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2009年《专利法》第三次修改，从适应国际规则转向满足本国发展需要。随着诉至法院的专利权无效案件大量上升，有关“将专利权无效案件的性质确定为民事案件，不应将专利复审委员会作为被告”的讨论也达到高潮。在《专利法》修改过程中，曾经有过试图根据专利复审委员会研究报告的意见，对专利权无效案件性质作出明确的条款规定，但相关内容最终未被立法者采纳。
一、国知局发表专题研究报告《专利复审委员会的诉讼地位》
在国家知识产权局2004年度软科学指导性研究项目中，有一个专题研究报告，名称是〈< 专利复审委员会的诉讼地位》。该报告在公开发表时，摘要称：“专利复审委员会成为专利无效行政诉讼被告是我国专利立法尚不成熟、相关理论研究亦不深入的产物。此一问题在专利法修改前即已存在，专利法修改后更显突出。在专利无效诉讼中，表面看来似乎是当事人对于专利复审委员会的决定不服，实质问题则是无效请求人与专利人因专利有效性所起争执，如其中一方起诉，则应以对方为被告，如此既可促使被告积极参与诉讼，也可避免专利复审委员会的角色错位问题。这不仅是理论上的必然结论，也是各国的通行做法。”
对于专利权无效案件，“虽然实践中将其作为行政案件来审理，但是其究竟具有何種属性，则很有探讨的必要。事实上，专利法修改以前，由于这类案件数量较少，并未引起学界关注。专利法修改以后，由此而引起的问题已越发严重起来”。
该报告谈到目前做法存在五方面问题，包括：专利复审委员会诉累问题、专利复审委员会被诉后的后果问题、循环诉讼问题、第三人参加诉讼问题、专利复审委员会的中立地位问题。其中谈到：“专利复审委员会在审理无效案件的时候，双方当事人之间争议的权利有效或无效，专利复审委员会居间作出决定，是一个中立的地位。而进入诉讼程序后，专利复审委员会成了被告，从原来的居中、不偏不倚、没有个人私利，变成必须为一方当事人辩护，是原来角色的终止。国家知识产权局田力普局长层分析了专利复审委员会的这一两难境地：如果拼命辩护，专利复审委员会的审查员会觉得非常郁闷;如果消极，也很郁闷。太积极，肯定有一方当事人高兴;太消极，另一方当事人高兴。”
该报告研究比较了法国、德国、美国、日本、澳大利亚等国家的做法，认为“这些国家对于专利权无效诉讼都有一个共同的特点，即诉讼当事人一般情况下均不包括专利行政机关，其诉讼程序则釆用民事诉讼程序”。
该报告在理论上进行了探讨，认为：“我国专利法并没有就专利复审委员会的决定不服可以向人民法院提起诉讼的制度作出全面、完备的规定，在此之前也没有进行充分的理论探讨和准备，之所以出现由专利复审委员会当被告、按照行政诉讼法进行审理的结局，根本原因仅仅在于专利复审委员会是行政机关、其决定是行政决定。但是，这种推理过于简单、结论也过于武断。我国专利法已经走过了二十年历程，理论研究也在不断深入，现在有必要对这种纠纷进行新的审视。
“专利权在我国民法通则中被确认为是一项民事权利，TRIPs协议亦明确提出，知识产权是私权。因此，专利权与其他有形财产权一样处于同样的私权地位。专利复审委员会对专利的授权，是专利权产生的一个原因，但并非直接原因，智力劳动具有本源性意义。
“因专利无效裁决所生纠纷，并非针对该行政裁决而为争执，而是针对专利权的有效性而加以争执，基本上是对权利人所拥有的私权所起的争执，性质上接近于财产权确认之诉。因此，请求宣告专利权无效应当视为无效请求人与专利权人之间的纠纷，专利复审委员会是居间进行处理和审查，对专利复审委委员会的决定不服而提起的诉讼应当是民事诉讼，由原双方当事人作为诉讼程序的原告和被告，专利复审委员会可以应法院的要求出席法庭就有关问题作出说明。
