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云南省种业发展存在的问题是种业科技创新能力不强、种质资源的开发创新与保护不够、种业企业竞争能力弱、良种基地建设与现代种子加工技术滞后、财政资金支持种业发展投入不足及结构不合理。要解决这些问题，建议云南省围绕确保粮食安全和主要农产品有效供给的战略需要，采取加快传统育种技术与生物育种技术的研究及组装集成，以生物种质资源管理及平台建设为切入点，加快构建以产业需求为导向、以种业企业为主体、科技创新为动力、育繁推一体化的现代生物种业体系，加快云南省种业的发展。