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以宏观数据为基础建立三阶段DEA模型，研究我国高技术产业的创新效率，以及创新投入对其效率的影响。结果表明，我国高技术产业的总体创新效率有很大提升空间，地区之间差异明显；企业R&D内部经费投入、有R&D活动企业数、博硕士毕业生数促进创新效率提升，R&D人员数和政府投入R&D资金则降低创新效率；我国高技术产业经营管理水平较低，规模效率较差。因此我国应从政策税收、创新环境和管理水平等方面改善高技术产业创新的整体规模经济效益和协调发展。