向LSTM(Long Short term Memory)神经网络对RNA二级结构进行打分。在数据集ASE(长度小于500),以及CRW(大部分长度大于1 000)上,进行了三项实验。通过拟合SEN(Sensitivity)与PPV(Specificity)打分函数确定了在目标函数为m

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