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目的以1992-2003年深圳市龙岗区合作医疗的住院病人为样本,对住院病人进行单病种费用分析,着重分析了影响前10种疾病住院费用的主要因素,为控制住院费用提供科学依据。方法采用描述性分析和多重回归对其住院费用进行分析。结果冠心病、高血压、胃肠炎、上呼吸道感染、脑梗塞、肺炎、支气管炎和白内障等是影响龙岗区农村人口健康的主要问题,报销费用和住院天数是影响住院费用的主要因素。结论报销制度从单纯医疗型向预防保健综合型转变,实行按病种定额报销和按比例报销相结合是未来合作医疗发展可供借鉴的模式。