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食用菌栽培也涉及到一个环境问题，长期的在某一固定区域栽培食用菌会使这一地区有害于食用菌的多种病菌的指数成百倍千倍的上升。这就是种菜越种越有经验，种食用菌越种越难种的症结所在。有很多失败的教训告诉我们事实的确如此，例如无极县南流乡江仁村自2001年栽培鸡腿菇，连续栽培，导致竞争性病害“鸡爪菌”爆发，已无法再栽培。