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埃及棉花研究所是棉花科研的权威机构，下设以育种为中心的5个研究室和以纤维品质检测及纺纱性能测试为主的4个研究室以及品种资源室（有152个品种）。该所的育种室是棉花育种的主要单位，埃及绝大多数棉花品种由此育成。此外，种性保纯研究室（提纯复壮室）、区试研究室（区试站）、地区研究站以及植保所、植病所等单位在进行研究、试验工作的同时，也协助进行一些育种工作，