“专利复审委员会居间裁决专利无效争议，而人民法院依行政诉讼法进行监督，看似合理实则程序不对应，监督者与被监督者在认定事实、适用法律上采用的标准有时也不一致，严重影响了专利无效案件的审理效果。如果将专利无效案件作为民事案件则更有利于案件审理。我国在第二次修订专利法时，曾涉及到了这一问题，在专利法第二次修订案（草案）中已明确规定专利无效案件将作为民事案件处理。但遗憾的是，最终这一规定未能出现在新的专利法中。”
专利权无效案件不应当以专利复审委员会作为被告，“这不仅是理论上的必然结论，也是各国的通行做法。因而，应以民事诉讼程序而非行政诉讼程序来解决专利无效纠纷”。
从以上摘录的报告内容看，这是一份内容丰富翔实、有理有据、观点鲜明的研究报告。
二、三个专题报告共同研究“无效宣告请求诉讼程序的性质”
2005年4月，国家知识产权局启动《专利法》第三次修改的准备工作，为了保障立法质量，国知局首次采取对外公开招标的形式，开展研究工作，截至2006年6月共形成40份研究报告。其中，涉及“无效宣告请求诉讼程序的性质”有三份报告，课题主持人分别是：北京务实知识产权发展中心程永顺等，专利复审委员会李隽、程强等7人，中国专利代理（香港）公司董巍等8人。三个报告研究标题相同，都是“专利权无效案件性质研究”，分别从不同方面对此问题进行研究、论证。
这三份报告的共同点在于：均认为专利权无效案件的性质是民事诉讼性质，而不是行政诉讼性质，但在解决方案上各有不同。值得关注的是专利复审委员会李隽、程强等7人的研究报告，其中认为：“专利无效宣告程序主要表现为一种民事诉讼程序，应当适用民事法律进行审理。”同时认为，专利无效程序的性质是一种准司法程序，它具有相当于司法程序的效力和地位。”因此，在修改《专利法》建议中，该报告提出专利复审委作为准司法程序，其作出的无效决定相当于一审判决，“当事人不服可以直接向北京市高级人民法院提出上诉”，而不是以专利复审委员会作为被上诉人。
三、专利复审委员会何伦健发文《中外专利无效制度的比较研究》 《专利法》第三次修改中，专利无效案件的性质问题是争论的主要问题之一。因此，在这段时间内，还有很多对相关问题的研讨会和文章陆续推出。专利复审委员会何伦健的文章《中外专利无效制度的比较研究》就很有代表性。文章主要观点摘录如下：
我国专利无效制度在实践中至少存在以下几个问题：
“首先，这一制度造成了专利复审委员会的讼累，影响到其复审和无效的审查工作。……专利复审委员会不得不设立一个‘应诉处’专门出庭应诉，全委审查员隔三差五都得走上被告席去应对无休止的法律诉讼。……目前专利复审委员会的自身工作任务已经很重，而近来每年频繁的关于无效案件的诉讼，包括一审、二审，甚至再审，大大影响了专利复审委员会的其他业务。如果这种状态持续下去，如何保证复审质量将是专利复审委员会面临的另一个问题。
“其次，这一制度导致了专利无效案件旷日费时，甚至会形成循环诉讼，致使专利保护成本过高，司法效率低，不利于对无效请求人、专利权人以及社会公共利益的保护。一般认为，专利复审委员会的无效审查具有一种‘准司法’性质，实质上它与法院的一审没有太多区别。这使得专利无效案件事实上成了三审终审，延长了审理期限，耗费了大量的司法资源。……
“再次，專利复审委员会在关于无效案件的诉讼中充当被告的意义不大，反而增加了诉讼成本。这是因为在关于无效审查决定的诉讼中，业已存在足以代表双方利益的两方当事人。如果一方当事人的主张与复审委的主张不一致，那么存在代表其利益的另一方当事人，足以取代专利复审委的立场。如果双方当事人的主张与复审委都不一致，那么在双方当事人的举证、质证和辩论过程中，法院已经足以查明事实真相，恰当的平衡公共利益与双方当事人的个体利益，做出判决。由于专利复审委员会并非案件的真正当事人，它的参与反倒有可能不利于专利权人和利害关系人很好地维护其根本利益。
“综上所述，我们没有对专利权的本质属性、行政授权的作用和解決专利无效纠纷的最佳方式等问题做充分的理论探讨和准备，也没有对国际上通行的专利无效制度进行实证分析研究，而仅以专利复审委员会是行政机关，其所作出的决定是具体行政行为为基础去建构专利无效制度，其推理显得过于简单了，结论也就可能失之于武断。
