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介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可以交互式地实现多种分子特征的查询以及二维子结构的查询查询得到的分子可以直接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析.该数据库系统和我们科研组开发的北京大学药物设计系统以及中草药信息、系统构成了完整的基于中药的药物设计系统该系统已经用于NS3-NS4A蛋白酶抑制剂