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宽甸万宝源钼矿是比较典型的中等规模斑岩钼矿床,产于燕山期石柱子花岗闪长岩及石英斑岩中,品位高、厚度大,在国内同类成因钼矿具有一定的代表性,经同位素测定,万宝源钼矿的成矿流体来自于深源岩浆或上地幔中酸性深源浅成侵入斑岩体。属于“同源多体”的同一成矿系列。成矿期为燕山期,是典型的岩浆期后浅成中温热液矿床。