……
“现实的问题给我们指明了关于专利无效制度的改革方向，就是要提高专利复审委员会的审查质量和效率，有效维护专利权人和利害关系人的合法权益，同时也有利于节省司法资源国际上的通例，则给我们提供了可资借鉴的合理化进路。另一方面，现行立法也给我们留下了很大的改革空间。据此，可依以下两个方案对我国专利无效制度进行合理化改革：
（1）将专利无效案件明确为民事诉讼，由中级人民法院一审管辖。考虑到我国以往无效案件的审查实践，建议在北京指定或成立专门的知识产权法院负责专利无效案件的一审。该法院应有具备法律职业资格的职业法官和技术法官。对知识产权法院的裁判不服的可以向北京市高级人民法院上诉，北京高院的裁判为终局裁判。
（2）将专利复审委员会作为专利无效案件的一审法院，取消其作为行政机关的简单定性和作为行政诉讼被告的诉讼地位，对专利复审委员会作出的无效案件裁判不服的可以向北足市尚级人民法院上诉，该上诉审为终审。”
参考前述专利复审委员会专家对第三次《专利法》研究的报告，再结合何伦健《中外专利无效制度的比较研究》一文的观点，可以了解当时专利复审委员会或者说是国家知识产权局对此问题的基本态度。
四、国务院法制办专门收集整理“专利权无效诉讼程序的简化问题”
2007年，国务院法制办为《专利法》修改专门收集整理了“《专利法》实施情况”的综合材料供专家讨论时参考，其中专门涉及“专利权无效诉讼程序的简化问题”。在承认现行法的规定存在问题的前提下，综合材料归纳了对如何简化程序、缩短专利无效和侵权诉讼的周期的观点，其中提及了三种主张。对此问题理论界有三种不用主张：
“一是，由专利复审委员会对宣告专利权无效的请求进行审查并作出决定;对该决定不服的，由一方当事人以对方当事人为被告向法院提起民事诉讼。其优点是：（1）法院可以对专利有效性径行判决，克服了专利无效案件的循环诉讼问题;（2）无效争议申请人替代对实体权利无实质利害关系的复审委员会成为当事人，获得了举证、抗辩机会，符合程序正义的原则;（3）统一由人民法院行使司法权，符合我国现行司法体制。其中不利之处是：专利无效案件事实上仍然需要经过复审委审查和法院一审、二审三道程序，周期还是有些长。
“二是，建立专门的知识产权法院，将专利复审委员会作为准司法机关对待，当事人不服复审委员会裁决的，直接向知识产权法院上诉。在设立知识产权法院的条件尚不成熟的情况下，也可直接向北京市高级人民法院上诉。该主张具有第一种主张的第（1）、第（2）项优点，同时减少了一道法院审判程序，缩短周期比较彻底。其不利之处是：复审委行使司法权，不符合我国现行司法体制，法院二审不以法院一审为前提，与民事诉讼法的规定不一致。
“三是，取消专利复审委员会受理专利无效请求案件的职能，专利无效请求直接向人民法院提出，由北京市第一中级人民法院作为一审法院，由北京市高级人民法院作为二审法院。该主张具有第一种主张的第（1）、第（2）、第（3）项优点，也具有第二种主张缩短周期比较彻底的优点。但其缺点是：取消了复审委员会的审查，失去了对专利新颖性、创造性判断的技术支持，复审委员会的人员又没有法官资格，无法转任法官，法官懂法律，但不懂技术，法院在专利是否有效的技术判断上存在困难。
“但来自法院系统行政庭的同志和一部分行政法学界的学者则认为，专利授权是行政行为，对专利授权行为的司法审查就应该是行政诉讼性质，应该坚持现行做法。该主张的优点是：符合现行行政诉讼法的规定，与现行体制保持一致。其不利之处是：难以解决部门专利无效诉讼循环的问题。” 由此可见，在《专利法》第三次修改中，专利权无效案件性质问题不仅有很多争论，而且从国务院法制办整理的各方观点看，这个问题已经得到了立法机关的高度重视，并进行了相关的研究。
五、《国家知识产权战略纲要》制定中也涉及到此问题的讨论
2008年我国出台了《国家知识产权战略纲要》。在这一纲要的制定过程中，曾经有一个专门课题，名为《中国知识产权保护体系改革研究》。该研究报告专门研究了知识产权确权纠纷解决机制问题，其主要观点如下：
