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城市中的自然空间在城市生态格局中具有重要意义。以基于湿地资源调查评价的深圳市湿地资源保护总体规划为例,并在以往城市生态规划和生物多样性保护规划实践经验的基础上,提出了基于生态学角度的城市自然空间保护方法及建议:1)湿地保护规划从"零"突破;2)科学管控城市自然空间,坚持科学保护和合理利用协同发展;3)注重城市自然空间与城市合理的干扰互动,并加强城市自然空间的生物多样性研究和保护。