“涉及第三方的确权纠纷在本质上是一种民事争议，权利人与第三人双方对知识产权是否存在、权利效力、范围如何等问题提出各自意见并进行论证，整个确权程序是一种类似民事诉讼的程序。‘两委’在程序中的角色与法院审理民事诉讼案件并无区别。因此，国内很多研究者和实务工作者都称这类知识产权确权程序是一种特殊的类似民事诉讼的程序，‘两委’在程序中的角色是准司法机构。在近年来建立知识产权专门法院的讨论中，这种呼声也得到越来越多的关注。
“考察WTO的主要成员国，它们的知识产权确权纠纷解决机制虽然各具特色，但为了追求公平与效率，基本上都是将知识产权确权纠纷案件作为民事纠纷案件或特殊的行政案件由专门的审判机构进行审理，例如美国的联邦巡回上诉法院、德国的联邦专利法院和日本的知识产权高等法院;而且无论行政程序和司法审级如何设置，上述各国在知识产权确权纠纷案件的审理过程中从行政程序到司法程序基本上均是两到三个审级，法院均在一定情况下在案件中直接宣告权利的效力，从而节约了诉讼成本和争议解决的时间，提高了审理的效率。”
在《国家知识产权战略纲要》制定过程中，《中国知识产权保护体系改革研究》作为一个专题报告，研究了行政机关和司法机关未来的发展方向，有针对性地提出了研究成立知识产权终审法院的设想。
六、《专利法》修订草案（送审稿）的变化
2008年前后，在《专利法》修改过程中，曾经有过试图根据多数人的意见，对专利权无效案件性质作出明确的条款规定。例如，在《中华人民共和国专利法》修订草案（送审稿）中，规定：
“第四十一条 国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。
专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。
第四十六条 专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由国务院专利行政部门登记和公告。
对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。”
在上述第四十六条中，直接明确规定依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉的案件，属于民事案件。
除此之外，曾经还有一稿规定了将专利复审委员会作为“准司法”机构看待的条款，即《中华人民共和国专利法》（修改稿）（2008年2月28日修改）：
“第四十二条 国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。
专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。
第四十七条 专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。
对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院提出上诉。”
在上述第四十七条中，规定当事人对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以直接“依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院提出上诉”，显然是将专利复审委员会作为一审法院了。这也是在《专利法》第三次修改中专利复审委员会的基本观点。
2008年6月，国务院法制办在向全国人大教科文卫委员会汇报之后，对上述修改稿作了进一步修改。2008年7月3日，国务院第19次常务会通过了《专利法》修正案（草案），决定报全国人大常委會。
2008年12月27日，第十一届全国人大常委会第六次会议通过修改《专利法》的决定。遗憾的是，其中涉及第四十二条、四十七条的上述修改内容未被立法者采纳。据说是专利复审委员会提出的关于专利复审委员会的认定是“准司法”性质的观点未被认可，原因是立法机关认为我国法律制度中没有“准司法”一说。其他专家学者的观点由于在《专利法》修改稿中没有出现，因此也不可能被吸纳。
一、国知局发表专题研究报告《专利复审委员会的诉讼地位》
在国家知识产权局2004年度软科学指导性研究项目中，有一个专题研究报告，名称是〈< 专利复审委员会的诉讼地位》。该报告在公开发表时，摘要称：“专利复审委员会成为专利无效行政诉讼被告是我国专利立法尚不成熟、相关理论研究亦不深入的产物。此一问题在专利法修改前即已存在，专利法修改后更显突出。在专利无效诉讼中，表面看来似乎是当事人对于专利复审委员会的决定不服，实质问题则是无效请求人与专利人因专利有效性所起争执，如其中一方起诉，则应以对方为被告，如此既可促使被告积极参与诉讼，也可避免专利复审委员会的角色错位问题。这不仅是理论上的必然结论，也是各国的通行做法。”
对于专利权无效案件，“虽然实践中将其作为行政案件来审理，但是其究竟具有何種属性，则很有探讨的必要。事实上，专利法修改以前，由于这类案件数量较少，并未引起学界关注。专利法修改以后，由此而引起的问题已越发严重起来”。
该报告谈到目前做法存在五方面问题，包括：专利复审委员会诉累问题、专利复审委员会被诉后的后果问题、循环诉讼问题、第三人参加诉讼问题、专利复审委员会的中立地位问题。其中谈到：“专利复审委员会在审理无效案件的时候，双方当事人之间争议的权利有效或无效，专利复审委员会居间作出决定，是一个中立的地位。而进入诉讼程序后，专利复审委员会成了被告，从原来的居中、不偏不倚、没有个人私利，变成必须为一方当事人辩护，是原来角色的终止。国家知识产权局田力普局长层分析了专利复审委员会的这一两难境地：如果拼命辩护，专利复审委员会的审查员会觉得非常郁闷;如果消极，也很郁闷。太积极，肯定有一方当事人高兴;太消极，另一方当事人高兴。”
该报告研究比较了法国、德国、美国、日本、澳大利亚等国家的做法，认为“这些国家对于专利权无效诉讼都有一个共同的特点，即诉讼当事人一般情况下均不包括专利行政机关，其诉讼程序则釆用民事诉讼程序”。
该报告在理论上进行了探讨，认为：“我国专利法并没有就专利复审委员会的决定不服可以向人民法院提起诉讼的制度作出全面、完备的规定，在此之前也没有进行充分的理论探讨和准备，之所以出现由专利复审委员会当被告、按照行政诉讼法进行审理的结局，根本原因仅仅在于专利复审委员会是行政机关、其决定是行政决定。但是，这种推理过于简单、结论也过于武断。我国专利法已经走过了二十年历程，理论研究也在不断深入，现在有必要对这种纠纷进行新的审视。
“专利权在我国民法通则中被确认为是一项民事权利，TRIPs协议亦明确提出，知识产权是私权。因此，专利权与其他有形财产权一样处于同样的私权地位。专利复审委员会对专利的授权，是专利权产生的一个原因，但并非直接原因，智力劳动具有本源性意义。
“因专利无效裁决所生纠纷，并非针对该行政裁决而为争执，而是针对专利权的有效性而加以争执，基本上是对权利人所拥有的私权所起的争执，性质上接近于财产权确认之诉。因此，请求宣告专利权无效应当视为无效请求人与专利权人之间的纠纷，专利复审委员会是居间进行处理和审查，对专利复审委委员会的决定不服而提起的诉讼应当是民事诉讼，由原双方当事人作为诉讼程序的原告和被告，专利复审委员会可以应法院的要求出席法庭就有关问题作出说明。
“专利复审委员会居间裁决专利无效争议，而人民法院依行政诉讼法进行监督，看似合理实则程序不对应，监督者与被监督者在认定事实、适用法律上采用的标准有时也不一致，严重影响了专利无效案件的审理效果。如果将专利无效案件作为民事案件则更有利于案件审理。我国在第二次修订专利法时，曾涉及到了这一问题，在专利法第二次修订案（草案）中已明确规定专利无效案件将作为民事案件处理。但遗憾的是，最终这一规定未能出现在新的专利法中。”
专利权无效案件不应当以专利复审委员会作为被告，“这不仅是理论上的必然结论，也是各国的通行做法。因而，应以民事诉讼程序而非行政诉讼程序来解决专利无效纠纷”。
从以上摘录的报告内容看，这是一份内容丰富翔实、有理有据、观点鲜明的研究报告。
二、三个专题报告共同研究“无效宣告请求诉讼程序的性质”
2005年4月，国家知识产权局启动《专利法》第三次修改的准备工作，为了保障立法质量，国知局首次采取对外公开招标的形式，开展研究工作，截至2006年6月共形成40份研究报告。其中，涉及“无效宣告请求诉讼程序的性质”有三份报告，课题主持人分别是：北京务实知识产权发展中心程永顺等，专利复审委员会李隽、程强等7人，中国专利代理（香港）公司董巍等8人。三个报告研究标题相同，都是“专利权无效案件性质研究”，分别从不同方面对此问题进行研究、论证。
这三份报告的共同点在于：均认为专利权无效案件的性质是民事诉讼性质，而不是行政诉讼性质，但在解决方案上各有不同。值得关注的是专利复审委员会李隽、程强等7人的研究报告，其中认为：“专利无效宣告程序主要表现为一种民事诉讼程序，应当适用民事法律进行审理。”同时认为，专利无效程序的性质是一种准司法程序，它具有相当于司法程序的效力和地位。”因此，在修改《专利法》建议中，该报告提出专利复审委作为准司法程序，其作出的无效决定相当于一审判决，“当事人不服可以直接向北京市高级人民法院提出上诉”，而不是以专利复审委员会作为被上诉人。
三、专利复审委员会何伦健发文《中外专利无效制度的比较研究》 《专利法》第三次修改中，专利无效案件的性质问题是争论的主要问题之一。因此，在这段时间内，还有很多对相关问题的研讨会和文章陆续推出。专利复审委员会何伦健的文章《中外专利无效制度的比较研究》就很有代表性。文章主要观点摘录如下：
我国专利无效制度在实践中至少存在以下几个问题：
“首先，这一制度造成了专利复审委员会的讼累，影响到其复审和无效的审查工作。……专利复审委员会不得不设立一个‘应诉处’专门出庭应诉，全委审查员隔三差五都得走上被告席去应对无休止的法律诉讼。……目前专利复审委员会的自身工作任务已经很重，而近来每年频繁的关于无效案件的诉讼，包括一审、二审，甚至再审，大大影响了专利复审委员会的其他业务。如果这种状态持续下去，如何保证复审质量将是专利复审委员会面临的另一个问题。
“其次，这一制度导致了专利无效案件旷日费时，甚至会形成循环诉讼，致使专利保护成本过高，司法效率低，不利于对无效请求人、专利权人以及社会公共利益的保护。一般认为，专利复审委员会的无效审查具有一种‘准司法’性质，实质上它与法院的一审没有太多区别。这使得专利无效案件事实上成了三审终审，延长了审理期限，耗费了大量的司法资源。……
“再次，專利复审委员会在关于无效案件的诉讼中充当被告的意义不大，反而增加了诉讼成本。这是因为在关于无效审查决定的诉讼中，业已存在足以代表双方利益的两方当事人。如果一方当事人的主张与复审委的主张不一致，那么存在代表其利益的另一方当事人，足以取代专利复审委的立场。如果双方当事人的主张与复审委都不一致，那么在双方当事人的举证、质证和辩论过程中，法院已经足以查明事实真相，恰当的平衡公共利益与双方当事人的个体利益，做出判决。由于专利复审委员会并非案件的真正当事人，它的参与反倒有可能不利于专利权人和利害关系人很好地维护其根本利益。
“综上所述，我们没有对专利权的本质属性、行政授权的作用和解決专利无效纠纷的最佳方式等问题做充分的理论探讨和准备，也没有对国际上通行的专利无效制度进行实证分析研究，而仅以专利复审委员会是行政机关，其所作出的决定是具体行政行为为基础去建构专利无效制度，其推理显得过于简单了，结论也就可能失之于武断。
……
“现实的问题给我们指明了关于专利无效制度的改革方向，就是要提高专利复审委员会的审查质量和效率，有效维护专利权人和利害关系人的合法权益，同时也有利于节省司法资源国际上的通例，则给我们提供了可资借鉴的合理化进路。另一方面，现行立法也给我们留下了很大的改革空间。据此，可依以下两个方案对我国专利无效制度进行合理化改革：
（1）将专利无效案件明确为民事诉讼，由中级人民法院一审管辖。考虑到我国以往无效案件的审查实践，建议在北京指定或成立专门的知识产权法院负责专利无效案件的一审。该法院应有具备法律职业资格的职业法官和技术法官。对知识产权法院的裁判不服的可以向北京市高级人民法院上诉，北京高院的裁判为终局裁判。
（2）将专利复审委员会作为专利无效案件的一审法院，取消其作为行政机关的简单定性和作为行政诉讼被告的诉讼地位，对专利复审委员会作出的无效案件裁判不服的可以向北足市尚级人民法院上诉，该上诉审为终审。”
参考前述专利复审委员会专家对第三次《专利法》研究的报告，再结合何伦健《中外专利无效制度的比较研究》一文的观点，可以了解当时专利复审委员会或者说是国家知识产权局对此问题的基本态度。
四、国务院法制办专门收集整理“专利权无效诉讼程序的简化问题”
2007年，国务院法制办为《专利法》修改专门收集整理了“《专利法》实施情况”的综合材料供专家讨论时参考，其中专门涉及“专利权无效诉讼程序的简化问题”。在承认现行法的规定存在问题的前提下，综合材料归纳了对如何简化程序、缩短专利无效和侵权诉讼的周期的观点，其中提及了三种主张。对此问题理论界有三种不用主张：
“一是，由专利复审委员会对宣告专利权无效的请求进行审查并作出决定;对该决定不服的，由一方当事人以对方当事人为被告向法院提起民事诉讼。其优点是：（1）法院可以对专利有效性径行判决，克服了专利无效案件的循环诉讼问题;（2）无效争议申请人替代对实体权利无实质利害关系的复审委员会成为当事人，获得了举证、抗辩机会，符合程序正义的原则;（3）统一由人民法院行使司法权，符合我国现行司法体制。其中不利之处是：专利无效案件事实上仍然需要经过复审委审查和法院一审、二审三道程序，周期还是有些长。
“二是，建立专门的知识产权法院，将专利复审委员会作为准司法机关对待，当事人不服复审委员会裁决的，直接向知识产权法院上诉。在设立知识产权法院的条件尚不成熟的情况下，也可直接向北京市高级人民法院上诉。该主张具有第一种主张的第（1）、第（2）项优点，同时减少了一道法院审判程序，缩短周期比较彻底。其不利之处是：复审委行使司法权，不符合我国现行司法体制，法院二审不以法院一审为前提，与民事诉讼法的规定不一致。
“三是，取消专利复审委员会受理专利无效请求案件的职能，专利无效请求直接向人民法院提出，由北京市第一中级人民法院作为一审法院，由北京市高级人民法院作为二审法院。该主张具有第一种主张的第（1）、第（2）、第（3）项优点，也具有第二种主张缩短周期比较彻底的优点。但其缺点是：取消了复审委员会的审查，失去了对专利新颖性、创造性判断的技术支持，复审委员会的人员又没有法官资格，无法转任法官，法官懂法律，但不懂技术，法院在专利是否有效的技术判断上存在困难。
“但来自法院系统行政庭的同志和一部分行政法学界的学者则认为，专利授权是行政行为，对专利授权行为的司法审查就应该是行政诉讼性质，应该坚持现行做法。该主张的优点是：符合现行行政诉讼法的规定，与现行体制保持一致。其不利之处是：难以解决部门专利无效诉讼循环的问题。” 由此可见，在《专利法》第三次修改中，专利权无效案件性质问题不仅有很多争论，而且从国务院法制办整理的各方观点看，这个问题已经得到了立法机关的高度重视，并进行了相关的研究。
五、《国家知识产权战略纲要》制定中也涉及到此问题的讨论
2008年我国出台了《国家知识产权战略纲要》。在这一纲要的制定过程中，曾经有一个专门课题，名为《中国知识产权保护体系改革研究》。该研究报告专门研究了知识产权确权纠纷解决机制问题，其主要观点如下：
“涉及第三方的确权纠纷在本质上是一种民事争议，权利人与第三人双方对知识产权是否存在、权利效力、范围如何等问题提出各自意见并进行论证，整个确权程序是一种类似民事诉讼的程序。‘两委’在程序中的角色与法院审理民事诉讼案件并无区别。因此，国内很多研究者和实务工作者都称这类知识产权确权程序是一种特殊的类似民事诉讼的程序，‘两委’在程序中的角色是准司法机构。在近年来建立知识产权专门法院的讨论中，这种呼声也得到越来越多的关注。
“考察WTO的主要成员国，它们的知识产权确权纠纷解决机制虽然各具特色，但为了追求公平与效率，基本上都是将知识产权确权纠纷案件作为民事纠纷案件或特殊的行政案件由专门的审判机构进行审理，例如美国的联邦巡回上诉法院、德国的联邦专利法院和日本的知识产权高等法院;而且无论行政程序和司法审级如何设置，上述各国在知识产权确权纠纷案件的审理过程中从行政程序到司法程序基本上均是两到三个审级，法院均在一定情况下在案件中直接宣告权利的效力，从而节约了诉讼成本和争议解决的时间，提高了审理的效率。”
在《国家知识产权战略纲要》制定过程中，《中国知识产权保护体系改革研究》作为一个专题报告，研究了行政机关和司法机关未来的发展方向，有针对性地提出了研究成立知识产权终审法院的设想。
六、《专利法》修订草案（送审稿）的变化
2008年前后，在《专利法》修改过程中，曾经有过试图根据多数人的意见，对专利权无效案件性质作出明确的条款规定。例如，在《中华人民共和国专利法》修订草案（送审稿）中，规定：
“第四十一条 国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。
专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。
第四十六条 专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由国务院专利行政部门登记和公告。
对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。”
在上述第四十六条中，直接明确规定依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉的案件，属于民事案件。
除此之外，曾经还有一稿规定了将专利复审委员会作为“准司法”机构看待的条款，即《中华人民共和国专利法》（修改稿）（2008年2月28日修改）：
“第四十二条 国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。
专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。
第四十七条 专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。
对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院提出上诉。”
在上述第四十七条中，规定当事人对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以直接“依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院提出上诉”，显然是将专利复审委员会作为一审法院了。这也是在《专利法》第三次修改中专利复审委员会的基本观点。
2008年6月，国务院法制办在向全国人大教科文卫委员会汇报之后，对上述修改稿作了进一步修改。2008年7月3日，国务院第19次常务会通过了《专利法》修正案（草案），决定报全国人大常委會。
2008年12月27日，第十一届全国人大常委会第六次会议通过修改《专利法》的决定。遗憾的是，其中涉及第四十二条、四十七条的上述修改内容未被立法者采纳。据说是专利复审委员会提出的关于专利复审委员会的认定是“准司法”性质的观点未被认可，原因是立法机关认为我国法律制度中没有“准司法”一说。其他专家学者的观点由于在《专利法》修改稿中没有出现，因此也不可能被吸纳。